Кондаков опубликовал целый ряд новаторских работ: «Древняя архитектура Грузии» (1876), «Миниатюры греческой рукописи Псалтири IX века из собрания А. И. Хлудова в Москве» (1878), «Мозаики мечети Кахрие-Джамиси (Μονή της Χώρας) в Константинополе» (1881) и «Путешествие на Синай» (1882). Благодаря этому он получил должность профессора Санкт-Петербургского университета (1888–1897) и пост старшего хранителя Отделения Средних веков и Возрождения в Императорском Эрмитаже (1888–1893). Занимая должность хранителя, Кондаков часто имел дело с предметами византийского декоративно-прикладного искусства, и это подпитывало в нем интерес к данному виду искусства, в результате чего он создал свой знаменитый труд 1892 года о византийских эмалях, который был опубликован одновременно на французском и немецком языках [Кондаков 1892; Kondakov 1892a; Kondakov 1892b]. И в российской, и в зарубежной печати рецензии на его труды были положительные, в том числе от ведущих европейских византологов Чарльза Диля и Пола Вебера, так что международная репутация Кондакова еще более упрочнилась. Он не только получил золотую медаль Императорского русского археологического общества, но также стал почетным членом Европейского археологического общества в Италии и был награжден французским орденом Почетного легиона [Савина 1991].

В те же годы Кондаков стал одним из основателей Русского археологического института в Константинополе. Задуманный в 1887 году, тот был открыт 26 февраля 1895 года [Пятницкий 1991б: 28]. Этот институт во главе с Ф. И. Успенским пользовался активной поддержкой со стороны русского посла в Константинополе А. И. Нелидова, который живо интересовался деятельностью учреждения и содействовал всем его начинаниям. Главной целью института как ведущего научного центра стало исследование искусства, архитектуры, истории и культуры Византии. За время его существования в нем была собрана обширная библиотека, осуществлялся надзор за целым рядом важных экспедиций и раскопок на всей территории Османской империи, в том числе в Болгарии, Македонии, Сирии, Палестине и на горе Афон, в результате чего в рамках института был создан Кабинет древностей. Со временем этот кабинет постепенно расширился до масштабов небольшого музея, в коллекции которого вошли многие важные византийские артефакты и произведения искусства, в том числе икона XIV века с изображением святой Анастасии Узорешительницы и икона XVI века с горы Афон, изображающая Христа Вседержителя (обе они теперь хранятся в Эрмитаже), а также архитектурные фрагменты и рельефы из Кахрие-Джами, ипподрома и Халкопратийской церкви [Пятницкий 1991б: 31]. Институт был открыт для всех исследователей Византии, как русских, так и иностранцев, и под его патронажем были опубликованы 16 томов «Известий РАИК», где печатались статьи о новейших открытиях и достижениях института. О результатах работы института регулярно сообщалось и в издании «Византийский временник» – одном из ведущих научных журналов в области византологии, который был основан в 1894 году и выходил под эгидой Императорской академии наук. Помимо чисто исследовательской деятельности, на протяжении многих лет Русский археологический институт также активно занимался практическим сохранением и восстановлением уцелевших памятников византийской древности, которыми османские власти не интересовались на протяжении многих веков.

