Русские вернулись в Амур и направились вниз по течению. Прошли, не останавливаясь, через земли, населённые гогулами, потом дючерами. 29 сентября заметили на левом берегу Амура утёс, рядом с которым проходила протока. Это место признали подходящим для зимовки. Дощаники завели в протоку, на высоком месте построили две сторожевых башни и одну проезжую, а между ними поставили стены. Внутри городка места оказалось немного, поэтому все избы для проживания участников похода там не поместились. Часть срубов пришлось ставить под стенами.
5 октября 1651 года Хабаров отправил сотню охотников для заготовки рыбы к устью ближайшей реки: там как раз шли на нерест лососёвые. Здешние земли были неплохо заселены, поэтому местные жители, ачаны, наблюдали за чужаками и сразу же заметили, когда пришлых стало меньше. 8 октября рано утром к зимовью Хабарова подошли две больших лодки, в каждой из которых находилось по 50 – 60 человек. Ачаны высадились на берег, бесшумно сняли часового и принялись поджигать стены городка.
Люди Ерофея Павловича не растерялись. Облачившись в доспехи, 36 русских принялись оборонять стены, стреляя в нападавших из пушек и пищалей, а семь десятков охотников выбрались через ворота и атаковали ачанов со спины. Бой длился около двух часов. Городок удалось отстоять. Ачаны побежали к лодкам и вскоре ушли вверх по Амуру. На следующий день вернулись рыболовы. С тех пор охрану городка усилили, оставляя ночью на дежурстве по нескольку человек, а стены укрепили.
Зимой занимались обычными делами, охотой на пушного зверя, да сбором ясака с местных племён. Ачаны дали заложников и 80 шкурок соболя. Их союзники дючеры – 200 шкурок и братьев вождя.
А 24 марта 1652 года на Ачанский городок напали маньчжуры. Их отряд, насчитывавший более двух тысяч человек (по другим сведениям – 600 человек), вышел из Нингуты ещё в конце 1651 года. За три месяца это войско, которым командовал фудутун Хайсэ и полководец Сифу, преодолело более тысячи километров и, в конце концов, обнаружило место, где зимовали русские. Маньчжуры имели при себе 6 пушек и 30 пищалей. Их атака началась на рассвете. Первым делом люди Хайсэ собирались уничтожить русских, которые ночевали в срубах за пределами городских стен. А потом намечалось расправиться с остальными.
Но люди Хабарова не потеряли присутствия духа. В одном исподнем они выбирались из срубов и через стены острога лезли к своим. Затем, взяв оружие, открывали ответный огонь по врагу. Первый натиск маньчжуров удалось отбить. Но за ним последовал второй, третий и так далее. К концу дня люди Хайсэ смогли занять срубы под стенами острога и с их крыш открыть прицельный огонь по защитникам городка. Русским пришлось залечь на время, а маньчжуры подошли к стене и начали прорубать в ней брешь. Когда пролом был готов, нападавшие стали подтаскивать туда пушки. В этот момент наступило некоторое затишье в ходе сражения, так как маньчжуры не хотели подстрелить своих.
Этого хватило, чтобы люди Хабарова собрались с силами и подкатили к бреши свою пушку. Маньчжуров, идущих на штурм, начали расстреливать прямой наводкой, а пушкари на башнях поддержали огонь сверху. Когда ошеломлённые враги побежали в безопасное место, Ерофей Павлович оставил полсотни человек охранять острог, а сам во главе полутора сотен русских бойцов бросился преследовать противника. В вечерних сумерках не было заметно, что защитников Ачанского городка совсем немного по сравнению с количеством маньчжуров. К тому же люди Хабарова захватили две вражеских пушки и тут же применили их против врага.
Штурмовая группа фудутуна Хайсэ обратилась в бегство, увлекая за собой и остальное войско. В суматохе маньчжуры бросили обоз со снаряжением и продовольствием, а также немалое количество оружия. Как докладывал потом Хабаров, его отряд потерял 10 человек убитыми, а 76 получили ранения. Вражеские потери Ерофей Павлович оценил в 676 человек. А добычей экспедиции стали 830 лошадей, обоз с хлебом, 2 пушки, 17 пищалей и 8 знамён.
