В 1996 году представителями администрации Амурской области и Министерства обороны Российской Федерации был подготовлен проект договора «О порядке и условиях эпизодического использования земельных участков для падения отделяющихся частей ракет-носителей «Старт-1.2» на территории Амурской области».

4 марта 1997 г. в 05:00 декретного московского времени (ДМВ) с космодрома «Свободный» был осуществлен первый пуск РН «Старт 1.2» с российским космическим аппаратом связи «Зея». Первоначально планировался запуск американского аппарата для дистанционного зондирования Земли «Эрсуотч» по линии российско-американского сотрудничества, но в установленное время он не был готов к запуску.

Параллельно ВКС РФ осуществляли деятельность, направленную на разработку федеральной целевой программы развития космодрома «Свободный» (курировал работу начальник оперативного управления штаба). В феврале администрацией Амурской области в адрес ВКС РФ направлена копия ранее подготовленных для ФЦП предложений.

На данном этапе с предлагаемым Министерством обороны РФ подходом к финансированию работ по созданию космодрома (через разработку ФЦП) не согласились Минэкономики и Минфин России, поэтому предложения в федеральную программу эти ведомства не внесли.

Учитывая сложившуюся ситуацию, ВКС РФ подготовили проект распоряжения Президента РФ, в котором предлагался алгоритм финансирования работ по созданию космодрома. В проекте Министерства обороны РФ администрации Амурской области, совместно с МИД России и Миноборонпромом России, предлагалось разработать и во 2-м квартале 1997 г. представить на утверждение в Правительство Российской Федерации проект ФЦП развития космодрома «Свободный».

В проекте предусматривалось развитие не только космодрома «Свободный» (с ориентиром на применение РН «Рокот», «Старт», «Стрела» и «Ангара»), но и населённого пункта Углегорск. В качестве одной из задач определялась необходимость привлечения к работам по развитию инфраструктуры космодрома местных предприятий промышленности, транспорта, строительства и сферы социального обслуживания.

В апреле 1997 г. проект распоряжения Президента Российской Федерации с алгоритмом финансирования создания космодрома поступил на рассмотрение в администрацию Амурской области. Администрацией Амурской области предложения по проекту были подготовлены и направлены начальнику оперативного управления Штаба ВКС РФ В. Г. Безбородову. По состоянию на 14 мая 1997 года проект распоряжения был согласован всеми федеральными органами исполнительной власти за исключением Минэкономики РФ.

16 июля 1997 г. Указом Президента Российской Федерации «…в соответствии с потребностями обороны и безопасности, а также реальными экономическими возможностями страны» проведено слияние ВКС с РВСН и войсками ракетно‑космической обороны (РКО) войск ПВО. Воздушно-космические силы, как самостоятельная единица, были расформированы, что в дальнейшем притормозило образование космодрома.

24 декабря 1997 г. с космодрома «Свободный» ракета-носитель «Старт 1.2» вывела на орбиту американский видовой космический аппарат «Early Bird».К декабрю 1997 года несмотря на имеющиеся разногласия по вопросу механизма финансирования работ по созданию космодрома в федеральных ведомствах, Конструкторским бюро транспортного машиностроения были подготовлены промежуточные материалы проекта федеральной целевой программы развития 2-го государственного испытательного космодрома «Свободный», которые в 1998 г. направлены в адрес администрации Амурской области. В качестве государственного заказчика предлагалось Минобороны РФ, созаказчика – Российское космическое агентство. Целью программы определялось – «Развитие в рыночных экономических условиях космодрома «Свободный» – одного из ключевых элементов космической инфраструктуры, обеспечивающей независимый доступ России в космос …».

В развитии космодрома выделялось два этапа. Первый этап – до 2008–2009 г. В этот период предполагались пуски ракет-носителей «Старт», «Рокот», «Стрела» и второй – после 2009 г., с пуском перспективных ракет-носителей легкого, среднего и тяжелого класса. Срок реализации программы распространялся на первый этап развития космодрома – 1999–2002 годы и соответствовал завершению создания объектов космодрома, обеспечивающих проведение пусков РН, разрабатываемых на базах, конверсируемых МБР. После ликвидации ВКС РФ работа Конструкторского бюро по дальнейшей проработке ФЦП в части развития 2-го государственного испытательного космодрома «Свободный» была остановлена.

В 1997 г. Научно-производственное объединение машиностроения и государственное предприятие «Московский институт теплотехники» утвердили в качестве дополнения к эскизному проекту по опытно-конструкторским работам «Свободный» (для РКК семейства «Старт») том с перечнем мероприятий по обеспечению безопасности, описанием надежности ракеты-носителя и характеристикой природной среды района размещения космодрома «Свободный». Работа выполнялась по договору с Конструкторским бюро транспортного машиностроения от 2 июня 1997 г.

В 1997 году при подготовке администрацией Амурской области проекта договора о разграничении предметов ведения и полномочий между органами государственной власти Российской Федерации и органами государственной власти Амурской области в качестве одного из предметов совместного ведения Российской Федерации и субъекта РФ администрацией Амурской области предложено включить в договор предмет совместного ведения – «взаимодействие с федеральными органами исполнительной власти по вопросам создания и потребления информации социально-экономического назначения, получаемой в процессе функционирования наземных объектов космической инфраструктуры, размещенных на территории Амурской области». После сложного процесса согласования на федеральном уровне, данная формулировка вошла в договор. Разграничение по предметам совместного ведения, при отсутствии законодательно закрепленных норм разграничения, предлагалось проводить посредством включения в договор специализированных, конкретизирующих полномочия соглашений между Правительством Российской Федерации и администрацией Амурской области. Инициатором разработки договора и соглашений в администрации Амурской области являлся комитет экономики Амурской области. Договор подписан 20 мая 1998 года Президентом Российской Федерации Б. Н. Ельциным и главой администрации Амурской области А. Н. Белоноговым, но подписание подготовленных соглашений не состоялось в связи последующим изменением федерального законодательства.

8 января 1998 г. глава администрации Амурской области постановлением № 10 «О взаимодействии структурных подразделений администрации области при решении задач, связанных с развитием космодрома «Свободный» возложил на комитет экономики администрации Амурской области координацию деятельности структурных подразделений администрации области при решении задач в сфере отношений, определенных наличием на территории области космодрома «Свободный».

Ноябрь 1998 г. Поскольку разработка федеральной целевой программы развития космодрома «Свободный» в дальнейшем была приостановлена, а функционирование космодрома требовало планового финансирования, Главнокомандующим РВСН В. Н. Яковлевым и Генеральным директором РКА Ю. Н. Коптевым в ноябре 1998 г. была утверждена межведомственная программа использования и развития космодрома «Свободный» на период до 2010 года. Программа согласована ГП «Московский институт теплотехники» (научно-технический центр «Комплекс-МИТ») и НПО машиностроения.

К основным задачам, решаемым на космодроме, относились:

– эксплуатация космического ракетного комплекса легкого класса семейства «Старт» с целью выведения космического аппарата массой до 600 кг на низкоширотные, полярные и солнечно-синхронные орбиты по Федеральной космической программе и программам международного сотрудничества (ГП МИТ);