Перед кончиной в Лянчжоу в конце 1251 года Сакья Пандита доверил свое учение, мантию и учеников 17-летнему Чогьелу Пхаг пе, сделав его пятым обладателем престола Сакьяпы. В 1251 году Мункэ10 стал монгольским ханом. Чтобы привести в порядок феоды царской семьи и знати, он приказал исследовать информацию о домашних хозяйствах по всей стране, включая населенные тибетцами районы. В результате Мункэ-хан получил Дрикунгин У и Чумиг в Цанге; Хубилай получил Цальпу; Хулаг – Пхагдру, Ясанг и Тангбоче; Арик Бокегот – Таклунгпа, а Годан сохранил Сакью в качестве своего феода. Монгольские князья начали покровительствовать тибетским религиозным лидерам и назначать представителей местной знати чиновниками. В этот период были созданы мириархии Дрикунг, Фагдру и Цальпа (военно-административные округа, каждый из которых состоял из 10 тыс. семей).

В июне 1252 года Хубилай получил приказ от Мункэ-хана атаковать Сычуань из Ганьсу. Поскольку армия Южной Сун в Сычуа-ни организовала мощное сопротивление, используя преимущества высокогорного ландшафта, монгольские войска продвигались медленно. Хубилай обратился к Мункэ-хану с просьбой обойти населенные тибетцами районы, напасть на царство Дали в провинции Юньнань и в конечном итоге осадить Южную династию Сун. Эта тактика была неожиданной. Для того чтобы пройти через тысячи километров малонаселенных кочевых тибетских районов с ограниченными материальными ресурсами, монгольским войскам нужно было в значительной степени полагаться на тибетских лидеров, которые совсем недавно установили отношения с Монголией. Так, Чогьел Пхагпа был вызван в монгольский военный лагерь в Люпанских горах. В начале 1253 года тибетский религиозный лидер присягнул на верность Хубилаю на священной книге Хеваджратантра. Согласно «Истории Сакья», в награду он получил белую нефритовую печать, жемчужные сутаны, облачения, зонтики, золотые седла и лошадей. Чогьел Пхагпа позже стал религиозным советником Хубилая и переехал в Кайпин вместе с монгольским князем.

Печать, дарованная императором Юань Надписи на печатях гласят: «Великий имперский наставник возрождения буддизма»

Карма Пакши, еще один влиятельный деятель тибетского буддизма, также был приглашен в лагерь Хубилая, но оказался в нем несколько позже. Он поехал в Лянчжоу и Ганьчжоу проповедовать свое уче-ние и там получил несколько приглашений от Мункэ-хана, когда тот узнал о его поездках. В 1256 году Карма Пакши прибыл в лагерь Мункэ-хана в Мобее. Он преподавал буддийские учения Мункэ-хану и Арику Боке, а те его щедро одаривали. Говорили, что Мункэ-хан наградил Карму Пакши черной монашеской шляпой, из-за чего его система учения известна как Черная Шляпа Карма Кагью. После того как Хубилай унаследовал трон, Карма Пакши был брошен в тюрьму по подозрению в поддержке Арика Боке в борьбе за ханство. Однако в конце концов его освободили и разрешили вернуться в Тибет. Ни одна из тринадцати мириархий Тибета в династии Юань не контролировалась школой Карма Кагью, но ее религиозное влияние оставалось значимым. Рангджунг Дордже (1284–1339), третий Кармапа Карма Кагью Черной Шляпы, был дважды приглашен императорами династии Юань, чтобы преподавать буддизм в Даду (современный Пекин). Император Шунь-ди из династии Юань даровал ему титулы «Сарва Дхарма Шуньята Кармапа» и «Государственный наставник посвящения в тантру», а также нефритовые печати и императорские мандаты. Ролпе Дордже (1340–1383), четвертый Кармапа, также был весьма знаменит. В 1356 году император Шунь-ди вызвал его в Пекин. Он отправился в путь в 1358 году и прибыл в столицу в 1360 году. В целом он провел четыре года при дворе императора Шунь-ди, где его титуловали «Государственным наставником» и наградили нефритовой печатью. Ролпе Дордже уехал в Тибет в 1363 году. Некоторые из его свиты также получили титулы герцога или советника (покровителя народа), всех наградили печатями и императорскими мандатами.

