Но шляхетская партия, или «рыцарское коло», восстала против сего выбора. Во главе этой партии стоял даровитый и прекрасно образованный, знаменитый впоследствии, Ян Замойский; к ней пристала и часть вельмож, каковы, Зборовские, Евстафий Волович и некоторые другие. Партия сия прежде настаивала на выборе кого-либо из потомков Пяста и предложила двух кандидатов, а именно: Костку, воеводу судомирского, и Тенчинского, воеводу бельзского. Теперь ввиду торжества австрийцев, эти лица сами отказались от своей кандидатуры; вся шляхетская партия сплотилась около имени Стефана Ба-тория и объявила его королем с условием, чтобы он женился на Анне, сестре покойного Сигизмунда Августа, которая и была единственной прямой наследницей Ягеллонов. За Стефана Батория, как за своего вассала, хлопотал и турецкий султан, который заранее объявил войну, если будет призван германский император или его сын. Таким образом, оказались выбранными два короля, Максимильян и Стефан Баторий; к первому отправилось посольство от сената, ко второму — от рыцарского кола. Окончательное решение вопроса зависело от степени энергии и быстроты двух противников. И без того медленный, нерешительный, Максимильян не двигался с места потому, что должен был прежде обезопасить свои собственные владения от турок, которые угрожали нападением. Стефан Баторий, наоборот, окончив необходимые переговоры и приготовления, поспешил прибыть в Краков во главе значительного венгерского отряда (в апреле 1576 года), присягнул на предложенных ему pacta conventa, вступил в брак с 54-летней Анной Ягеллонкой и затем был коронован. Император, однако, не думал отказываться от своего избрания и надеялся, по крайней мере, оторвать от Польши Пруссию и, пожалуй, часть Литвы, в союзе с Иваном Московским. Оба соперника готовились к войне, но вскоре последовавшая смерть Максимильяна положила предел этой распре и утвердила Батория на польско-литовском престоле.
Одним из главных условий, принятых Баторием при вступлении его на польский престол, было обязательство воротить те земли, которые отвоевал от Литвы царь московский, т. е. Полоцкую область и Ливонию. Воинственный Баторий пылал рвением исполнить это обязательство, но на первое время был отвлечен другими заботами. Во-первых, ему пришлось установлять государственный порядок, нарушенный борьбой партий во время предыдущего двукратного безкоролевья, и вести на сеймах упорную борьбу с непомерными притязаниями и усилившимся своеволием шляхты. А во-вторых, царствование свое ему пришлось начать междоусобной войной. Во время безкоролевья сторону австрийского претендента держали особенно Пруссия и Литва. Когда Баторий занял престол, почти все провинции присягнули ему, но не хотел присягнуть немецко-прусский город Данциг, еще прежде обнаруживший неудовольствие за нарушение поляками некоторых его привилегий и уже успевший присягнуть Максимильяну. Данциг объявил себя верным данной присяге; очевидно, он рассчитывал на войну Максимильяна с Баторием. Когда же император скончался, граждане Данцига все-таки не хотели покориться Баторию и открыли военные действия. Пришлось начать правильную осаду этого богатого, многолюдного и хорошо укрепленного города. Баторий принял личное участие в осаде. Чтобы обеспечить себя пока от восточного соседа, он завязал переговоры и отправил в Москву посольство хлопотать о продолжении перемирия. В Москве согласились продолжить его еще на три года, начиная с марта 1578 года. Но пока шли переговоры, обстоятельства изменились.
