Сама церковная жизнь после закрытия церквей ни в коей мере не прекращалась, хотя и претерпевала ощутимые изменения. Изгнанные из обителей монахи и монахини в большинстве продолжали вести монашескую жизнь, рассеявшись по деревням и маленьким городам. Члены приходов, лишившихся своего храма, часто продолжали собираться вместе и в доступной им форме совершать богослужения (в частных домах, в лесах, у почитаемых природных объектов, например, родников). Часто происходили категорически запрещенные советским законодательством крестные ходы по полям, продолжали совершаться паломничества к почитаемым святыням — как правило, закрытым монастырям и церквам, где когда–то хранились чудотворные иконы и мощи святых. По подсчетам, сделанным в 1940‑е годы, число участников крупнейших из таких ежегодных паломничеств (к бывшей Курской Коренной пустыни, в с. Великорецкое в Кировской области, к Светлому озеру в Горьковской области и др.) достигало нескольких тысяч человек в каждом случае.
Преследования верующих, развернувшиеся в Советском Союзе, были беспрецедентны по своему размаху. Однако и в других частях света в XX столетии происходили столкновения между различными политическими режимами и религиозными объединениями, которые порой принимали форму настоящих гонений. Жесткие преследования в отношении Католической церкви развернулись в Мексике, где в 1917 г. была принята новая антиклерикальная конституция, лишавшая ее собственности и — что было особенно болезненно — права преподавания вероучительных дисциплин в школе. Радикализм мексиканских правительств левой ориентации привел к вооруженному восстанию «кристерос» (от испанского произношения имени Христа; 1926-1929), фактически — к религиозной гражданской войне. Однако преследования духовенства и верующих продолжались и по ее окончании, вплоть до 1940 г. В послевоенный период преследования как против христиан, так и против мусульман развернулись в коммунистической Албании. Особенно активные гонения развернулись в 1967-1969 гг. Религиозное имущество национализировалось, церкви, монастыри и мечети разрушались. Запрещалось давать христианские и мусульманские имена детям. В ноябре 1969 г. Албания была официально провозглашена первой в мире атеистической страной. В конце 1970‑х годов было объявлено об окончательном искоренении всех религиозных предрассудков. Православная церковь Албании была фактически уничтожена. В живых осталось около 15 священников.
В Китае во второй половине XX в., после провозглашения атеизма государственной идеологией, религия также подверглась целенаправленным преследованиям, которые затронули как традиционные китайские верования, так и буддизм, все конфессии христианства и ислам. В период «культурной революции» (1966-1976), в ходе которой было объявлено о необходимости избавиться от всех старых обычаев и идей, а также форм общественной жизни, была развернута радикальная борьба с религиозными институтами. Искоренялись любые проявления религиозности: было уничтожено множество храмов и иных культовых построек и скульптур, монахи были изгнаны из монастырей, подверглись репрессиям служители церквей, были осквернены и пришли в запустение священные места. Исследователи, в свою очередь, были лишены возможности заниматься изучением проблем, связанных с религией. Даже из Национального Пекинского музея исчезли многочисленные статуи Будды. В Тибете, который в 1951 г. оказался под контролем Китая, и в Синьцзян–Уйгурском автономном районе (северо–запад Китая) борьба с буддистскими в первом случае и исламскими во втором случае религиозными институтами шла в контексте борьбы с проявлениями местного сепаратизма. Только с 1980‑х годов в Китае стала постепенно возрождаться религиозная жизнь. ЦК Коммунистической партии Китая объявил о свободе вероисповеданий, обратил внимание на защиту объектов религиозного назначения, имеющих историческую ценность. В 1980 г. Госсоветом КНР был принят нормативный документ о полном восстановлении прав собственности религиозных объединений на ранее принадлежавшие им объекты недвижимости и о возвращении зданий, занятых в период «культурной революции», христианских храмов, буддистских кумирен, даосских храмов и др. их первоначальным владельцам.
