Несмотря на то что теолого-философская деятельность Гильберта Порретанского принесла ему славу глубокого знатока диалектики и активного сторонника использования логических методов в построении онтологической системы, он тем не менее настаивал на разделении сфер философии (как науки о мире) и теологии, утверждая, что законы, руководящие естественным познанием, не могут быть применяемы без всяких ограничений к познанию богословскому, обладающему собственными, хотя и не противоречащими указанным законам, принципами (что игнорируется, по мнению Гильберта, в учениях ересиархов Ария и Савеллия). Так, например, знаменитое определение человека как «животного разумного смертного» (animal rationale mortale) справедливо лишь в области естественных наук, но не в богословии, учащем о грядущем воскресении мертвых: потому для перевода терминов из одного вида знания в другой Гильберт использует метод адекватной транссумпции (transsumptio), т.е. такой перестановки, при осуществлении которой предполагается определенное изменение смыслов соответствующих терминов. Поскольку же теология есть область знания, использующая дедукцию из принимаемых на веру истин Откровения («не уверуем, познав, а познаем, веруя»), ее положения не могут быть всецело представлены в понятийной форме.
Ведь универсальные понятия (вида и рода), согласно Гильберту Порретанскому, следующему здесь за Боэцием и Аристотелем, формируются при естественном познании на основе индуктивного опыта конкретных единичных вещей, являясь результатом процесса абстрагирования их сходных существенных признаков, т.е. так называемых врожденных форм (formae nativae), и последующего сопоставления их с другими врожденными формами, на которые те похожи и вместе с которыми образуют одну группу (collectio): задача заключается, таким образом, в отыскании в вещах имманентно присущих им соответствий и образовании общих понятий (универсалий) путем вывода по этим соответствиям (deductio conformativa). Однако при этом важно, что образуемые в уме понятийные схемы имеют полную корреляцию с метафизической структурой самой действительности, ибо именно реальное существование родовых и видовых форм, являющихся подобиями (exempla), исходящими от божественных идей-первообразов (exemplari) («quadam exempli ab exemplari suo conformativa deductione venerunt»), и делающих вещи тем, что они есть, служит условием формирования соответствующих им понятий в человеческом разуме. Последний благодаря этому может путем своего поступенчатого — от воображения (imaginatio) через науку (discipline) к созерцанию (theoria) — восхождения достигать знания примордиальных вечных идей, посредством которых Бог творит мир. Ученик Гильберта Иоанн Солсберийский так интерпретирует его вариант решения проблемы онтологического статуса общих понятий: «Другой, чтобы выразить взгляд Аристотеля, приписывает, вместе с Гильбертом, епископом Пуатье, универсальность врожденным формам и силится доказать их внутреннее сродство. А сама врожденная форма есть копия своего оригинала, и она не присуща уму божественному, но присуща сотворенным вещам. Она называется по-гречески еібод и относится к [божественной] идее так же, как копия (exemplum) к своему оригиналу (exemplar). Она, правда, в чувственном предмете является чувственною, но умом воспринимается как нечувственная; точно так же она единична в единичных вещах, но во всех них она всеобща (Рогго alius, ut Aristotelem exprimat, cum Gilberto, episcopo Pictaviensi, universalitatem formis nativis attribuit et in earum conformitate laborat. Est autem forma native originalis exemplum, et quae non in mente Dei consistit, sed rebus creatis inhaeret. Haec graeco eloquio dicitur eidos, habens se ad idaeam ut exemplum ad exemplar, sensibilis quidem in re sensibili, sed mente concipitur insensibilis; singularis quoque in singulis, sed in omnibus universalis)» («Metalog.», II, 17).
