Двадцать девятого июня 1943 года, всего через две недели после ночи, проведенной Робертом с Тэтлок, полковник Борис Паш, начальник контрразведки сухопутных войск на Западном побережье США, отправил в Пентагон записку, рекомендуя отказать Оппенгеймеру в секретном допуске и уволить его. Паш писал, что у него есть сведения, говорящие о том, что Оппенгеймер, «возможно, все еще связан с Коммунистической партией». Никаких прямых улик у него не было. Он привел в пример встречу Оппенгеймера с Тэтлок и телефонный звонок ученого Дэвиду Хокинсу, «члену партии, состоявшему в контакте с Бернадетт Дойл и Стивом Нельсоном».

Паш подозревал, что Оппенгеймер, даже если он сам не согласился напрямую поставлять научную информацию партии, «мог предоставлять эту информацию другим лицам, с кем поддерживал контакт, которые, в свою очередь, могли передать» сведения о Манхэттенском проекте Советскому Союзу. Естественно, Паш подозревал, что таким средним звеном служила Тэтлок. Коллеги из ФБР наверняка поставили его в известность, что не позднее августа 1943 года Тэтлок начала активно участвовать в делах Компартии.

В представлении Паша Тэтлок являлась главной подозреваемой в шпионаже, и он надеялся это доказать после установки прослушивающего устройства. А если не получится, то воспользоваться отношениями Оппенгеймера с Тэтлок как оружием против ученого. В конце июня Паш изложил свои мысли на этот счет в длинной пояснительной записке новому заму Гровса по вопросам безопасности, подполковнику Джону Лансдейлу, хитрому тридцатиоднолетнему юристу из Кливленда. Паш советовал Лансдейлу: если не получится выгнать Оппенгеймера сразу, ученого следует вызвать в Вашингтон и на месте припугнуть «Законом о борьбе со шпионской деятельностью» и вытекающими из него последствиями. Ему следовало поставить на вид, что военная разведка осведомлена о его связях с Коммунистической партией и что правительство не потерпит передачи сведений его партийным дружкам. Подобно генералу Гровсу, Паш рассчитывал воспользоваться амбициозностью и гордостью Оппенгеймера для того, чтобы держать его в узде: «По мнению моей службы, — писал Паш, — данное лицо лично заинтересовано в защите своего будущего и своей репутации, а также высокой чести, которой оно удостоится в случае успеха настоящего проекта, а потому постарается всячески сотрудничать с правительством в отношении всего, что позволит ему сохранить руководящую должность».

Однако к тому времени Лансдейл успел познакомиться с Оппенгеймером и, в отличие от Паша, проникнуться к ученому симпатией и доверием. В то же время он понимал, что, пока Оппи стоит во главе проекта, его политические связи будут вызывать постоянное беспокойство. Лансдейл направил Гровсу четко сформулированную докладную записку на двух страницах с изложением всех установленных фактов. Он перечислил все группы-«вывески» (по классификации ФБР), в которых Оппи состоял несколько лет, от Американского союза защиты гражданских свобод до Американского комитета защиты демократии и свободы мысли. Лансдейл перечислил связи ученого с такими явными или подозреваемыми коммунистами, как Уильям Шнайдерман, Стив Нельсон, доктор Ханна Л. Питерс, которую Лансдейл назвал «организатором отделения врачей в секции профессиональных работников Коммунистической партии округа Аламида, штат Калифорния», Айзек Фолкоф, а также с личными друзьями вроде Джин Тэтлок, «с которой Оппенгеймер, как утверждается, поддерживает внебрачные отношения», и Хоконом Шевалье, «считающимся членом Коммунистической партии». На взгляд Лансдейла, больше всего Оппенгеймера дискредитировало то, что помощница Стива Нельсона Бернадетт Дойл «по сведениям, полученным из надежного источника [т. е. путем перехвата телефонных разговоров], отзывалась о Дж. Р. Оппенгеймере и его брате Фрэнке как о действительных членах Коммунистической партии».

