Морелль преданно следовал по стопам своего учителя, когда они вели из Рейхсканцелярии в Берлине в подземный бункер, построенный инженерами Шпеера под садом. Другие врачи тоже переехали в бункер; к Штумпфеггеру теперь присоединился профессор Вернер Хаазе, который лечил Гитлера несколькими годами ранее.

С 12 по 20 апреля Морелль продолжал делать Гитлеру обычные уколы строфантозы, "Бенервы", омнадина и электротерапию. В середине апреля он признал, что дрожь берёт своё начало в мозге. 15 апреля с одерских плацдармов началось последнее советское наступление. Гитлер был убеждён, что Берлин в безопасности, но через 5 дней Красная Армия оказывается в пределах артиллерийского выстрела до столицы.

Стенограф Гитлера Карл Тет записал в дневнике: “Около 01:00 в ночь с 20 на 21 апреля наши коллеги Пешель и Йонушат вернулись с военного совещания в убежище, куда мы отправились незадолго до 22:00 из-за предупреждения о воздушном налёте, и сказали нам, что мы должны покинуть его через час”. Гитлер начал эвакуировать подчинённых.

Первые стенографисты вылетели в 05:00 на транспортном самолете Юнкерс-352 на юг. 6 часов спустя начался советский артиллерийский обстрел, и первые русские снаряды дождём обрушились на правительственные здания.

Следующие 2 дня Морелль оставался, но ему это не понравилось.

Морелль начал делать инъекции "Хомбурга-680" – препарата типа белладонны, специально показанного в случаях болезни Паркинсона. Начиная с 16 апреля (“одна капля”) дозы, которые следовало вводить 2 или 3 раза в день, были занесены Мореллем карандашом в настольный календарь Гитлера; врач также предусмотрел продолжение приема капель "Хомбург-680" после отъезда из ставки Гитлера. Таким образом, запись за 29 апреля, последняя запись, гласила “4 кап. + 4 кап. + 4 кап.”

– В течение всей этой последней недели с 15 по 21 апреля, – рассказывал Морелль несколько дней спустя американскому журналисту, – я делал ему уколы глюкозы. В субботу, 21 апреля, он был очень удручён – должно быть, накануне вечером было важное совещание. Я хотел сделать ему ещё один укол, но он схватил меня и поднял крики, что я собираюсь ввести ему морфий.

Если Гитлер действительно так говорил, то, вероятно, он боялся, что врач собирается накачать его наркотиками, чтобы генералы могли тайно вывезти его из Берлина на юг против воли. Морелль заявил о своей невиновности, но Гитлер закричал:

– Вы считаете меня сумасшедшим?

Он продолжал орать на Морелля, угрожал расстрелять его и, наконец, приказал ему идти домой, снять форму врача фюрера и “вести себя так, будто вы никогда меня не видели!”

“После чего, – пишет Таня Лонг, описывая это последнее унижение доктора в ”Нью-Йорк таймс“, – врач рухнул к ногам своего фюрера”.

Снова Гитлер закричал на него:

– Снимите форму, наденьте штатское и возвращайтесь к своим обязанностям врача на Курфюрстендамм!

Со звенящими в ушах злобными словами Морелль бежал на аэродром в Гатоу.

Пациент, которого он оставил, уже был развалиной на нервной почве. Капитан Хайнц Ассманн, который видел Гитлера 23 апреля, оставил описание физически измождённого человека, который едва мог ходить, сутулился и шаркал ногами. Правая нога волочилась, голова тряслась, а левая рука безвольно свисала и сильно дрожала. “Его рукопожатие было мягким и вялым, жесты были жестами старого–престарого человека. Только глаза по-прежнему сохраняли прежний мерцающий блеск и проникающую силу. Несмотря на физический крах, его энергия и сила воли оставались непоколебимыми до самого конца... До самого конца он фанатично проповедовал своим подчинённым, призывая их держаться и призывать всю свою силу, безжалостность и энергичность. С невероятным упорством и решимостью он боролся со своими физическими недугами и противостоял жестокой судьбе, которая неумолимо надвигалась на него и его народ”.

Одного за другим американцы арестовали оставшихся в живых гитлеровских врачей. Доктора фон Хассельбаха схватили 13 апреля 1945 года в горах Гарц, доктора Гизинга – в Амберге 23 апреля. В 01:00 того же дня Морелль сел на "Кондор" – курьерский самолёт Гитлера – и направился из Берлина на юг. Карл Коллер, начальник штаба люфтваффе, который также покинул Берлин той ночью, описал в дневнике, как видел “толстого старого Морелля” на аэродроме, когда тот приземлился под Мюнхеном.

Дородный врач не согласовал перелёт. В последнее время он ездил только поездом, потому что терпеть не мог летать. Похоже, что он был на грани нового сердечного приступа, потому что его немедленно отвезли в клинику, а 1 мая перевели в городскую больницу Бад-Райхенхалля. Два дня спустя этот район захватили американские войска.

Жена Морелля Иоганна прибыла в Райхенхолл с другом Алоизом Беккером 30 апреля. Доктор Ридель, директор нового института, приветствовал их с нескрываемой неприязнью.

– Ваш муж болен, – сказал он ей, – его лечит доктор Кюне. Предлагаю вам отправиться прямо к нему.