К сентябрю 1971 года SAVAK арестовали более 150 членов МХ, нанеся тем самым тяжелый удар по организации. 69 из них предстали перед судом. Были казнены многие основатели, тем самым организационная структура группы была серьёзно нарушена. Ряд арестованных оставались в тюрьме почти до самой революции 1979 года.

Среди арестованных в 1971 году был и Масуд Раджави. На суде он заявил, что «правящий класс находится на смертном одре», а когда прокурор перебил его вопросом, зачем он приобретал оружие, Раджави ответил: «Чтобы разделаться с такими как ты». Его приговорили к смертной казни. Однако брат Раджави начал широкую кампанию в его поддержку, и после вмешательства Франсуа Миттерана и «Международной амнистии» приговор был заменён на пожизненное заключение.

В результате этого удара группа была реструктурирована: руководство ею взял на себя центральный комитет из трёх человек, каждому из которых была подконтрольна отдельная ветвь организации с независимыми друг от друга ячейками, каждая из которых имела свои склады вооружения и самостоятельно вербовала сторонников.

Вообще, с конца 1960-х в Иране появлялось множество как марксистских, так и исламистских революционных групп, однако большинство из них нейтрализовывались SAVAK до того, как начинали активную деятельность.

Репрессии 1971 года заставили МХ включить ряд марксистов в центральный комитет. В 1972 году в него вошёл Маджид Шариф Вакефи, а в 1973-м — Таки Сахрам. К 1973 году в ОМИН, продолжавшей страдать от жестоких репрессий SAVAK, развернулась жесткая идеологическая борьба. По всей видимости, «чистые» марксисты планировали захватить организацию, сделать её более радикальной и секулярной. Несогласные с новой линией изгонялись или даже сдавались спецслужбам. Группа выпустила «Манифест об идеологических вопросах», где руководство объявляло, что «после десяти лет скрытого существования, четырёх лет вооружёной борьбы и двух лет интенсивного идеологического переосмысления они пришли к выводу, что марксизм, а не ислам, является настоящей революционной идеологией».

Фактически появилось две организации «Муджахедин Хальк», чья активность не пересекалась между собой. Раскольническая организация первоначально называлась «Муджахедин М-Л» (марксистско-ленинская), однако позже была переименована в «Пейкар» («Организация борьбы за освобождение рабочего класса»). Исламские сторонники МХ были сконцентрированы преимущественно в провинции, но по большей части — в тюрьмах.

Мишенью муджахединов вплоть до революции продолжали становиться государственные структуры шахского режима. В результате террористических атак было убито несколько американцев, работавших в Иране (по разным данным, к 1978 году в Иране работало от 45 до 60 тыс. американцев). В 1973 году члены МХ-МЛ устроили две перестрелки с полицией Тегерана. В том же году они организовали десять взрывов, в т. ч. в офисах Shell Oil, Pan American Airlines и Hotel International. В феврале 1974 года они организовали атаку против полицейской станции в Исафахане.

2 июня 1973 года у входа в собственный дом в Тегеране двумя людьми на мотоциклах был застрелен подполковник Луис Ли Хокинс, финансовый контролёр армии США.

В 1974 году, в знак протеста против визита султана Омана, муджахедины организовали взрывы банка Омана, ворот британского посольства и офиса Pan-Americal Oil company. Коммюнике организации сообщало, что эти действия были солидарностью с народом Дхофара — провинции Омана, где с 1962 по 1976 год проходило антиправительственное восстание.

В апреле 1974 года они сделали попытку взорвать офис SAVAK в университете Тегерана, а 25 мая того же года заложили бомбы в офисах трёх международных корпораций.

В августе 1976 года МХ атаковала машину, перевозившую служащих американской компании Rockwell International, убив трёх человек.

