Поскольку дела на фронте продолжали непрерывно ухудшаться, а эффективность нашего военного противодействия не была ясна, 29 июня Сталин вместе с Молотовым, Берией и Микояном направился в Наркомат обороны и Генеральный штаб, чтобы на месте оценить состояние дел. Оказалось, что руководство и Наркомата, и Генштаба обстановкой на советско-германском фронте (особенно на Западном его участке) совершенно не владело, а потому не способно было управлять действиями войск. Начальник Генерального штаба Жуков Г.К., находясь в отчаянном положении ответственного руководителя, потерявшего всякую ориентировку в происходивших событиях, даже откровенно разрыдался из-за собственного бессилия сделать что-либо для отступавшей Красной армии.

Наглядно убедившись в абсолютной неспособности военных решать текущие вопросы, Сталин понял, что сейчас необходимо срочно и полностью менять систему государственной и военной власти в стране, при этом поднимать на борьбу весь советский народ, иначе поражение и крах Советского Союза под натиском фашистских полчищ окажутся неминуемыми. Уже на следующий день, 30 июня, в печати было опубликовано постановление об образовании Государственного Комитета Обороны (ГКО), к которому на период военного времени переходила вся полнота власти в стране. В состав ГКО вошли Сталин И.В. (председатель), Молотов В.М. (зампредседателя), Берия Л.П., Ворошилов К.Е. и Маленков Г.М. Созданная с началом войны для управления войсками Ставка Главного командования под руководством наркома обороны Тимошенко С.К. была преобразована в Ставку Верховного Командования, и с 10 июля её возглавил Сталин И.В., а 19 июля он стал ещё и наркомом обороны, сосредоточив таким образом в одних руках все нити управления войсками и страной.

В то же время 28 июня снятый с должности и арестованный командующий Западным фронтом Павлов Д.Г. вместе с ещё четырьмя генералами предстал перед судом и «за проявленную трусость, бездействие власти, нераспорядительность, допущение развала управления войсками, сдачу оружия противнику без боя, самовольное оставление боевых позиций частями Красной Армии и создание противнику возможности для прорыва фронта Красной Армии» ровно через месяц после начала войны был расстрелян.

3 июля 1941 года Сталин И.В. выступил по радио и в связи с тем, что в результате неудач на советско-германском фронте Красная армия в определённой мере была деморализована, призвал весь советский народ подняться на борьбу с немецко-фашистскими захватчиками. После прошедших на предприятиях, в учреждениях и учебных заведениях митингов начало формироваться народное ополчение, которое по своему патриотизму и стойкости в борьбе с ненавистным врагом во многом даже превосходило регулярные армейские части. Добровольно встав по призыву вождя на защиту Родины, большинство ополченцев погибло в боях, но они собой заслонили страну, задержав гитлеровские полчища и тем самым дав возможность подтянуть резервы из восточных районов и с Дальнего Востока для разгрома врага.

Итак, в результате предательства Западный фронт за несколько дней оказался полностью разгромленным, поскольку войска Белорусского особого военного округа преднамеренно не были приведены в полную боевую готовность, а до личного состава командованием и партийными органами сознательно не доводились сведения о том, что в ближайшее время предстоит война с Германией.

Не лучше обстояли дела и на других фронтах. В роковую ночь 22 июня штаб Киевского особого военного округа получил команду на передислокацию в район Тарнополя и отправился туда двумя колоннами: одна – по железной дороге, другая – на автотранспорте. В итоге связь с войсками была полностью утеряна, потому управлять боевыми действиями оказалось невозможно.

После начала боевых действий командующего Прибалтийским особым военным округом разыскивали почти сутки, когда дорога была каждая минута. Приведенные в боевую готовность части сражались без центрального управления, по собственной инициативе и складывавшейся обстановке.

