В ночь с 7 на 8 августа 1689 года в Преображенское из Кремля прискакали два стрельца, преданные Петру и Нарышкиным. Они разбудили Петра и объявили ему страшную весть, что стрельцы взбунтовались и идут в Преображенское с требованием выдать им Петра. Петр помнил кошмарные картины стрелецкого бунта 1682 года, озверевшие лица убийц, хватавших близких родственников, бояр и дьяков, и бросавших их на подставленные копья. Петр, охваченный безрассудным страхом, не рассуждая, в одной ночной рубашке вскочил на коня и ускакал в ближний лес, чтобы спрятаться от убийц. Туда ему привезли одежду, и он с кучкой верных приближенных и слуг поскакал к Троице. Это был переломный момент. Потом на сторону Петра перешли войска и многие бояре, а Софья осталась одна, и ее дело было проиграно. Она была заключена в монастырь, после чего окончательно началось царствование Петра I.

В 1689 году была построена Съезжая изба для расправы и разных дел, которая послужила основанием для Преображенского приказа и впоследствии Тайной канцелярии. Учрежденную Петром в Преображенском Тайную канцелярию сравнивали с Римской инквизицией. После стрелецкого бунта стрельцы были уничтожены, и все дела по общественной безопасности сосредоточились в Преображенской приказной избе.

Недалеко от потешного городка река Яуза была запружена плотиной для подъема воды, где была построена Петровская мельница. В 1696 году по указу Петра в Преображенское на мельницу была привезена галера, построенная в Голландии, и по ее образцу стали строить суда. Окраина села превратилась в судостроительную верфь. Там же возникла первая текстильная мануфактура, производившая парусное полотно.

В 1690–1692 годах был воздвигнут петровский новый Преображенский дворец, послуживший образцом для строительства первого дома Петра на берегу Невы. Петру I принадлежала идея создания музеев в России, подкрепленная серией указов, ставивших под охрану памятники старины, истории, материальной культуры и искусства. Галерея портретов, которые Петр заказал русским и иностранным художникам, разместилась в его новом Преображенском дворце и послужила прообразом первого отечественного музея.

В 1747 году в связи с сооружением вокруг Москвы Камер-Коллежского вала и образования новой Преображенской заставы, село Преображенское впервые вошло в таможенные и экономические границы первопрестольной. Долгое время село было Солдатской слободой, от которой до нашего времени остались названия улиц: Девятая рота, Генеральная и Потешная. С переводом столицы на берега Невы, слобода запустела и впоследствии стала заселяться разным людом. Позднее жители Преображенского вместо деревянной церкви решили построить новое каменное здание. В 1763 году они стали собирать деньги, в мае 1765 года выбрали место для строительства рядом со старой церковью. Новое каменное здание церкви было построено в 1768 году, а в 1781 году сооружен придел Петра и Павла, и возведена колокольня. От построек царя Алексея Михайловича не осталось ничего и от Петровских построек тоже мало что осталось. Он и сам под конец ими мало дорожил и даже сжег одну из них для потехи в 1690 году. К 1800 году от всех строений не осталось даже развалин.

В 1771 году купец второй гильдии Илья Алексеевич Ковылин, бывший крепостной князя А. Б. Голицына, основал Преображенское кладбище, ставшее очагом старообрядцев-беспоповцев Федосеевского согласия. Он создал собственными усилиями и на многочисленные пожертвования прекрасный архитектурный ансамбль за чертой Камер-Коллежского вала на месте, где сегодня пролегают улицы Краснобогатырская, Преображенский вал и Измайловский вал. Причудливые готические формы переплетались с элементами узорочья, барокко и классицизма. Это было единственное место Москвы, где старообрядцы могли тайно собираться для отправления своих служб. В царствование Екатерины II, когда гонения ослабели, они организовали небольшое общество. Когда Москву поразила чума и голод, и привоз съестных припасов в город прекратился, жители спешили оставить Москву. Чтобы остановить бегство жителей из города, которые могли заразить окрестные города и села, правительство дало распоряжение учредить карантины и лазареты. Старообрядцы получили от правительства разрешение на частный карантин. На Стромынской дороге они поставили заставу, построили несколько домиков и задерживали всех выходящих из Москвы. Они мобилизовали все средства, чтобы этим людям доставляли пропитание и уход во время болезни. Молва об этом быстро распространилась и произвела большое впечатление на народ. В Преображенское стало стекаться много людей, многие из которых перешли к старообрядцам – перекрестились. Феодосийская община и Преображенское кладбище, под именем которого она была известна, превратилась в обширное сильное учреждение. При Екатерине II они процветали.

