В мае 1940 года народным комиссаром обороны СССР стал Тимошенко С.К., которому одновременно было присвоено звание Маршала Советского Союза. Новый нарком являлся участником Первой мировой и Гражданской войн, командовал войсками, совершившими освободительный поход в Западную Украину, в Финскую кампанию возглавлял Северо-Западный фронт. По его рекомендации в январе 1941 года начальником Генерального штаба назначили генерал-полковника (с июня 1941 года – генерала армии) Жукова Г.К. Это был достаточно опытный военачальник (хотя он «органически ненавидел штабную работу»), прошедший, как и нарком обороны, Первую мировую и Гражданскую войны, успешно разгромивший крупную группировку японских войск в районе реки Халхин-Гол.
Начиная приблизительно с лета 1940 года советская военная и агентурная разведки, а также пограничные войска беспрерывным потоком направляли в Центр сообщения о сосредоточении, перебросках и концентрации германских войск вдоль государственной границы СССР. Причём приводились конкретные данные о номерах воинских частей, о количестве и виде (пехота, танки, артиллерия, сапёры и т. п.) прибывших войск, их вооружении и размещении. Отмечались места, где проводились фортификационные работы, строились аэродромы, обустраивались склады и топливохранилища, на шоссейных дорогах сооружались противотанковые препятствия, организовывались места разгрузки на железной дороге и др. За последнее время до начала войны было зарегистрировано 24 перебежчика (немцев, поляков, лиц других национальностей), которые по идейным соображениям покинули германскую армию и перешли через границу на нашу сторону, чтобы сообщить известные им важные сведения. Их информация являлась весьма интересной, поскольку они могли поведать о делах и настроениях непосредственно в рядах будущего агрессора. Советская агентурная разведка постоянно поставляла сведения из германских руководящих кругов о замыслах будущего противника, его конкретных намерениях и сроках военного нападения на Советский Союз.
В ответ на все эти провокационные действия Наркомат обороны СССР и Генеральный штаб Красной армии 18 сентября 1940 года (ещё в бытность начальником Генштаба Маршала Советского Союза Шапошникова Б.М.) представили Соображения (предложения) по основам стратегического развёртывания Вооружённых Сил СССР на Западе и на (Дальнем) Востоке на 1940–1941 годы. В документе говорилось, что сложившаяся политическая обстановка в Европе создаёт вероятность вооружённого столкновения на наших западных границах с Германией, которую могут поддержать Италия, Финляндия, Румыния, Венгрия, возможно, Турция. А на Востоке – с Японией, занимающей пока «позицию вооружённого нейтралитета», но «всегда могущей перейти в открытое столкновение». Конечно, основным, наиболее сильным противником считалась Германия. На основании данных о вооружённых силах немцев и их союзников, а также вероятных оперативных планах потенциального агрессора предлагались основы стратегического развёртывания Красной армии. Считалось, что основной удар германских войск будет нанесён на Западе, в Белоруссии, к северу от устья реки Сан, а потому главные силы наших войск следовало сосредоточить к северу от Полесья. На Юге активной обороной необходимо было сковать как можно большую часть немецкой армии и её союзников. Основной задачей советских войск, составлявших Западный и Северо-Западный фронты, являлось нанесение поражения группировке противника, сосредоточившейся в Восточной Пруссии. Для Дальневосточного фронта намечались необходимые силы и средства и ставилась стратегическая задача по разгрому вероятного противника. В итоге общая стратегическая концепция состояла в том, чтобы «активной обороной» (предусматривавшей при необходимости и отступление на собственную территорию) сдержать напавшего агрессора, ослабить его силы, а затем перейти в наступление для полного разгрома врага на его территории.
