Вернувшись в Тибет в 1265 году, Чогьел Пхагпа назначил местных политических и религиозных лидеров – тысячников (хилиархов) или десятитысячников (мириархов) в зависимости от размера их юрисдикции. Все они придерживались школы тибетского буддизма Сакья, одобренной династией Юань. В 1269 году Чогьел Пхагпа представил Хубилай-хану новую версию монгольской письменности и был назначен императорским наставником. В большинстве случаев эту должность занимали члены семьи Кхон Сакья, и лишь изредка она доставалась выдающимся монахам школы Сакья. Начиная с Чогьела Пхагпы, лидеры школы Сакья становились императорскими наставниками. Когда император-ский наставник находился в Пекине, местные дела от его имени контролировал Сакья Тридзин, настоятель монастыря Сакья. У него были помощники: чиновник, должность которого называлась Сакья Пончен, занимался решением административных вопросов, а чиновник в должности Лончен осуществлял управление десятью тысячами домохозяйств, находящихся под прямой юрисдикцией Сакья. Чогьел Пхагпа создал монгольскую гвардию, подобную императорской гвардии Хешиг, и это начинание поддержали многие местные лидеры. Некоторые тысячники и десятитысячники даже получили возможность предстать перед императорами Юань и получили награды. Тибетские исторические документы свидетельствуют о том, что Тибет состоял из тринадцати мириархий в дина-стии Юань. Это лишь приблизительное количество. Фактическое число поселений различалось в зависимости от отношений между мириархами и режимом Сакья.
Приблизительно в 1280 году в тибетской провинции У-Цанг династия Юань основала Управление верховного комиссара по общественному порядку. После подавления восстания Дрикунг Кагью против Сакьяпы в 1292 году Хубилай-хан по предложению комиссии Сюаньчжэн-Юань объединил региональные управления маршалов в У-Цанге и Нгари в единое Управление верховного комиссара по умиротворению. Глав поселений, тысячников и десятитысячников выбирали из числа местных вождей. Другими руководителями, согласно «Биографиям чиновников» в «Истории династии Юань», были пять высших комиссаров по общественному порядку, два субпрефекта, один вице-комиссар, один административный чиновник, один командир гарнизона и один следователь по раскрытию краж. Были также два маршала Нгари, два маршала монгольской армии в У-Цанге, начальник транспорта в У-Цан-ге, начальник почты и инспектор. Их основными обязанностями были передача приказов Центрального правительства, управление курьерскими станциями и юаньскими войсками в Тибете.
Согласно историческим документам на тибетском языке, некоторые Сакья Пончены когда-то служили в комиссии Сюань-чжэн-Юань или одновременно занимали должность верховного комиссара по общественному порядку в У-Цанге. Например, Сакья Пончен Гьелва Зангпо работал секретарем в свите императорского наставника Сакья Пандита Кунга Гьялцена, а затем ему предложили должность в комиссии Сюаньчжэн-Юань. После того как он получил должность Пончена У-Цанга, Гьелва Зангпо вернулся в Тибет и женился. Он занимал разные высокие посты в комиссии Сюаньчжэн-Юань и работал в Юаньском суде в общей сложности 18 лет. Тай Ситу Чанчуб Гьялцэн говорил о нем так: «Он – чиновник первого ранга, Великий магистр Просветления и трижды избранный верховный комиссар комиссии Сю-аньчжэн-Юань. Только император имеет право уволить его или казнить». При участии Сакья Пончена династия Юань несколько раз посылала чиновников в Тибет, чтобы проверить информацию о домохозяйствах, решить вопрос о налогах и дани, взимаемой с поселений, организовать курьерские станции и наладить систему барщинного труда. Кроме того, юаньские войска и местные административные органы обеспечивали правление династии Юань и выполнение ее приказов в Тибете.
Вскоре после смерти Чогьела Пхагпы в правящей семье Кхон режима Сакья вспыхнула внутренняя борьба. Преемник императорского наставника Дхармапала Ракшита утверждал, что его двоюродный брат Даньи Ченпо Зангпо Пал не имел кровного родства с семьей Кхон, и Хубилай-хан сослал его на восток Китая, в Ханчжоу.
Поскольку после смерти Дхармапалы Ракшиты у семьи Кхон не было наследника мужского пола, император Чэнцзун дал приказ Даньи Ченпо Зангпо Пал: вернуться в семью Кхон, жениться и завести детей. У него было семь жен и двенадцать сыновей. Конфликты внутри семьи Кхон продолжались и после смерти Даньи Ченпо Зангпо Пала в 1322 году. Под руководством императорского наставника Кунга Лотро Гьялцена в 1325 году Сакьяпа был разделен на четыре сферы влияния, чтобы братья могли разделить власть и привилегии, полученные от императоров Юань. Жи-Тог контролировал монастырь Сакья, Лхакханг получил должность императорского префекта, Ринчен Ганг и Жи-Тог Ладранг разделили на-следство трона Сакьяпы, а Дучо Ладранг унаследовал титул князя Палена. Каждое владение возглавлял правитель, чей титул и имущество передавались по наследству из поколения в поколение. В каждом владении были свои подданные, поместья и замки. Сакья-па, как и ранее, пользовался поддержкой династии Юань, и каждый ладранг попрежнему имел более высокий государственный статус по сравнению с тринадцатью мириархами. Однако позднее им бросил вызов глава десятитысячного поселения, мириарх Пхагдру, и режим Сакья в конце концов распался из-за собственных внутренних противоречий.