Развивая мысль Боэция («О Троице»), Гильберт Порретанский говорит, что поскольку всякая сотворенная вещь, будучи результатом сообразования (conformitas) неопределенной первоначальной материи (materia primordialis) с определяющей ее бытийной формой, является составной, в ней можно различить два момента: это, во-первых, субсистенция (subsistentia, oisiosis) — «то, благодаря чему [вещь] есть» (id quo est) то, что она есть, т.е. ее родовидовая сущность (essentia, oisia) (например, «человечность»); и, во-вторых, субстанция (substantia, ipostasis) — «то, что есть» (id quod est), или само отдельное субсистирующее существо, которое, в отличие от субсистенции, необходимо «стоит под» (sub-stat) акциденциями, т.е. является их носителем (например, конкретный человеческий индивидуум). При этом, с точки зрения Гильберта, посредством родовидовой сущности Бог сообщает каждой вещи не только ее характерную субстанциальную форму («чтойность», quidditas), но и ее индивидуальное существование, само ее бытие: «быть» и «быть чем-то», таким образом, оказывается тождественным друг другу. Используя же указанную дистинкцию по отношению к божественной природе, Гильберт производит различение в ней Божественности (Deitas, или Divinitas), т.е. божественной сущности, формы, в силу которой Бог есть и есть то, что Он есть (id quo est); и непосредственно Бога (Deus), явленного в трех ипостасях-Лицах (id quod est). Отец, Сын и Святой Дух, следовательно, являются одним Богом и не могут быть названы тремя богами именно благодаря общему причастию конституирующей Их единой божественной сущности. Следует, впрочем, учитывать, что Гильберт применял данное различение в сфере тринитарного богословия лишь по аналогии, ибо одновременно он настаивал на том, что в божественной природе, абсолютно простой и единой, сущность и актуальное бытие, субсистенция и субстанция, id quo est и id quod est, т.е. Божественность и Бог всецело совпадают.
Однако данная концепция Гильберта Порретанского, как и его учение о Боговоплощении, в рамках которого он старался не говорить о том, что божественная природа стала плотью, предпочитая утверждать, что второе Лицо Троицы (Бог Сын) восприняло человеческую природу, вызвала обвинения со стороны Бернарда Клервоского (поддержанного Евгением III, 1145-1153) в неотождествлении божественной сущности (Божественности) и Бога и сведении, тем самым, божественной троичности к четверичности, за что Гильберт и привлекался к суду на двух церковных соборах по четырем выдвинутым против него обвинениям: 1) Divina essentia non est Deus, 2) Proprietates personarum non sunt ipsae personae, 3) Theologicae personae in nulla praedicantur propositione, 4) Divina natura non est incarnata. Интересно, что, по сообщению Винсента из Бове, когда за семь лет до собора в Реймсе (1148), на котором судили Гильберта, на соборе в Сансе (1140/41), на котором судили Петра Абеляра, последний встретил первого, то с явным намеком процитировал ему строку из «Посланий» Горация: «Дело о скарбе твоем, стена коль горит у соседа (Nunc tua res agitur, paries nam proximus ardet)» («Epistulae», I, 18) («Spec, hist.», XXVII, 86).
Широкая популярность Гильберта Порретанского обеспечила возникновение целой школы его последователей — так называемых порретан: Адемар из Сент-Руфа («De Trinitate»), Гуго Хонанский («Liber de diversitate naturae et personae», 1179/82), Эберхард Ипрский («Dialogus Ratii et Everardi», 1191/98), Гуго Этерианский («Liber de anima corpore jam exuta sive De regressu animarum ab inferis», «De differentia naturae et personae», «De haeresibus Graecorum adversus Patharenos»), Петр Венский («Summa Zwetlensis», «EpistolaadHugonem Etherianum», «EpistolaadOttonem episcopum Frisingensem»). Под его сильным влиянием находились Иоанн Солсберийский, Оттон Фрейзингенский («Gesta Friderici I imperatoris», I, 1, 48), Алан Лилльский, Николай Амьенский («Ars fidei catholicae», 1187—1191), Радульф Ардент («Speculum universale», 1193—1200), Симон из Турне («Commentarius in Symbolum Apostolicum») и др. Однако против христологического учения Гильберта — и Петра Абеляра — резко выступал Герхох Райхерсбергский, автор трактата «Против двух ересей» («Contra duas haereses», 1147) и «Книги о новшествах этого времени» («Liber de novitatibus huius temporis», 1156). И в полемическом сочинении Вальтера Сен-Викторского «Против четырех лабиринтов Франции» («Contra quatuor labyrinthos Franciae», ок. 1177/78) он — совместно с Петром Абеляром, Петром Ломбардским и Петром из Пуатье - снова заслужил обвинение в том, что посредством «легкомысленной науки» (scholastica levitate) весьма вольно трактовал невыразимые таинства Святой Троицы и Боговоплощения.