Процесс приговаривания к смерти занимал несколько минут. Если заключённые не желали сотрудничать с режимом, то это считалось признаком симпатии к муджахединам, и их немедленно казнили. Первоначально казни проводились через расстрел, но позже он был заменён повешением.

В Тегеране в тюрьмах Эвин и Гохардашт казни проходили каждый час с 7:30 до 17:00. В первую ночь было казнено почти 3800 человек. Чтобы упростить казни, в тюрьме Эвин (которая, кстати, до сих пор используется для содержания и пыток заключённых иранского режима) заключённые были отравлены. В среднем в августе и сентябре 1988 года осуществлялось по несколько сотен казней в день, достигнув рекордной отметки в 8000 человек за две недели.

Бойня была настолько массовой, что протестовали даже ближайшие доверенные лица Хомейни, например, аятолла Монтазери, за что впоследствии он был уволен. Его протесты также не принесли результата.

В Тегеране тела жертв отправляли ночными конвоями в Хаваранский район к югу от столицы, где их закапывали на пустырях в братских могилах. Места массовых захоронений вскоре стали известны в связи с тем, что их обнаруживали бродячие собаки, которые выкапывали трупы. В других регионах трупы зарывали в каналы или на кладбищах.

В течение пяти месяцев было убито, по разным оценкам, от 5 до 33 тыс. человек, среди которых внушительный процент составляли старики, дети (казнили детей от 13 лет) и женщины. Власти приняли множество мер к тому, чтобы скрыть это массовое убийство, и поэтому реальное число погибших до сих пор не известно. Большинство убитых сидели за осуществление мирной политической деятельности (распространение оппозиционных агитматериалов, участие в демонстрациях, сбор пожертвований для оппозиции и т. п.).

В 2016 году была опубликована аудиозапись переговоров иранского теолога-диссидента Хусейна Али Монтазери и лиц, ответственных за массовые убийства. Из записи следует, что резня готовилась задолго до вторжения, а последнее стало лишь удобным поводом для её осуществления.

Считается, что коллаборантская тактика МХ в ходе ирано-иракской войны сделала их предателями в глазах большинства иранского населения, похоронив тем самым надежды Масуда Раджави на завоевание организацией симпатий иранцев. Такова, однако, была плата за вынужденное присутствие группы в Ираке ввиду практически полной невозможности вести политическую борьбу в своей стране.

По мнению ряда источников, уже после окончания войны МХ также помогала Саддаму Хусейну подавлять шиитско-курдское восстание на юге страны в 1991 году (в ходе подавления восстания погибло, по разным данным, до 180 тыс. человек, а само подавление отмечалось крайней жестокостью). МХ эти обвинения отрицает.

В самом же Иране террористические акты меньшего масштаба продолжались все 90-е и нулевые. Ряд атак произошёл в апреле 1992 года, когда МХ атаковала дипмиссии Ирана в 13 странах, — в т. ч. представительство Ирана в ООН. По словам руководства МХ, эти атаки были местью за авиаудары иранской армии по членам МХ в районе Багдада. В 1998 году члены МХ убили руководителя тюремной системы Ирана — Асадоллу Ражеварди (что можно рассматривать как возможную месть за резню в тюрьмах десятью годами раньше).

В 1999-м произошло убийство замначальника Генштаба Ирана Али Сайада Ширази. В феврале 2000-го МХ осуществляет обстрел дворца президента Ирана Мохамеда Хатами.

По версии властей Ирана, с начала исламской революции 1979 года и по сей день от деятельности МХ погибли 17 000 иранцев.

Во время вторжения в Ирак в 2003 году армия США провела ряд бомбардировок объектов муджахединов в Ираке, несмотря на утверждения ОМИН о её нейтральности. Вскоре стороны договорились о прекращении огня, разоружении МХ и перемещении организации в лагерь Ашраф на северо-востоке страны — бывшую военную базу ВС Ирака размером 14 квадратных километров. В 2004 году Министр обороны США Дональд Рамсфилд определил группу как «лиц, пользующихся покровительством согласно Женевской конвенции», хотя такое определение противоречило рекомендации Госдепа США, Верховного комиссариата ООН по делам беженцев, и международного представительства Красного Креста.