По мере того как режим Сакья впадал в кризис и страдал от внутренних конфликтов, мириархия Пхагдру (также Пагмодру-па) в долине реки Ярлунгцангпо в Шаньнане набирала силу и постепенно поднималась под руководством Джанчуба Гьялцена (1302–1364) из семьи Лан. Когда Джанчуб Гьялцен был молод, он отправился в Сакью, чтобы служить в свите Даньи Ченпо Зангпо Пала. В то время он изучал буддизм и административное управление. Это путешествие имело целью поддерживать хорошие от-ношения с режимом Сакья, что было обычной практикой среди мириархов. Став в 1322 году мириархом Пхагдру, Джанчуб Гьялцен начал совершенствовать административное управление и развивать экономику, а также готовить сильную армию. Он настаивал на том, чтобы мириархия Пхагдру охватила все владения бывшего хана Хулагу, как это оговорено в указах Хубилай-хана и комиссии Сюаньчжэн-Юань, и требовал вернуть все отобранные земли. Его идея соответствовала законам династии Юань и желанию жителей Пхагдру. В ходе войны, длившейся более десяти лет, Джанчуб Гьялцен вернул утраченную некогда территорию, отошедшую к соседней мириархии Ясун.
Лидерам Сакьи не нравилось, что область Пхагдру приобрела такой вес, и они пытались убрать Джанчуба Гьялцена, занимая сторону его противников. Ни одна из этих попыток не увенчалась успехом, и дело кончилось бойкотом мириарха. В 1346 году Сакья Пончен Гьелва Зангпо повел войска мириархий Цальпа и Ямдрок к Недонгу, столице Пхагдру. Во время переговоров с мириархом Ясангом в присутствии Пончена Джанчуб Гьялцен был арестован и приказал сдать крепость Недонг. Однако противнику не удалось занять хорошо подготовленный Недонг. Затем Джанчуб Гьялцен был отправлен в Цанг под вооруженным конвоем. Когда Гьелва Зангпо был уволен с поста Сакья Пончена во время последовавшей борьбы за власть внутри режима Сакья, Джанчуб Гьялцен был отправлен обратно в Недонг. Следующий Сакья Пончен, Вангчук, приказал союзной армии мириархий Цальпа и Ямдрок снова атаковать Пхагдру в августе 1348 года. Союзная армия неоднократно терпела поражения из-за частой смены генералов, неправильного командования войсками и внутренних раздоров.
В 1304 году императорский наставник Ринчен Гьялцен направил монахам Сакья указ о защите монастырей
Войска Пхагдру заняли большую часть Ясангской мириархии и вынудили мириарха Цальпы уступить землю в обмен на мир. Джанчуб Гьялцен в 1350 году сообщил о своей победе юаньскому двору и в конце концов снискал его долгожданную благосклонность. В знак признания мириарх получил две серебряные печати от императора Шунди династии Юань. В 1353 году Пхагдру разбил союзные войска Цальпы и Дрикунга, находящиеся под патрона-жем клана Сакья. Воспользовавшись внутренними конфликтами Сакья, Джанчуб Гьялцен вступил в союз с Гьелва Зангпо и организовал контратаку. Войска Пхагдру вскоре заняли монастырь Сакья и большую часть региона У-Цанг, в итоге отстранив режим Сакья и получив контроль над Тибетом. В 1358 году Джанчуб Гьялцен конфисковал печать Сакья Пончен. Сонама Лотро вызвали в Пекин и назначили на пост императорского наставника. В 1360 году глава Пхагдру направил Шераба Таши в Пекин с просьбой о дополнительных поощрениях. Император Шунди даровал Джанчубу Гьялцену тигровую печать и мандат и заверил, что области Конг гар и Ринпунг переходят под его юрисдикцию. Шакья Ринчен, вассал Джанчуба Гьялцена, был назначен Чумигским мириархом. В присутствии монгольских маршалов и высших комиссаров по общественному порядку У-Цана в замке Недонг состоялась торжественная церемония объявления императорского мандата. Впоследствии в монастыре Денсатиль, резиденции школы Пхагдру Кагью, была проведена еще одна церемония, посвященная использованию тигровой печати (такая же печать была у Сакья Пончена). Эти церемонии ознаменовали переход власти к режиму Пхагдру.