Мункэ-хан погиб во время военной экспедиции против Южной династии Сун в Сычуани в 1259 году. Хубилай при поддержке многих членов королевской семьи и министров унаследовал трон в Кайпине в марте следующего года. Однако в мае того же года Арик Боке также объявил себя ханом на Алтае. Началась их битва за трон. Арик Боке потерпел поражение и был вынужден сдаться в июле 1264 года. Чтобы избавиться от контроля консервативных монгольских сил, Хубилай-хан решил изменить старую административную систему. Он усвоил уроки китайских династий и установил новую систему правления. Таким образом его ханство положило начало китайской династии Юань. В конце 1260 года Хубилай-хан назначил Чогьела Пхагпу государственным наставником по управлению национальными буддийскими делами. В 1264 году Чогьел Пхагпа и его брат Чакна Дордже были отправлены обратно в Тибет, чтобы занять административные посты на местах. Чогьел Пхагпа получил императорский указ, а Чакна Дордже – княжеский титул и золотую печать. Тем временем Хубилай-хан учредил Высшую контрольную комиссию по буддизму и Тибету – Цзунчжи-Юань. В 1288 году комиссия была переименована в Сюаньчжэн-Юань, или Комиссию по буддизму и Тибету.

Печать, дарованная князю Чакна Дордже, с оттиском

Чогьел Пхагпа как государственный наставник был назначен главой комиссии. Высшие комиссары осуществляли контроль за повседневными делами, а другие должностные лица, такие как субпрефекты, вице-комиссары и помощники комиссаров, находи-лись у них в подчинении. Обычно в комиссии Сюаньчжэн-Юань было два высших комиссара, но иногда количество этих должностей сокращали до одной или увеличивали до десяти. В главе «Биографии выдающихся буддистов» в книге «История династии Юань» отмечено: «Второй верховный комиссар Сюаньчжэн-Юань должен был быть монахом, рекомендованным императорским наставником». А судя по главе «Биографии чиновников», «чиновники в комиссию Сюаньчжэн-Юань выбирались из монахов, военных офицеров или мирян». Эти сведения говорят о том, что Комиссия по буддизму и Тибету Сюаньчжэн-Юань имела право назначать чиновников.

Самым известным тибетским верховным комиссаром был Сангха, который также занимал пост премьерминистра при дворе Хубилай-хана. Верховные комиссары назначались непосредственно императорами Юань. То есть администрация Чогьела Пхагпы в Тибете была частью центральной административной системы при династии Юань. Статус Чогьела Пхагпы как главы Тибета и лидера тибетского буддизма указывал на намерение установить местную теократию. Высшие должностные лица в тибетских населенных пунктах назначались императорскими наставниками или комиссией Сюаньчжэн-Юань, а затем их назначение заверяли императоры Юань – золотой, серебряной или нефритовой печатью. Согласно историческим документам, тибетская знать и буддийские монахи были в основном рекомендованы императорскими наставниками, в то время как верховный комиссар по общественному порядку, маршал и офицер Дарукай назначались комиссией Сюаньчжэн-Юань. Комиссия Сюаньчжэн-Юань также отвечала за исполнение законов в Тибете. Ее инспекторы выезжали на места для проверки регистрации местных домашних хозяйств, разрешения споров между поселениями и ревизии судебных дел. Кроме того, комиссия сотрудничала с Тайным советом по военным операциям в районах, населенных тибетцами.

Печать Тайного совета с оттиском по системе письменности Пхагпы

Лицевая (справа) и тыльная (слева) сторона бумажных денег династии Юань