В середине мая 2003 года отряды коалиции собрали у МХ более 2139 танков, бронемашин, единиц артиллерии и прочих военных машин. Четвёртая пехотная дивизия отчиталась об уничтожении большей части оружия и боеприпасов, принадлежавших МХ.

По разным оценкам, от 3400 до 4000 членов МХ были собраны в лагере Ашраф — в одном месте (до этого МХ имели имела как минимум шесть баз: вблизи г. Джалула в 100 км от Багдада, в г. Кут, в г. Басра, в г. Аль-Амара и вблизи г. Микдийа в 80 км. от Багдада), задержаны, разоружены и проверены на принадлежность к террористическим атакам в прошлом. Там они пробыли последующие 10 лет, выживая с помощью кустарного производства, пожертвований из-за границы и, возможно, помощи антиирански настроенных стран.

Однако в таком состоянии члены МХ были достаточно уязвимы для атак со стороны проиранских сил, — что, в итоге, и случилось.

В июле 2008-го МХ обратилась в Госдеп США за отменой решения о признании их иностранной террористической организацией (FTO). В случаях такой процедуры организация, которая подаёт заявку, должна привести доказательства того, что сегодняшние обстоятельства существенно разнятся от тех, когда организация была признана террористической. Госдеп изначально пришел к выводу, что МХ остается иностранной организацией, сохраняющей способность и желание включаться в террористическую активность. При этом данное определение не угрожало статусу членов МХ в лагере Ашраф.

28 июля 2009 года, воспользовавшись уходом войск США на территорию своих баз, ВС Ирака штурмом вошли в лагерь Ашраф. Как минимум 10 жителей лагеря были убиты в ходе рейда. Пресс-секретарь правительства Ирака Али аль-Дабба назвал произошедшее «контролируемой мерой для поддержания стабильности в лагере».

Причины рейда до конца не ясны — возможно, это была акция устрашения против формально неподконтрольной Багдаду политической группы, возможно, у иракских властей было подозрение, что МХ отдала США не всё своё вооружение. Возможно, новые иракские власти хотели отомстить за участие МХ в подавлении восстания 1991 года. По некоторым данным, этот и подобные рейды проводились под давлением Ирана.

Так или иначе, члены МХ, присутствовавшие во время рейда, заявляли, что американские военные снимали происходящее на видео и никак не реагировали на насилие. МХ ответила на произошедшее возмущением, апелляцией к соглашениям с США и голодовкой своих членов. Очевидно, это было уже единственным, чем они могли ответить в той ситуации.

Аналогичный случай произошёл в апреле 2011-го, после того, как войска США покинули лагерь Ашраф. В результате погибло 35 участников МХ. После инцидента Ирак заявил о своем желании закрыть лагерь Ашраф.

В декабре 2011-го Ирак и ООН достигли соглашения относительно лагеря Ашраф: его было решено передислоцировать в лагерь Хурийа (Camp Liberty), прилегающий к международному аэропорту Багдада. Совокупная численность активистов МХ по всему миру на то время оценивалась Госдепом США в 5–10 тысяч тыс. человек, значительная часть из которых находилась в Европе.

Несмотря на формальное разоружение, МХ изо всех сил старалась сохранить себя как милитарную структуру и поддерживать в своих членах боевой дух. В конце 2008-го года доклады США сообщали, что жители лагеря носят военную униформу, используют дореволюционные иранские флаги и по ночам отрабатывают военную тактику действий малыми группами.

Стратегический исследовательский институт RAND, выполняющий исследования в том числе по заказу вооружённых сил США, в своем докладе за 2009 год раскритиковал решение Штатов о придании статуса защищённых лиц боевикам МХ и назвал его «крайне противоречивым», т. к., по мнению организации, США избирательно применили Женевские конвенции к организации, официально считающейся террористической.