Военные действия, происходившие между русскими и шведами из-за Эстонии, прекратились было в июле 1575 года перемирием, заключенным на два года, после чего московские войска устремились в Ливонию и овладели значительным приморским городом Пернау и несколькими замками. А в следующем 1576 году они уже снова вторглись в Эстонию, где захватили Леаль, Гапсаль, Падис и некоторые другие города. В январе 1577 года русские вновь осадили Ревель, в количестве 50 000 человек, и начали обстреливать его каменными ядрами; но и на сей раз осада пошла неудачно и через полтора месяца была снята. Летом этого года сам царь выступил в поход, вместе с своим зятем Магнусом вторгся в польскую часть Ливонии и лично овладел несколькими городами; вторжение это, по обычаю, сопровождалось страшным опустошением и избиением жителей или отдачей их татарам. Магнус был недоволен тем, что носил только титул ливонского короля и не имел власти в городах, занятых русскими войсками. Он завязал тайные сношения с польским королем и герцогом курляндским. Узнав о том, Иван Васильевич двинулся к его резиденции Вендену. Магнус явился в русский стан, бросился на колени перед царем и умолял о прощении. Его заключили под стражу, а часть его немецкого гарнизона, укрывшаяся в Венденском замке, ни за что не хотела сдаться, ввиду варварского обхождения москвитян и татар с пленными, и в числе 300 человек взорвала себя на воздух. За их геройство поплатились остальные жители Вендена; мужчины подверглись казням и мукам, а женщины — бесчестью. Из Вендена Иван Васильевич направился в Вольмар, который сдался перед тем московскому воеводе Богдану Бельскому. Тут царь вспомнил о первом письме, которое Курбский послал ему из Вольмара, и написал из того же города свой ответ изгнаннику. В нем Иоанн снова укоряет Курбского и его единомышленников в смерти царицы Анастасии, в намерении посадить на престол Владимира Андреевича; укоряет бояр, которые довели его до «кроновых жертв», и с гордостью указывает на свои победы, совершенные вопреки их изменам. Письмо это он вручил пленному литовскому князю Александру Полубенскому, которому даровал свободу.
Прибыв в Дерпт, царь простил Магнуса и дал ему во владение несколько ливонских городов. Затем чрез Псков он воротился в Александровскую Слободу, чтобы отдохнуть там от своих подвигов. Но сей поход 1577 года был его последним торжеством в Ливонии. С его удалением обстоятельства на театре войны переменились: шведы в Эстонии, поляки в Ливонии перешли опять в наступление и начали отбирать города у русских. Между прочим, поляки овладели крепким Венденом, после чего «ливонский король» Магнус окончательно изменил Иоанну и с супругой своей бежал в Курляндию, отдавшись под покровительство польского короля. Царь велел воеводам Голицыну, Хворостинину, Воронцову, Тюфяки — ну взять Венден обратно. Но тут осьмнадцатитысячное осаждавшее русское войско потерпело страшное поражение от соединенных польских, немецких и шведских сил, предводимых Николаем Сапегой и шведским генералом Бое, в октябре 1578 года. В этой битве только московские пушкари показали геройство: они не хотели ни бежать, ни отдаться в плен и повесились на своих орудиях.
Между тем Баторий покончил с Данцигом, который сдался ему на довольно выгодных для себя условиях. Затем начались деятельные приготовления к войне с Москвой. Король всюду искал себе союзников для этой войны; заключил союз с шведским королем против Москвы, получал помощь от брандербургского курфирста; нанимал отряды немцев в Германии, а брат его Кристоф, воевода седмиградский, прислал ему венгерские дружины. Он посылал богатые дары крымскому хану, чтобы удержать татар от нападения на Польшу и обратить их на Москву; кроме того, чтобы угодить верховному повелителю хана, турецкому султану, он, по его требованию, вероломно велел казнить Подкову. Этот Подкова (прозванный так за силу своей руки, которая ломала подкову), родом валах, с толпой запорожских казаков выгнал из Молдавии воеводу Петрила и сел на его место, но, угрожаемый турками, венграми и поляками, сам отдался в руки польского короля. Чтобы удержать Днепровских казаков от нападений на татарские и турецкие владения, Баторий дал им более правильное войсковое устройство и воспользовался их силами также для войны с Москвой. На Варшавском сейме зимой 1578 года установлена была особая подать для войны с Москвой (по злотому с лана земли). На те же военные расходы король сократил издержки собственного двора и делал займы, где только мог. Названный Варшавский сейм, на котором решено было воевать с Москвой, известен еще в истории польских учреждений основанием двух высших судебных инстанций и трибуналов из выборных шляхтой судей: в Петрокове для Великой Польши и в Люблине — для Малой.