Причиной начала самого следствия стала гибель шахтёра в руководимом Беленко забое. В начале мая Беленко был отпущен под подписку о невыезде при поручительстве профсоюзной организации; при этом, он был снят со своей должности и переведён техником на другую шахту. После этого в Шахтинский отдел ОГПУ поступило сразу несколько заявлений от местных рабочих, в которых они указывали на «многочисленные нарушения», допущенные их бывшим начальником в работе: на одно заявление от 23 июля начальник окружного отдела ОГПУ Финаков наложил резолюцию о создании технико-экспертной комиссии для проверки фактов и об открытии в отношении Беленко нового дела, которое должно было быть «увязано» с делом № 267 в отношении нескольких других инженеров и техников ДГРУ, арестованных в июне по статье 58-й (пункт 7, «экономическая контрреволюция»)
Краевой этап
9 сентября 1927 года следствие по делу против тринадцати человек перешло в ведение Экономического отдела ПП ОГПУ по Северо-Кавказскому краю: на начальном этапе в качестве ключевых фигур чекисты рассматривали заведующих шахтами Николая Гавришенко и Беленко. В тот период в деле появились несколько заявлений от рабочих, сообщавших о недоплате (позже многие шахтеры на допросах сообщали о тяжелых условиях труда, неправильном начислении заработной платы и бюрократизме инженерно-технического персонала) и обвинявших Беленко во враждебном отношении к советской власти. Летом 1927 года к местным чекистам из города Шахты прибыли их ростовские коллеги: Евгений Еленевич, Михаил Яхонтов и Борисевич-Луцик, что позволило ускорить ход дела. Арестованным стали организовывать очные ставки с бывшими сотрудниками и агентами «белогвардейской» контрразведки, которые давали «стереотипные» показания о причастности арестованных к репрессиям в отношении рабочих.
Постепенно изменилось и поведение самих арестованных: в конце августа 1927 года Беленко и Гавришенко, практически одновременно, изменили свою прежнюю линию поведения – они начали давать показания о наличии в ДГРУ целой группы управленцев и техников, настроенных антисоветски. 24 августа 1927 года Беленко сообщил следователям, что на производстве была задействована группа, родственно связанная между собой, а также связанная между собой деловыми дореволюционными связями во главе с Емельяном Колодубом, в прошлом известным шахтовладельцем.
В тот же день Беленко впервые озвучил и конкретные обвинения, заключавшиеся в сокрытии данных о богатых угольных месторождениях, разведанных ещё до 1917 года и, одновременно, в разработке бесперспективных угольных пластов. После этого уже Гавришенко в своих показаниях «солидаризировался» с коллегой. Красильников считал неизбежным, что после подобных признаний технико-экспертные комиссии начали давать «нужные чекистам заключения».
Во второй половине января 1928 года в ходе следствия произошёл «принципиальный перелом»: через полтора месяца после ареста начал давать «признательные» показания инженер Абрам Башкин (Башнин), длительное время работавший в ДГРУ. Красильников считал, что Башкин представлял «особый интерес» для следствия, поскольку имел брата, проживавшего в Берлине, с которым состоял в переписке и от которого получал посылки. 21 января, ознакомившись с предъявленными ему обвинениями сразу по нескольким пунктам 58-й статьи, включая и «шпионский», Башкин написал: …Быстрое развитие каменноугольной промышленности и укрепление ея с большими достижениями срывались врагами и буржуазией, диктовавшей свою борьбу и методы ведения ея через приезжавших внутрь страны иностранцев и организованных в центре Управления Донугля лиц, принимавших эти задания и передававших их дальше, через главных инженеров или путем выезда выезжавших на места, то есть в Рудоуправления[,] иностранцев.
После этого, с 21 января по 23 марта 1928 года, следователи допросили Башкина 48 раз – больше, чем кого-либо из других арестованных; протоколы его допросов заняли около 280 машинописных страниц. В результате, на признаниях Башкина ростовские чекисты составили свои первые обзоры по «Шахтинскому делу», направленные ими в центральный аппарат ОГПУ. Кроме того, данные показания послужили толчком для аналогичных признаний целого ряда других арестованных и позволили развиться делу, послужившему своеобразным сигналом к окончанию относительного «гражданского мира» в советской стране. В частности, Гавришенко после ознакомления с признаниями Башкина также решил дать признательные показания, однако у него вскоре произошёл «психологический слом», и он начал давать «ложные и противоречивые» показания. 30 января Гавришенко выбросился из окна четвёртого этажа: следователь Константин Зонов, «благодаря чрезвычайно умелому допросу» ответственный за основные показания Гавришенко, «имевшие решающее значение в деле», был представлен к боевому ордену.