Как отметил Стасов еще в 1885 году, первоначальный интерес специалистов и широкой публики к Византии постепенно распространился и на художественное наследие Древней Руси. Некоторые работы по изучению русского искусства появились еще в середине XIX века, например «Древности Российского государства» (1849–1853) Ф. Г. Солнцева, «Исследования о русском иконописании» (1849) И. П. Сахарова и «История русских школ иконописания до конца XVII века» (1856) Д. А. Ровинского, тем не менее это были единичные начинания отдельных энтузиастов [Солнцев 1849–1853; Сахаров 1849; Ровинский 1856]. Тщательное и систематическое изучение древнерусского искусства как особая область научных изысканий возникло лишь в конце 1880-х годов в значительной мере благодаря Кондакову и его ученикам, которых всё больше занимали черты различия и сходства между древнерусским искусством и его византийскими прототипами. В 1888–1889 годах Кондаков лично участвовал в археологических раскопках в Херсонесе и там имел возможность непосредственно ознакомиться с сохранившимися памятниками и артефактами из древнегреческих, византийских и древнерусских поселений на территории Крымского полуострова. В результате он увлекся изучением постепенной эволюции греческих и византийских художественных форм и их преобразования в узнаваемую, характерную русскую иконописную традицию. Так, например, в 1888 году Кондаков опубликовал ряд небольших исследований, посвященных русско-византийским памятникам Киева и Феодосии. В годы, непосредственно предшествующие этим публикациям, Прахов впервые очистил и отреставрировал фрески и мозаики Софийского собора, Кирилловской церкви и Михайловского Златоверхого монастыря, а также организовал сопутствующие выставки полноразмерных копий этих памятников монументального искусства в Санкт-Петербурге и Одессе и тем самым привлек к ним внимание публики и специалистов, в том числе Кондакова.

К середине 1890-х годов Кондаков практически полностью сосредоточился на изучении ранневизантийского влияния на памятники и искусство Киева, Владимира, Новгорода и Пскова [Кондаков 1888а; Кондаков 1888б]. Особенно ярко эти новые интересы отразились в книге «Русские клады: Исследование древностей великокняжеского периода» (1896), а также в авторитетной шеститомной энциклопедии «Русские древности в памятниках искусства» (1889–1899), в которой соавтором Кондакова выступил граф И. И. Толстой, вице-президент Императорской академии художеств [Кондаков 1896; Кондаков, Толстой 1889–1899]. Эта энциклопедия давала чрезвычайно широкий обзор произведений искусства, созданных на территории Киевской Руси, начиная со скифского периода и заканчивая XIV веком, – это было первое всеобъемлющее историческое описание древнерусского искусства. В энциклопедию вошло более тысячи иллюстраций, а в 1891 году она была переведена на французский язык и таким образом стала доступна для более широкой аудитории в других странах [Kondakov, Tolstoy 1891].

В этом издании Кондаков приложил значительные усилия к тому, чтобы провести различие между «византийским», «русско-византийским» и чисто «русским» изобразительным искусством. Так, например, он указал на существование отчетливых художественных изменений, знаменующих собой переход от «греческих» мозаик и фресок Софии Киевской к тем, что были обнаружены в Михайловском Златоверхом монастыре: с его точки зрения, удлиненные пропорции и нарочитые позы фигур на изображениях из монастыря обнаруживают очевидный отход от более статичной и стилизованной монументальности софийских изображений. Кондаков сделал вывод о том, что эти изменения были связаны с участием русских ремесленников, которых, должно быть, привлекли к созданию внутреннего декора монастыря в помощь византийским мастерам. Кроме того, Кондаков считал, что произведения монументального искусства во Владимире, Новгороде и Пскове значительно отошли от узнаваемой византийской, или «греческой», изобразительной манеры киевских памятников и содержат чисто русские изобразительные элементы. Этот новаторский методологический подход к анализу и классификации русского средневекового искусства и архитектуры ознаменовал собой важное изменение по сравнению с пониманием (или, скорее, непониманием) этих памятников в начале и середине XIX века. Как указывает Ю. Р. Савельев, термины «византийский», «русско-византийский», «византо-русский» и «допетровский» применялись беспорядочно в отношении множества раннехристианских и средневековых памятников на всей территории Российской империи, при этом их индивидуальным и изобразительным особенностям не уделялось должного внимания [Савельев 2006: 36–37]. Соответственно, во многих русских изданиях XIX века термин «византийский» использовался расширительно: для описания всей средневековой архитектуры, которую нельзя было однозначно определить как «готическую» или «романскую».