Много позже, когда встал вопрос об исключении МХ из списка террористических организаций, Масуд Раджави отрицал причастность его группы к убийствам американцев, настаивая на том, что это было дело рук отколовшейся марксистско-ленинской ветви МХ (того самого «Пейкара»). Некоторые аналитики даже говорят, что Раджави после освобождения во время революции был вынужден перестроить организацию, чьи имидж и структура серьёзно пострадали от действий «Пейкара». В 2005 году Госдеп США признал эту версию и официально заявил, что МХ Масуда Раджави не имеет отношения к убийствам американцев в тот период.

От репрессий страдали, правда, также и члены марксистско-ленинской МХ. В 1976 году «Вашингтон Пост» сообщала о казни девяти «террористов, обвинённых в убийстве американских полковников». Среди казнённых был Вахид Афрактех, лидер группы. В этом же году сообщалось о том, что полиция Тегерана убила Бахрама Арама, ответственного за смерть трёх американцев, работавших на Rockwell International. Как Вахид Афрактех, так и Бахрам Арам принадлежали к МХ-МЛ.

Находясь в тюрьме и узнав о происходящем, Масуд Раджави написал книгу, где называл «Пейкар» «псевдо-левыми оппортунистами», чьи вооружённые операции были «вызовом» и попыткой «переиграть» истинную МХ.

Как уже было сказано, в этот период МХ пыталась совмещать марксизм и исламизм, интерпретируя суры Корана как инструкции к обобществлению средств производства и ликвидации классовой системы. Важной составляющей их борьбы был также антиколониализм — поддержка борющихся народов Алжира, Кубы, Палестины и Вьетнама.

Помимо марксистской литературы, источником вдохновения группы была книга «Путь красноречия» — сборник из проповедей, писем и высказываний Имама Али, составленный багдадским поэтом и теологом Шарифом Рази.

Несмотря на влияние марксизма в идеологии, группа никогда не называла себя «коммунистической» или «социалистической», не считая периода узурпации лейбла «Муджахедин Хальк» марксистами-ленинцами. В 1970-х годах МХ продвигала радикальную форму ислама, близкую к некоторым работам иранского революционера и социолога Али Шариати (1933–1977). В них утверждалось, что ислам должен противостоять феодализму и капитализму, отталкиваясь от принципа равенства и прав человека, а также говорилось о необходимости социализации средств производства.

Идеологию МХ также называют смесью марксизма, феминизма и исламизма. Впрочем, вероятнее всего, следует различать идеологию ранней МХ и поздней МХ. Если в первые годы после создания и первое время после Исламской революции МХ действительно придерживались исламского марксизма, то сегодня, исходя из их официального сайта, их идеология — либеральная демократия с легким налётом религии. Руководство организации в открытую отрицает свою принадлежность к марксизму. Критики же и вовсе утверждают, что одним из столпов идеологии МХ является лояльность семье Раджави.

Также следует отметить, что следование идеологическим догмам организации выливалось в немалые сложности для её членов.

Ещё в конце 1980-х от взрослых женщин-участниц организации требовали развода со своими мужьями. Молодым не позволяли жениться или иметь детей. Согласно концепции МХ, любовь только отвлекает муджахединов от борьбы против мулл. Информагенство BBC, например, приводит слова бывшего члена МХ Эдуарда Темадо, живущего сейчас в Германии. Он провёл 9 лет в качестве военнопленного в Ираке и присоединился к МХ с целью «помочь иранской демократии». Спустя три года участия в организации он захотел её покинуть, но ему не позволили, и он находился в её составе 12 лет. Как он сказал корреспондентам, он «завёл жену и трёх детей в знак протеста против организации».

На сегодня же политическая платформа Национального совета сопротивления Ирана (НССИ — таковым было одно из названий МХ после ребрендинга) уже включала поддержку прав человека, женщин, капиталистическую рыночную экономику, заботу о правах меньшинств и интеграцию Ирана в международное сообщество, поэтому на сегодняшний день говорить о МХ как о «леворадикальной» организации вряд ли приходится. Более подробно о сегодняшней идеологии МХ и её политической структуре будет сказано ниже.