После того, как Политбюро приняло версию «заговора», в регионе началась полоса массовых арестов по делу. Группа следователей под руководством Иосифа Блата, состоявшего начальником экономического управления ГПУ УССР, развернула интенсивные действия в отношении арестованных инженеров и управленцев. Активность чекистов вывела дело на требуемый Москвой уровень: из собранных материалов следовало, что в регионе существовала и действовала подпольная организация, являвшаяся разветвлённой и связанной с зарубежьем. Украинские чекисты получили признательные показания от целого ряда арестованных руководителей «Донуголя»: в частности, от Юрия Матова и Дмитрия Сущевского, работавших в управлении нового строительства треста. Преимущественно на основании показаний Матова, рукописный подлинник протокола только одного из допросов которого занял 53 листа с оборотами, и Сущевского республиканское ГПУ подготовило к 1 апреля 60-страничный обзор, озаглавленный «Экономическая контр-революция в Донбассе. Следственное дело „Донуголь“», а 11 апреля Политбюро приняло решение объединить следственное дело «Донугля» с «Шахтинским». 24 апреля появился 95-страничный доклад под названием: «Экономическая контр-революция в Донбассе», имевший двадцать три раздела, в котором была «предвосхищена» схема обвинительного заключения по делу.
Предварительное следствие вёл следователь по важнейшим делам при прокуроре РСФСР Эммануил Левентон. Красильников считал, что само предварительное следствие по «Шахтинскому делу» показало «невысокий» уровень работы органов ОГПУ, перед которыми встала задача доказать наличие несуществующей заговорщицкой организации. Кроме того, в деле проявилась и недостаточная компетентность самих чекистов, входивших в экономические подразделения: поскольку в течение нескольких месяцев следственный аппарат не мог «сломать» ряд арестованных руководителей шахт, «закалённых в хозяйственных конфликтах» и «уверенно опровергавших обвинения», следствие не укладывалось в нормативами сроки и неоднократно продлевалось. Особенно «скандальными» оказались действия чекистов в отношении арестованных немецких специалистов.
Несмотря на это, 9 февраля ОГПУ всё же доложило председателю Совнаркома Алексею Рыкову о раскрытии контрреволюционной организации, которая в течение ряда лет занималась «вредительством» в горнорудной промышленности. Для тщательной подготовки процесса Политбюро создало специальную комиссию в составе Рыкова, Сталина, Григория Орджоникидзе, Вячеслава Молотова, Валериана Куйбышева и (с марта) Климента Ворошилова; 2 марта Молотов и Сталин разослали членам Политбюро письмо, в котором утверждалось о связях шахтинских специалистов с русскими контрреволюционными элементами в эмиграции, а также – с немецкими капиталистами и контрреволюционерами.
Ход процесса
Судебные заседания, проходившие в колонном зале Дома Союзов, начались 18 мая 1928 года и продолжались сорок один день. Председательствовал в суде ректор Московского государственного университета Андрей Вышинский, до этого являвшийся государственным обвинителем в целом ряде громких процессов, включая дело «Гукон» (1923), дело ленинградских судебных работников (1924) и дело Консервтреста (1924), а в число судей входил Владимир Антонов-Саратовский. Сторону обвинения представляли два государственных обвинителя: Николай Крыленко, на которого Политбюро 15 марта возложило обязанности главного обвинителя и поручило ознакомиться со всеми материалами дела, и Григорий Рогинский. Кроме того, в заседаниях принимали участие и сорок два общественных обвинителя. Обвиняемых защищали пятнадцать адвокатов, состоявших членами московской губернской коллегии защитников: На суде присутствовали несколько сотен журналистов и многочисленные зрители. Двадцать три из пятидесяти трех обвиняемых отказались признать себя виновными, а десять – признали свою вину лишь частично.