Организационно силы Красной армии вдоль западной границы были распределены по трём Особым военным округам (которые в случае начала войны превращались в одноимённые фронты): Прибалтийскому (командующий генерал-полковник Кузнецов Ф.И.), Западному (командующий генерал армии Павлов Д.Г.) и Киевскому (командующий генерал-полковник Кирпонос М.П.), а также Одесскому военному округу (командующий генерал-лейтенант Черевиченко Я.Т.) и Ленинградскому военному округу (командующий генерал-лейтенант Попов М.М.). Фланги сухопутной группировки прикрывали: с севера Балтийский и Северный флоты, а с юга – Черноморский флот под общим командованием адмирала флота СССР Кузнецова Н.Г. Командование всеми Вооружёнными силами СССР (как в мирное время, так и во время войны) осуществлял Генеральный штаб (начальник Генштаба – генерал армии Жуков Г.К.) под руководством Наркомата обороны (нарком обороны маршал Тимошенко С.М.). В случае начала боевых действий высшее военное и политическое руководство страны должны были образовать Верховное командование Вооруженными силами СССР, которое обеспечивало управление войсками и мобилизационными ресурсами страны.
Советским Вооружённым силам противостояли вдоль государственной границы немецкие войска в составе трёх групп армий: «Север» (командующий генерал-фельдмаршал фон Лееб), «Центр» (командующий генерал-фельдмаршал фон Бок) и «Юг» (командующий генерал-фельдмаршал фон Рундштедт). Главной ударной силой вермахта являлись придававшиеся фронтам танковые группы, которыми командовали генералы: 1-й – Клейст, 2-й – Гудериан, 3-й – Гот, 4-й – Гёпнер. Кроме того, каждая группа армий получала по одному воздушному флоту. Общее управление всеми группировками осуществлял Главнокомандующий сухопутными войсками фельдмаршал Браухич. Адольф Гитлер являлся Главнокомандующим всеми Вооружёнными силами Германии и её союзников.
Подготавливая поход на Восток, Гитлер считал, что эта «операция будет иметь смысл только в том случае, если мы одним стремительным ударом разгромим всё (Советское) государство целиком». Исходя из этой установки, группе армий «Север» ставилась задача уничтожения находившихся в Прибалтике советских войск и овладения портами Балтийского моря, в том числе Ленинградом и Кронштадтом. Основной удар планировалось нанести группой армий «Центр», которая, наступая двумя мощными колоннами, должна была раздробить силы противника в Белоруссии и концентрическими (сходящимися в назначенном пункте) ударами подвижных сил южнее и севернее Минска овладеть районом Смоленска. Затем во взаимодействии с группой армий «Север» уничтожить советские войска в Прибалтике и в районе Ленинграда. Для этого вспомогательный удар планировалось нанести из Финляндии, где вместе с финскими войсками сосредоточилась немецкая армия «Норвегия». Группа армий «Юг» своим усиленным левым крылом должна была осуществить стремительный прорыв на Киев, с тем чтобы как можно быстрее овладеть переправами через Днепр. В дальнейшем следовало захватить богатую сельскохозяйственную Донскую область, угольные шахты и предприятия Донбасса, а также кавказскую нефть. На запланированную в «Барбароссе» линию Архангельск – Волга германские войска должны были выйти за пять недель.
Готовя вермахт к нападению на Советский Союз, гитлеровское руководство настраивало своих офицеров и солдат на беспощадное обращение с врагом, поскольку фашистские войска придут на чужую территорию не для того, чтобы кого-то защищать, а только завоёвывать жизненное пространство. Так, например, развивая эту установку, в приложении к приказу командующего 4-й танковой группой Гёпнера от 2 мая 1941 года в связи с предстоявшими боевыми действиями на Востоке говорилось следующее: «Война против России является важнейшей частью борьбы за существование немецкого народа. Это – давняя борьба германцев против славян, защита европейской культуры от московско-азиатского нашествия, отпор еврейскому большевизму. Эта борьба должна преследовать цель превратить в руины сегодняшнюю Россию, и поэтому она должна вестись с неслыханной жестокостью. Каждый бой должен быть организован и проводиться с железной волей, направленной на безжалостное и полное уничтожение противника. Никакой пощады прежде всего представителям сегодняшней русской большевистской системы».