Русским немало помогло то обстоятельство, что более половины маньчжурского войска составляли дауры, тунгусы и другие жители Приамурья, которых полководцы богдыхана захватили в плен и насильно обратили в солдаты. Эти подневольные люди не желали воевать и при первой же возможности разбежались. За провальный поход фудутуна Хайсэ наказали, а непосредственно командовавший войсками Сифу был отстранён от своей должности и получил 100 ударов плетьми.
Люди Хабарова похоронили своих павших товарищей возле Ачанского городка, починили стены и продолжили собирать ясак. После победы над маньчжурами это стало проще, так как сильных всегда уважают. А когда Амур освободился ото льда, участники похода починили свои дощаники и пустились 22 апреля 1652 года вверх по течению, в земли дючеров. В прошлом году Ерофей Павлович не останавливался в них, торопясь найти место для зимовки. А теперь намеревался собрать с дючеров ясак.
В том месте, где река Сунгари впадает в Амур, русских поджидало новое войско маньчжуров, ещё большее по численности (6 тысяч человек). И только чудо спасло людей Хабарова от новой кровавой битвы, победить в который было бы крайне сложно. Ни русские, ни маньчжурские дозорные не заметили вражеского войска, а дощаники прошли это место под парусами при хорошем попутном ветре.
В июне Ерофея Павловича нагнал отряд Терентия Чечигина. Получив подкрепление и пополнив запасы пороха и свинца, участники похода собирали ясак с дючеров, потом с дауров. В конце июля 1652 года Хабаров и его люди остановились во владениях князька Кокурея, сына Турончи в устье реки Зеи. Ерофей Павлович хотел построить там острог и зазимовать в нём. Но более сотни человек из отряда выступили против этого. 1 августа они захватили три дощаника с казной и запасами и пустились вниз по Амуру. Попытки догнать их на лодках и убедить вернуться успеха не имели.
В этих обстоятельствах оставаться на зимовку в устье Зеи было опасно. Хабаров составил докладную записку Францбекову и отправил её в Якутский острог с надёжными людьми. Помимо всего прочего, он попросил военной помощи от Сибирского приказа. Затем распустил среди дауров слух, что вот-вот на Амур придёт огромное войско из Москвы. Это известие дошло до маньчжуров и заставило их отвести свой отряд от устья Сунгари вглубь страны, чтобы избежать нежелательной войны. После проигранного сражения у Ачанского городка они побаивались русских.
Собрав оставшихся людей, Хабаров 9 августа вышел из устья Зеи и направился вниз по течению Амура. 30 августа 1652 года он обнаружил острог, построенный беглецами из его отряда. По приказу Ерофея Павловича рядом был сооружён второй городок, в котором установили пушки. По беглецам дали залп, но это их не напугало. И тогда Хабаров собрал своих людей с оружием рядом с острогом и скомандовал начать штурм. Этого оказалось достаточно, чтобы беглецы сдались.
Ерофей Павлович учинил суд и приговорил 12 человек к наказанию палками. По некоторым данным их "батогами били вместо кнута, без рубах насмерть". Четверых зачинщиков бунта заковали в кандалы по рукам и ногам и посадили на несколько дней в тесной каморке.
В этом самом городке и зазимовали. До весны 1653 года люди Хабарова добывали пушнину, ловили рыбу для собственного пропитания и собирали ясак с гиляков.
Тем временем в Сибирском приказе шло расследование действий воеводы Францбекова и всех его людей. Начало этому процессу положил донос, поступивший 18 февраля 1652 года от дьяка Петра Григорьевича Стеншина. У Стеншина с Францбековым были давние счёты, начавшиеся ещё на прежней службе. Став ленским воеводой, Францбеков припомнил своему неприятелю былое и учинил тщательную проверку всех дел. Разумеется, вскрылись многочисленные нарушения, за которые Стеншина посадили в тюрьму, конфисковав всё его имущество.
Пётр Григорьевич этого не забыл и тщательно собирал компромат на Францбекова. Поскольку в его доносе было очень много конкретных фактов, Сибирский приказ не мог оставить такое без рассмотрения. И в феврале 1652 года в Якутский острог отправили государственного сыщика стольника Ивана Павловича Акинфова.