По иронии судьбы внимание публики к судилищу и его результату еще больше укрепило репутацию Оппенгеймера на родине и за рубежом. Если раньше он считался «отцом атомной бомбы», то теперь приобрел новую славу мученика от науки, наподобие Галилея. 282 ученых Лос-Аламоса, возмущенные и потрясенные решением, написали Строссу письмо в защиту Оппенгеймера. По всей стране 1100 других ученых и профессоров подписали еще одну петицию с протестом против решения. Стросс ответил, что решение КАЭ было «трудным, но справедливым». Тележурналист Эрик Севарейд заметил: «Он [Оппенгеймер] потерял доступ к тайнам, содержащимся в государственных документах, а государство утратило доступ к тайнам, зарождающимся в голове Оппенгеймера».

Друг Оппенгеймера, независимый обозреватель Джо Олсоп, тоже был возмущен решением. «Одним глупым, подлым поступком, — написал он Гордону Грею, — вы целиком отменили долг благодарности перед вами со стороны нашей страны». Джо и его брат Стюарт вскоре опубликовали в журнале «Харпер» разгромную статью на 15 000 слов, обвиняющую Стросса в «гадком извращении правосудия». По аналогии со статьей Эмиля Золя по делу Дрейфуса «Я обвиняю» Олсопы назвали свой памфлет «Мы обвиняем!». В характерном высокопарном стиле они заявили, что КАЭ опорочила не Роберта Оппенгеймера, а «высокое имя американской свободы». Между делами Оппенгеймера и Дрейфуса существовали явные параллели: оба происходили из богатой еврейской семьи, оба были вынуждены защищать свою честь от обвинений в предательстве перед судом. Олсопы предсказали, что в будущем дело Оппенгеймера приведет к таким же последствиям, как и дело Дрейфуса: «Подобно тому как самые мерзкие силы Франции, раздувшись от гордости и высокомерной непогрешимости, организовали дело Дрейфуса и обломали свои зубы, потеряв власть, о ничтожное творение своих рук, похожие на них силы в Америке, организовавшие атмосферу суда над Оппенгеймером, обломают свои зубы, потеряв власть, о дело Оппенгеймера».

После публикации сообщений о вердикте Джон Макклой написал судье Верховного суда Феликсу Франкфуртеру: «Какая трагедия, что человека, внесшего намного бо́льший вклад, чем половина генералов-медалистов, вместе взятых, после стольких лет сочли угрозой безопасности. Я слышал, что мои показания пришлись не по вкусу адмиралу [Льюису Строссу], но видит Бог — чего он ожидал? Я своими глазами видел вклад Оппи и мог бы многое еще сказать, да что толку?»

Франкфуртер постарался ободрить старого друга и ответил: «Вы многим открыли глаза на глубокую важность вашей концепции «конструктивной безопасности». Франкфуртер и Макклой единодушно считали Стросса виновником горестного положения дел.

В разгар развязанной Маккарти истерии Оппенгеймер стал ее самой известной жертвой. «Это было торжество маккартизма без участия самого Маккарти», — писал историк Бартон Д. Бернстейн. Президент Эйзенхауэр, похоже, был доволен победой Стросса, хотя и не знал, какими грязными методами она была одержана. В середине июня, явно не подозревая о характере и последствиях слушания, Айк направил Строссу короткую записку с предложением привлечь Оппенгеймера к решению задач опреснения морской воды: «Научный успех такого рода не имел бы равных для блага человечества». Стросс спустил предложение президента на тормозах.

С помощью друзей-единомышленников Льюис Стросс добился своего — «лишил Оппенгеймера сана». Последствия этого шага для американского общества были неизмеримы. В опалу попал всего один ученый. Однако возможность серьезных преследований за критику государственной политики насторожила всех его коллег. Вскоре после слушания соратник Оппенгеймера по МТИ доктор Ванневар Буш написал другу: «То, насколько человек технического склада, работающий с военными, имеет право публично высказывать свое мнение, довольно щекотливый вопрос. <…> Я соблюдал правила с почти религиозным усердием, возможно, даже чересчур». Опыт подсказывал Бушу, что публичное обсуждение того, о чем говорят в правительственных кулуарах, контрпродуктивно. С другой стороны, «когда гражданин видит, как его страна вступает на путь, который, на его взгляд, может обернуться катастрофой, он обязан высказать свое мнение». Буш разделял многие критические воззрения Оппенгеймера на растущую зависимость Вашингтона от ядерного оружия. Но в отличие от Оппенгеймера он никогда их не озвучивал. Оппенгеймер рискнул, и теперь коллеги наблюдали, как с ним расправляются за отвагу и патриотизм.

