Отражением вражеского нападения руководил сам командующий флотом, перешедший, чтобы быть ближе к району боевых действий, с флагманского броненосца «Петропавловск» на канонерскую лодку «Бобр».
Хотя ночь и была темной, береговые прожекторы осветили японские корабли еще при подходе. В 3 часа 30 минут дежурные корабли и береговые батареи открыли по ним огонь.
После первых залпов загорелся и взорвался головной брандер. Торпедой с русского миноносца «Сильный» (командир лейтенант Е.И. Криницкий) был поражен второй. Миноносец «Решительный» атаковал и потопил третий брандер. А четвертый под обстрелом выбросился на камни.
С некоторых японских судов русские моряки сняли пушки и пулеметы. В дальнейшем они были использованы для обороны Порт-Артура. С наступлением прилива русские корабли вновь покинули внутренний бассейн, доказав японскому флоту, подошедшему к Порт-Артуру, что новая попытка закупорить вход закончилась безрезультатно. Флот противника опять уклонился от боя и ушел на юго-восток.
Хорошо понимая, что противник на этом не успокоится, командующий и его штаб еще тщательней стали готовиться к очередной встрече с японскими брандерами.
Макаров попытался использовать для обороны и затопленные японские брандеры. Все корабли дежурили со спущенными противоминными (противоторпедными) сетями. Вводились единые сигналы для флота. Предупреждением о появлении противника служила сигнальная ракета.
Активность русского флота была замечена противником. В те дни командир одного из японских миноносцев писал: «С приездом адмирала Макарова в русской эскадре началось небывалое до сих пор оживление, особенно заметное в обороне гавани». Далее автор делал вывод: «Он, должно быть, дельный человек, и я надеюсь, что в скором времени японская граната заставит его прекратить свою деятельность против нас»34.
Опасаясь, что русские корабли из Порт-Артура смогут прорваться во Владивосток, адмирал Того решил выставить на подходах к русской базе мины. Для этого были выделены корабли и вспомогательное судно «Кориумару». 30 марта (12 апреля) около 23 часов 40 минут японские корабли приблизились к Ляодуну. Но при виде русских миноносцев под командованием капитана 2-го ранга М.В. Бубнова противник уклонился от боя и поспешил присоединиться к своим главным силам.
Чтобы обезопасить проведение высадки 2-й японской армии на Квантунский полуостров у Бицзыво, адмирал Того предпринял новую попытку закупорить вход во внутренний бассейн Порт-Артура. Для этого было выделено 12 транспортов водоизмещением от 1650 до 4200 т с командами от 18 до 25 человек.
Операция была тщательно разработана и подготовлена. В море вышло 10 пароходов. На переходе брандеры сопровождали 2 боевых отряда Соединенного флота. О том, какое значение придавало японское командование этой операции, можно судить по числу участвовавших в ней кораблей. К Квантуну направлялось 50 вымпелов.
На переходе усилился ветер. Опасаясь, что в штормовых условиях трудно будет снять команды брандеров со шлюпок, начальник отряда решил отменить проведение операции. Но в ночных условиях он смог предупредить об этом командиров лишь 2 брандеров, которые повернули обратно. 8 пароходов, потеряв в темноте связь с охранявшими их кораблями, самостоятельно продолжали движение к Порт-Артуру.
Первым приблизился к русскому рейду пароход «Микавамару». Он был обстрелян с берега. На брандере возник пожар. Поэтому команда поспешила взорвать свой пароход. Подобная участь постигла все остальные брандеры. Огнем эскадренных миноносцев, канонерских лодок и береговых батарей они были потоплены на рейде или выбросились на берег, так и не заградив фарватера. 2 офицера и 30 матросов с брандеров были захвачены в плен. Как признавали сами японцы, им удалось спасти менее половины личного состава (67 человек из 158), привлеченного к участию в операции.
