Прибыв на место, сыщик обнаружил, что казна воеводства пуста, зато в доме Францбекова при обыске нашлось денег, соболей, имущества и кабальных расписок на сумму 12 742 рублей. При этом самым главным должником воеводы оказался Хабаров: он задолжал 7 000 рублей.

Не осталась без рассмотрения и просьба Хабарова прислать на Амур большой военный отряд. Глава Сибирского приказа, боярин князь Алексей Никитич Трубецкой, повелел начать подготовку к этому, а для проверки информации на месте отправил на Амур Дмитрия Ивановича Зиновьева, дав ему 150 стрельцов, и позволив набрать по пути ещё столько же.

Когда на Амуре весной 1653 года сошёл лёд, отряд Хабарова двинулся вверх по течению Амура до владений князька Кокурея в устье реки Зеи. То место приглянулось Ерофею Павловичу ещё в прошлом году. Он намеревался всё-таки построить там острог и посеять хлеб на окрестных землях. 25 августа 1653 года туда же пришёл Зиновьев с тремя сотнями стрельцов и тридцатью охотниками.

Хабаров устроил высокому гостю из Москвы торжественную встречу. Тот раздал царские награды всем участникам похода. На следующий день Зиновьев встретился с местными князьками, пообещал им праведный суд и защиту, после чего одарил тканями и посудой. А на третий день Дмитрий Иванович, прочитавший в Москве донос Стеншина, сместил Хабарова с должности и направил в Москву для разбирательства.

Ерофей Павлович попросил показать бумагу, в которой бы это было написано. Его опыт общения с сибирскими воеводами слишком наглядно показывал, что посланцы из столицы часто позволяют себе заниматься самоуправством. Но Зиновьев только побил дерзкого приказного и посадил его под стражу. А затем начал собирать с людей Хабарова любые свидетельства злоупотреблений Ерофея Павловича. И таких набралось немало.

Командовать амурской экспедицией оставили есаула и пушкаря Онуфрия Степанова. Ему дали распоряжение завести пашни в устье реки Урки и в следующем году посеять там хлеб для пропитания шести тысяч человек. А ещё в устьях рек Зея и Урка следовало построить укреплённые городки.

15 сентября 1653 года Зиновьев отправился в обратный путь, захватив с собой Хабарова, полторы сотни стрельцов, весь собранный ясак и ясачные книги. Также с ним отправились зачинщики августовского бунта 1652 года, бывшие главными критиками и обвинителями Ерофея Павловича.

По пути Зиновьев грабил служилых людей, которых встречал, чем вызвал ненависть даже у врагов Хабарова. Поэтому Дмитрий Иванович устроил всё так, чтобы прибыть в Москву первым. В декабре 1654 года он отчитался перед главой Сибирского приказа Алексеем Никитичем Трубецким и его помощником дьяком Григорием Протопоповым. Так что когда Хабаров приехал в феврале 1655 года, в Сибирском приказе уже были настроены против него. Но его опрос Трубецким и Протопоповым показал, что Ерофей Павлович сделал много полезного для государства и его проступки на фоне всего этого выглядят слишком мелкими и малозначительными.

Почувствовав поддержку главы Сибирского приказа, Хабаров подал жалобу на Зиновьева, обвинив того в издевательствах, вымогательстве взяток и присвоении имущества. Следствие по этой жалобе вёл боярин Григорий Семёнович Куракин. Он оказался достаточно объективным, чтобы понять все обстоятельства дела, не испытывая сословных пристрастий. Зиновьев отпирался и лжесвидетельствовал, но его всё равно признали виновным в злоупотреблениях служебным положением. Но так как Дмитрий Иванович был московским дворянином, его лишь предупредили и повелели вернуть имущество, незаконно отнятое у Хабарова. Вернуть удалось в лучшем случае четверть или даже меньше. Остальное хитрый Зиновьев успел продать, а часть вещей, опознанных Ерофеем, называл своими и давал об этом клятву на кресте.

Тягаться с московским дворянином было тяжело и слишком опасно. Отдав возвращённое имущество в погашение своих многочисленных долгов, Хабаров 5 июня 1655 года написал челобитную царю Алексею Михайловичу, моля зачислить его на государеву службу в тот чин, в какой сочтут нужным. К челобитной прикладывался послужной список Ерофея Павловича, а также перечислялись все случаи, когда казна не расплатилась с ним (за ущерб от Головина, за хлеб, отданный для снабжения продовольствием Якутского острога и т. п.).