Научное сообщество переживало эту травму многие годы. Теллер стал для многих бывших друзей парией. Тремя годами позже Раби все еще не мог сдержать гнев в адрес тех, кто выступил против его друга. Столкнувшись с Юджином Зуккертом в дорогом французском ресторане Нью-Йорка «Вандомская площадь», Раби разразился яростными проклятиями. Он во всеуслышание обвинил Зуккерта в решении, которое тот принял в качестве члена КАЭ. Униженный Зуккерт поспешно ретировался и пожаловался Строссу на поведение Раби.

Ли Дюбридж написал Эду Кондону: «Само дело Оппенгеймера, вероятно, уже ничем не поправить. Термин “угроза безопасности” настолько широк, что можно начать с обвинений в измене, закончить осуждением за мелкую ложь, а наказание наложить как за измену. Я не сомневаюсь, что Роберт отчасти говорил неправду, и теперь в глазах общества любой, кто однажды солгал и в прошлом был “коммунистом”, не заслуживает прощения».

Несколько лет после Второй мировой войны ученых считали новым классом интеллигенции, членами касты жрецов, формирующих государственную политику, от которых по праву ожидали не только научных, но и философских советов по устройству общества. После развенчания Оппенгеймера ученые поняли, что отныне смогут служить государству лишь в качестве экспертов по узконаучным вопросам. Как впоследствии заметил социолог Дэниел Белл, процесс над Оппенгеймером положил конец послевоенному «мессианству ученых». Ученые, работавшие внутри государственного аппарата, больше не могли отступать от официальной политики, как это сделал Оппенгеймер со своей статьей для «Форин афферс» в 1953 году, и при этом рассчитывать на включение в состав государственных экспертных комиссий. По сути, судилище над Оппенгеймером произвело перелом в отношениях между учеными и государством. Во взаимоотношениях американских ученых и государства возобладал узколобый подход.

Несколько десятков лет американские ученые толпами уходили на частные хлеба в промышленные научно-исследовательские лаборатории. В 1890 году существовало всего четыре такие лаборатории, в 1930 году — больше тысячи. Вторая мировая война лишь усилила этот тренд. В Лос-Аламосе Оппенгеймер, разумеется, играл роль организатора производственного процесса, но потом пошел другим путем. В Принстоне он не имел отношения к военным лабораториям. С возрастающей тревогой наблюдая за становлением феномена, который Эйзенхауэр назвал «военно-промышленным комплексом», Оппенгеймер пытался воспользоваться своим звездным статусом, чтобы поставить под сомнение растущую зависимость научного сообщества от прихотей военных. В 1954 году он потерпел поражение. Как потом заметил историк науки Патрик Макграт, «такие ученые и администраторы, как Эдвард Теллер, Льюис Стросс и Эрнест Лоуренс, с их жестким милитаризмом и антикоммунизмом довели ученых и научные учреждения Америки до почти абсолютного рабского преклонения перед интересами американской военщины».

Поражение Оппенгеймера было одновременно поражением американского либерализма. В ходе судебного процесса над атомными шпионами, четой Розенбергов, либералам не пришлось держать ответ. Элджера Хисса обвинили в лжесвидетельстве, но подспудно подозревали в шпионаже. Дело Оппенгеймера было иного свойства. Несмотря на индивидуальные подозрения Стросса, никаких улик, изобличающих Оппенгеймера в передаче секретных сведений, не нашлось. Комиссия Грея полностью оправдала его по этому вопросу. Однако подобно многим сторонникам «Нового курса» Рузвельта Оппенгеймер в прошлом был левым, работал на благо Народного фронта и поддерживал близкие контакты со многим коммунистами и самой партией. Став либералом, растерявшим иллюзии в отношении СССР, он воспользовался своим звездным статусом, чтобы присоединиться к либеральному внешнеполитическому истеблишменту. Среди его друзей числились Джордж К. Маршалл, Дин Ачесон и Макджордж Банди. Либералы стали считать Оппенгеймера своим. Поэтому его унижение бросило вызов либерализму в целом, либеральные политики поняли, что правила игры изменились. Теперь, даже если тебя не обвиняли в шпионаже, даже если твоя благонадежность была вне сомнений, оспаривать разумность зависимости Америки от ядерного арсенала стало небезопасным делом. Таким образом, слушание по делу Оппенгеймера явилось существенным элементом сужения свободы публичных обсуждений, что характеризовало начальный период холодной войны.