Параллельно с репрессивной политикой государственная власть в СССР нащупывала рычаги подчинения религиозных институтов собственному контролю и использования их в своих интересах — как внутренних, так и внешнеполитических. Эпизодически такие поиски предпринимались уже в 1930‑е годы (например, в рамках противодействия международной кампании в защиту верующих в СССР в 1930 г.), но стали особенно интенсивны с началом Второй мировой войны. Это привело к созданию нового баланса между государством и религиозными институтами. В 1943 г. после 18-летнего перерыва состоялись выборы патриарха Московского и всея Руси, Церковь получила возможность открыть духовные учебные заведения, возобновить издательскую деятельность, начали открываться храмы. К началу 1949 г. в СССР действовали более 14 тыс. православных церквей и молитвенных домов (самое большое число за весь период с конца 1930‑х по начало 1980‑х годов). В том же 1943 г. в СССР был создан новый государственный орган, ответственный за религиозную политику советской власти, — Совет по делам Русской православной церкви при СНК СССР. Позднее (весной 1944 г.) начал работу Совет по делам религиозных культов, в ведение которого входили все остальные религиозные организации страны. В 1965 г. оба эти Совета были объединены в один Совет по делам религий при Совете министров СССР. Именно эту новую систему государственно–церковных отношений, в рамках которой задача уничтожения Православной церкви и других религиозных институтов была снята с повестки дня, но контроль над ними и ограничения их по–прежнему сохранялись, советское руководство стремилось предложить в качестве образца своим сателлитам в Центральной и Восточной Европе. При этом в условиях противостояния с Ватиканом было предпринято перекраивание конфессиональной карты Восточной Европы, заключавшееся в насильственной ликвидации Греко–католических церквей в СССР, Чехословакии и Румынии и присоединении бывших «униатских» приходов к Православным церквам соответствующих стран. Эта акция создала условия для жесткого религиозного противостояния в этом регионе в 1980-1990‑е годы.
Однако социалистические государства в странах Центральной, Восточной и Южной Европы, несмотря на их внешне идеологически враждебное отношение к религии и церкви, при создании системы государственно–церковных отношений не слишком строго следовали теоретическим постулатам об отделении церкви от государства. На практике, несмотря на открыто негативное отношение к предшествующему политическому строю, как государством, так и церквами воспроизводились привычные механизмы взаимодействия. Так, конституции Югославии (1946), Болгарии (1947) и Румынии (1948) провозглашали принцип свободы совести, отделения церкви от государства и школы от церкви, но вместе с тем закрепляли и автономный характер внутренней жизни религиозных организаций. Церкви сохраняли право собственности на недвижимость, предметы культа, имели право на субсидии со стороны государства. В отличие от довоенной практики СССР церкви, имеющие национальный характер, не объявлялись врагами новой политической системы. Была сформулирована задача превращения церквей в «народный» институт. В любом случае для всех стран было характерно активное участие коммунистических государственных органов во внутренней жизни церквей. Пожалуй, наиболее мягкой была ситуация в ГДР, где отсутствовало государственное законодательство, регламентирующее характер деятельности и организационного устройства церковных институтов.
Вместе с тем и восточноевропейские государства не отказывались от использования авторитета религиозных объединений и их лидеров в своих интересах, прежде всего во внешней политики. Например, некоторая нормализация отношений Католической церкви с польским социалистическим правительством произошла в конце 1950‑х годов на базе признания необходимости сохранения новой западной польской границы. Имея мощные местные Католические церкви, руководство ряда стран Восточной Европы не могло себе позволить жесткую конфронтационную линию по отношению к Ватикану, а стремилось достигать компромиссов для поддержания стабильности, что соответствовало основным направлениям Восточной политики Ватикана. Особое значение получила международная деятельность представителей религиозных объединений Восточной Европы в условиях холодной войны. Все это позволило религиозным институтам выжить, найти новый modus vivendi с враждебной властью, организовать с нею прагматическое сотрудничество, а на новом историческом этапе — вернуться в общественную жизнь после ее падения (как правило, в 1990‑е годы).