При Павле I кладбище подверглось неожиданной опасности – было приказано его уничтожить, однако исполнение откладывалось. Согласно легенде, в качестве взятки был преподнесен большой пирог, начиненный червонцами. После смерти Павла I дело об уничтожении было преданно забвению. А в царствование Александра I был объявлен манифест, в котором была дана свобода всем вероучениям. Община процветала. Во время пожара 1812 года Преображенское не пострадало, поэтому много зданий общины дошло до наших дней.

Преображенская же церковь до XIX века была очень бедной и находилась в жалком состоянии. Причиной этого были малочисленность прихожан, их бедность и преобладание старообрядцев. В XIX веке старообрядцев стало меньше, некоторые переселились в другие места, в это время в Преображенское начали переселяться православные и основывать фабрики, преимущественно мануфактурные. Церковные доходы увеличились, и церковь была отреставрирована.

В советское время церковь Преображения была кафедрой известного церковного деятеля и оратора митрополита Крутицкого и Коломенского Николая Ярушевича. В иконостасе церкви находилось несколько чтимых икон Божьей Матери: «Целительницы», «Отрады и утешения», «Знамения», большая икона Преображения Господня, пожертвованная лейб-гвардии Преображенским полком в день полкового праздника 6 августа 1856 года. В 1866 году митрополит Филарет основал православный Никольский мужской монастырь, частично сохранившийся до нашего времени.

Древние истоки Преображенского и характер жизни и деятельности населения в последующем создали основу для современной инфраструктуры района, предопределили основные направления его развития на будущее. Планировка Преображенского редкая для Москвы. Прямолинейные, параллельные друг другу улицы с домами, выходящими фасадами на проезжую часть, отдаленно напоминают строгостью военный лагерь. Позже такую планировку применили и при строительстве Санкт-Петербурга – удобно и красиво.

Церковь Преображения, которая дала имя московской слободе и целому московскому району, решили сломать под предлогом того, что она мешала строительству станции метро. Ничто не могло помешать варварскому деянию: ни просьбы и верноподданные прошения, ни даже отчаянные попытки прихожан помешать делать разрушителям позорное дело. В ночь с 10 на 11 июля 1964 года церковь Преображения была снесена. На ее месте сегодня ничего нет, и если бы она стояла на своем месте, то никак бы не мешала новой станции метро.

Современный район Преображенское является одним из крупных районов Москвы, где разрушители московской старины и сегодня продолжают делать свое дело. В Преображенском сносятся еще хорошие и крепкие здания прошлого века, а вместо них вырастают безликие башни жилых корпусов. В результате исчезает своеобразный уголок Москвы. Треть жилищного фонда района составляют старые пятиэтажки. Они, утопая в зелени дворов, выглядят крошечными рядом с современными «высотками».

Усадьба на северо-востоке Москвы тесно связана с многовековой историей столицы. Первое упоминание о селе Черкизово у бывшей Преображенской заставы на реке Сосенке относится к XIV веку.

На Руси вторая половина XIV века была насыщена событиями, связанными с правлением великого князя Дмитрия Ивановича Донского. После смерти отца Ивана Ивановича Красного девятилетний Дмитрий унаследовал трон и титул великого князя Владимирского и Московского. Ребенок-наследник на Руси еще ни разу не получал великокняжеский стол и ярлык на сбор дани по всей Руси. В 1362 году двенадцатилетний Дмитрий, благодаря удачной политике своего опекуна митрополита Алексия, который был не только «своим» человеком в Орде, но и признанным лидером московского боярства, отстаивающим интересы московской великокняжеской династии, получил ярлык на великое княжение.