После гибели адмирала С.О. Макарова флотом командовал наместник, а когда в связи с угрозой блокады Порт-Артура он выехал в Мукден, в командование флотом с 22 апреля (5 мая) вступил контр-адмирал В.К. Витгефт. Новому командующему были даны указания в прежнем духе: «Ввиду значительного ослабления наших морских сил активных действий не предпринимать, ограничиваясь лишь производством рекогносцировок крейсерами и отрядами миноносцев для атаки неприятельских судов. При этом посылку тех или других обставить такими условиями, чтобы не подвергать их без нужды особому риску»35.
Докладывая о своем командовании эскадрой, наместник писал: «Представлялось неотложно необходимым, придерживаясь строго оборонительного образа действия, напрячь все силы и всю энергию для возможно скорого исправления судов». Чтобы как-то оправдать пассивность флота после гибели Макарова, был сделан выпад по адресу погибшего командующего флотом. «Характеру покойного адмирала Макарова были присущи порывы увлечения боевой обстановкой, что облегчало неприятелю применение своих тактических приемов… Поспешному выходу 31 марта броненосцев в море с маневрированием на рейде без… мер предосторожности нельзя найти ни основания, ни объяснения»36.
После занятия Кореи японское командование в апреле начало подготовку к высадке 2-й армии на Ляодунский полуостров. Близость места высадки к Порт-Артуру и наличие реальной угрозы со стороны русской эскадры заставили японское командование усилить действия своего флота против Порт-Артура. В целях обеспечения высадки 2-й армии на Ляодунский полуостров, японский флот в конце апреля приступил к осуществлению ближней блокады Порт-Артура. В качестве временной базы для блокадных сил своего флота японское командование использовало острова Личаншаньледао (Эллиот), расположенные недалеко от Порт-Артура. Метод блокады японского флота заключался в следующем. Блокадный дозор, состоявший из миноносцев, находился в непосредственной близости от Порт-Артура. В 10–20 милях от крепости постоянно держался отряд поддержки блокадного дозора, состоявший из крейсеров. Основные силы японского флота, включавшие в себя эскадренные броненосцы и броненосные крейсера, обычно находились возле островов Личаншаньледао или в шхерах северо-западной Кореи. Днем крейсера держались в видимости Порт-Артура, а на ночь удалялись в море, оставляя на внешнем рейде дозор из миноносцев. Связь между блокадным отрядом и основными силами флота, находящимися в расстоянии нескольких десятков миль, осуществлялась по радио, что давало возможность японскому командованию своевременно развертывать основные силы своего флота в случае выхода в море русских кораблей. Чтобы затруднить выход блокируемых кораблей, японцы усилили постановку мин заграждения на внешнем рейде. Всего за время блокады Порт-Артура японский флот выставил около 1300 мин37.
Для борьбы с минной опасностью русские моряки, учтя первоначальный опыт, в мае 1904 г. организовали систематическое траление. Для этой цели был создан специальный отряд траления, состоявший из 7 самоходных шаланд, 6 катеров и 2 пароходов. Отряду траления придавалось 4 миноносца, в задачу которых входило обеспечение тралящих кораблей от возможных атак противника. С момента создания специального отряда траления корабли перестали выходить в море без предварительного траления выходного фарватера. Это дало возможность русской эскадре, несмотря на серьезную минную опасность, вплоть до конца войны действовать за пределами своей базы. Таким образом, русскому флоту принадлежит первенство как в создании средств борьбы с минными заграждениями, так и в разработке способов и приемов траления, положивших начало новому виду боевой деятельности флота.
В борьбе с блокирующим флотом противника русские моряки умело использовали минное оружие. За время войны для обороны Порт-Артура русский флот выставил 1442 мины.
Поскольку инициатива на море вновь перешла к японскому флоту, часто появлявшемуся у Порт-Артура, русское командование решило выставить минные заграждения на вероятных курсах движения противника. Инициатором этой постановки был командир минного заградителя (по терминологии того времени — минного транспорта) «Амур» капитан 2-го ранга Ф.Н. Иванов.