Денег Алексей Михайлович не дал: в стране из-за проблем с финансами как раз проводилась реформа, окончившаяся позже Медным бунтом. Долг Хабарова казне оставался: его требовалось погасить. Но за заслуги перед отечеством крестьянского сына произвели в дети боярские, установив ему годовой оклад в размере 10 рублей денег, 10 четвертей ржи, 10 четвертей овса и 1.5 пуда соли.

Сибирский приказ отправил Ерофея Павловича в Илимское воеводство. Там он поселился на Киренге, в своей деревне, и снова занялся хлебопашеством. Илимский воевода подыскал Хабарову место приказчика пашенных крестьян в Киренском присуде. На территории от устья Куты до Чечуя, где находилось несколько десятков больших и малых деревень, Ерофей Павлович должен был следить, чтобы казённые земли качественно вспахивались, а хлеба вовремя убирались, чтобы крестьяне трудились на своих и на государственных полях и не предавались азартными играми, пьянству и прочим злоупотреблениям.

Долг перед казной, возникший в ходе подготовки к двум Амурским экспедициям, Хабарову так и не простили. Но Ерофей Павлович сумел договориться с ленским воеводой о том, что в погашение этого долга он каждый год будет отправлять из Киренги в Якутский острог по тысяче пудов хлеба.

Наконец-то Хабаров смог воссоединиться с женой и детьми. Их привезли в Якутский острог ещё в 1652 году. Но детей пришлось отделить, чтобы им не перешёл отцовский долг перед казной. А ещё этот долг не позволил Ерофею Павловичу снова отправиться на берега Амура. Он упрашивал разных воевод, он писал челобитные, но постоянно получал отказ. Зимой 1667 – 1668 года он даже решился самолично поехать в Москву, чтобы решить этот вопрос там. В Сибирском приказе челобитную Хабарова приняли и даже повысили ему оклад за многолетнюю добросовестную службу. Но новую экспедицию не разрешили.

Умер Ерофей Павлович зимой 1670 – 1671 годов. Известно, что свою деревню в Киренге вместе с пашнями и мельницей он завещал Киренскому монастырю. Сохранилась челобитная, которую монахи отправили илимскому воеводе 9 февраля 1671 года. В этом документе они сообщали, что Хабаров умер, и просили подтвердить их право владения завещанным им имуществом.

31 мая 1858 года на берегу Амура был основан военный пост 13-го Сибирского линейного батальона. Руководил строительством капитан Яков Васильевич Дьяченко, исполнявший обязанности командующего. А чуть позже генерал-губернатор Восточной Сибири Николай Николаевич Муравьёв-Амурский лично подобрал для этого поста название, Хабаровка, в честь землепроходца XVII века. Ныне Хабаровск – крупнейший российский город на Дальнем Востоке.

В 1909 году при строительстве Амурской железной дороги в 60 км на северо-запад от того места, где когда-то Хабаров увидел первый даурский городок, поставили бараки рабочих, строивших будущую станцию. Станцию, открывшуюся в 1914 году, назвали Ерофей Павлович. В 1934 году такое же имя получил и посёлок городского типа при ней. Так что землепроходец-устюжанин удостоился двух персональных топонимов.

В XXI веке станция Ерофей Павлович получила новое здание вокзала с архитектурными излишествами, призванными напоминать о ладьях русских землепроходцев.

Илимское воеводство основали в 1649 году. Его центром стал Илимский острог, которому в том же году официально дали статус города. Несмотря на суровый климат, в этих краях оказалось возможным выращивать рожь и даже получать неплохие урожаи этого злака. Вскоре воеводство сделалось самым населённым во всей Восточной Сибири.

В 1662 году руководить им назначили Лаврентия Авдеевича Обухова, ставшего двумя годами раньше московским дворянином. Будучи младшим сыном заурядного юрьевского помещика, Обухов расценивал своё новое назначение, прежде всего, как возможность разбогатеть и самоутвердиться. В принципе, это было обычным для воевод того времени, но Лаврентий Авдеевич выделялся из числа прочих особенной жадностью и самодурством. Он довел многих жителей воеводства до полного разорения поборами и повинностями. Особенно тяжело приходилось низшим сословиям: крестьянам, промысловикам и гулящим людям. Многие попали в кабальную зависимость не только к Обухову, но и к его приближённым. Понятно, что воеводу искренне ненавидели.