В результате отсутствия твёрдого руководства, а также за счёт дезорганизации диверсионными группами противника наших проводных линий связи оперативное управление советскими войсками было полностью нарушено. Невероятно, но в сложившейся фронтовой неразберихе и вызванной этим отчаянности в моральном состоянии многих наших воинских частей, подвергшихся неожиданной бомбардировке, артиллерийскому обстрелу и атакам танковых клиньев значительно превосходящих сил противника, многие бойцы и командиры стали массово сдаваться в плен. При этом полтора миллиона человек, порой в составе целых подразделений, перешли на сторону немцев с оружием в руках. Два миллиона военнослужащих добровольно сдались в плен, побросав личное оружие и боевую технику. Полмиллиона красноармейцев оказались пленены при различных обстоятельствах. Ещё миллион воинов дезертировал, разбежавшись по домам, где их потом разыскивали компетентные органы. 800 тысяч человек были убиты и ранены. Сохранивший относительную боеспособность миллион бойцов и командиров с боями откатывался на восток. В результате предательства столь невероятными и плачевными оказались для Страны Советов итоги первых трёх месяцев войны.

Не встречая организованного сопротивления, немецкие войска занимали город за городом, окружая и громя по пути своего следования наши воинские части. Отчаянные встречные бои и попытки прорыва из окружения не приносили советским войскам нужного эффекта. В ряде мест население встречало немцев хлебом и солью.

Фашисты уже с упоением праздновали свою лёгкую победу над советским большевистским «колоссом на глиняных ногах». Гитлер был уверен, что после первых недель боёв «русские пойдут на капитуляцию вследствие развала строя». С ним были согласны и многие его генералы, которые считали, что «запланированные фюрером меры так эффективны, что советская система не выдержит». А вот немецкие антифашисты, находившиеся тогда в основном в концлагерях, говорили иное: «Теперь Гитлер сломает себе шею».

Очень скоро советским людям стало ясно, что захватчики несли с собой в нашу страну только рабство и террор, разорение и смерть, поскольку выполняли указание своего фюрера о том, что «мы ни от чего и ни от кого Россию не освобождаем. Мы её – з а в о е в ы в а е м. Русский народ нас интересует только как рабочая сила, которая в будущем будет трудиться на германскую нацию». Свирепый оккупационный режим, установленный немцами на захваченных территориях, массовые казни мирного населения в целях устрашения, открыто декларируемое намерение превратить всех без исключения русских в рабочий скот, карательная система коллективной ответственности, бесчеловечное обращение с военнопленными и многое другое всколыхнули непреодолимую волну русского патриотизма. Теперь война за освобождение Родины от фашистских поработителей стала для всего нашего народа Великой и Отечественной.

Если завоеватели считали, что боевым действиям скоро наступит конец и им останется только установить «новый порядок» на завоёванных территориях, то Советская страна, в сложившейся для неё тяжелейшей обстановке, продолжала накапливать силы, чтобы дать достойный отпор оккупантам. «Во глубине Сибирских руд», как образно писал великий поэт, в полной тайне, известной только членам Государственного Комитета Обороны (ГКО) и некоторым работникам Генерального штаба, формировались, вооружались и обучались воинские подразделения, которым предстояло нанести сокрушительный удар по врагу. А пока эта секретная работа, требовавшая значительного времени, проводилась, необходимо было любыми средствами задержать стремительное продвижение зарвавшегося противника.

С этой целью в помощь Красной армии, с большими потерями отступавшей в глубокий тыл, стали формироваться дополнительные силы из народных добровольцев. Так, в целях борьбы с парашютными десантами и диверсантами, забрасывавшимися противником, по постановлению Политбюро ЦК ВКП(б) от 24 июня 1941 года при городских, районных и уездных отделах НКВД на территории Ленинградской, Мурманской, Калининской и Ростовской областей, Карело-Финской республики, Украины, Белоруссии, Эстонской, Латвийской, Литовской и Молдавской ССР, Крымской автономной республики, Краснодарского края, западной части Грузинской ССР создавались истребительные батальоны численностью 100–200 человек «из числа проверенного партийного, комсомольского и советского актива, способного владеть оружием». За месяц было сформировано 1755 истребительных батальонов общей численностью 328 тысяч человек во главе с оперативными работниками НКВД и милиции.