Тем не менее Лансдейл не стал предлагать увольнения Оппенгеймера. Вместо этого он рекомендовал Гровсу в июле 1943 года «дать понять Оппенгеймеру, что у вас есть надежные сведения, изобличающие попытки Компартии заполучить информацию» о Манхэттенском проекте. «Скажите ему, — писал Лансдейл, — что вам известна личность некоторых предателей, участвующих в этой деятельности…» Иные из них, отмечал Лансдейл, пока еще не проявили себя, и по этой причине армейцы будут методически удалять из проекта всех, кто придерживается линии Коммунистической партии. Никаких массовых чисток — увольнения будут опираться на тщательное расследование и весомые доказательства. Лансдейл намеревался использовать для этого Оппенгеймера: «Ему необходимо сказать, что мы долго думали, прежде чем проявить к нему доверие в таком вопросе… ввиду его известной симпатии к Коммунистической партии, а также связей и дружбы с некоторыми ее членами». Похоже, что Лансдейл всерьез надеялся, что такой подход заставит Оппенгеймера выдать сообщников. Другими словами, Лансдейл советовал Гровсу пригрозить Оппенгеймеру потерей должности директора по науке, чтобы превратить его в стукача.

В течение многих месяцев, да и, по сути, весь период работы на государственной службе Оппенгеймера постоянно донимали различные варианты «подкопов» в духе Паша — Лансдейла. В Лос-Аламосе ему придавали помощников, в действительности являвшихся «специально обученными агентами военной контрразведки, играющими роль не только телохранителей, но и тайных агентов на рабочем месте». Водитель и телохранитель Оппи Эндрю Уокер был агентом контрразведки и подчинялся непосредственно полковнику Пашу. Почту ученого вскрывали, телефон прослушивали, в кабинете установили «жучки». Плотное физическое и электронное наблюдение продолжалось и в послевоенные годы. На бывшие связи Оппенгеймера то и дело указывали комитеты конгресса и ФБР, ему то и дело намекали, что он подозревается в принадлежности к Коммунистической партии. 

Генерал Гровс согласился с рекомендациями подполковника Лансдейла. Оппенгеймеру позволили остаться на посту директора по науке, а Лансдейлу — опутать ученого своей секретной паутиной. Неудивительно, что Паш принял эту тонкую стратегию в штыки, однако 20 июля 1943 года Гровс приказал отделу безопасности Манхэттенского проекта выдать Оппенгеймеру секретный допуск. Это требовалось сделать «независимо от имеющихся сведений о мистере Оппенгеймере. Он абсолютно незаменим для проекта». Решение довело до точки кипения не одного Паша. Сообщая Оппенгеймеру о выдаче секретного допуска, порученец Гровса подполковник Кеннет Николс предупредил ученого: «В будущем прошу вас избегать встреч с вашими сомнительными друзьями и помнить, что за пределами Лос-Аламоса мы будем за вами следить». Николс и без того сильно недолюбливал Оппенгеймера — не только из-за прежних связей с коммунистами, но и потому, что, на его взгляд, Оппенгеймер подрывал безопасность Лос-Аламоса, принимая на работу всяких «сомнительных лиц». Чем больше он наблюдал за Оппенгеймером, тем больше его презирал. То, что Гровс не разделял эмоций подчиненного и решил доверять физику, еще больше раздражало Николса и усугубляло его неприязнь к Оппенгеймеру.

Если дотянуться до самого Оппенгеймера не получалось, то на примете имелись более доступные цели — например, протеже Оппенгеймера Росси Ломаниц. 27 июля 1943 года юного физика — ему исполнился всего двадцать один год — вызвали в кабинет Эрнеста Лоуренса и объявили, что он назначен старшим группы в лаборатории радиации. Однако буквально через три дня, как следствие отчета Паша о проведенном расследовании, Ломаниц получил заказное письмо со штампом призывной комиссии, предписывающее явиться на следующий день для прохождения медосмотра. Ломаниц немедленно позвонил Оппенгеймеру в Лос-Аламос и рассказал о случившемся. В тот же день Оппи отправил в Пентагон телеграмму, указывая на «очень серьезную ошибку. Ломаниц — единственный человек в Беркли, способный взять на себя эту ответственность». Несмотря на ходатайство Оппи, Ломаница спешно призвали в армию.