Тотчас после покорения Лидии персами ионийцы и эолийцы отправили вестников в Сарды к Киру. Они объявили, что желают подчиниться персам на тех же условиях, как ранее Крезу. Выслушав их предложение, Кир рассказал такую басню: «Какой-то флейтист увидел в море рыбу и принялся играть на флейте, надеясь, что рыба выскочит на сушу. Обманувшись в своих ожиданиях, он закинул невод, поймал много рыбы и вытащил ее на берег. И вот, увидев бьющуюся в неводе рыбу, он сказал: "Когда я вам играл, тогда бы и плясали, а теперь уже поздно!"» Эту басню Кир рассказал ионийцам и эолийцам потому, что те прежде отклонили его предложение отложиться от Креза, а теперь, когда все было уже кончено, изъявили готовность подчиниться победителю.

Таким образом, грекам было отказано в мире. Но сам Кир не стал с ними воевать. Ведь у него были более серьезные противники: Вавилония, живущие в Средней Азии саки и бактрийцы, а также египтяне. Против этих народов Кир решил выступить лично, а против ионийцев послал мидийца Мазареса. Тот успел подчинить Приену и разграбить долину Меандра, но вслед затем занемог и скончался.

После кончины Мазареса приемником его в должности военачальника стал другой мидиец Гарпаг. Прежде всего он подступил к Фокее и велел передать жителям, что удовольствуется, если горожане разрушат один только бастион на стене и посвятят в знак покорности царю один дом. Фокейцы, которые ненавидели рабство, объявили, что просят один день на размышление. Гарпаг согласился и отвел войско от города. Тогда фокейцы спустили на воду свои 50-весельные корабли, погрузили на них жен, детей, все свои пожитки, а также изображения богов и посвятительные дары из храмов. Погрузив затем и все остальное имущество, они взошли на борт и отплыли на Хиос. Фокею же, оставленную жителями, заняли персы.

Поначалу фокейцы не хотели уплывать далеко. Они надеялись, что хиосцы продадут им Энусские острова, однако те отказали им в этой просьбе, опасаясь, что после поселения фокейцев эти острова превратятся в крупный торговый центр, а их собственный остров из-за этого лишится торговых выгод. Увидев, что с этой стороны им не на что надеяться, греки вернулись в Фокею и перебили персидскую стражу, оставленную Гарпагом. Затем они бросили в море кусок железа и поклялись, не возвращаться до тех пор, пока это железо не всплывет на поверхность. Решено было плыть на остров Корсику (он находился вблизи берегов Италии), где за двадцать лет до этого фокейцы основали колонию Алалия. Но едва корабли двинулись в путь, больше половины граждан охватила мучительная тоска по родному городу и насиженным местам. И вот, нарушив данную клятву, они вернулись назад в Фокею и покорились персам.

Остальные греки исполнили свое намерение. Они перебрались на Корсику и прожили там пять лет вместе с прежними поселенцами. Однако и тут у фокейцев вскоре нашлись новые враги. Это были этруски и карфагеняне. Как те, так и другие привыкли считать Корсику своим владением. Появление здесь большого греческого города шло вразрез с их торговыми интересами. И вот, забыв о прежней вражде, оба народа объединились и выступили на 60 кораблях против фокейцев. Греки также снарядили 60 боевых кораблей и поплыли навстречу противнику. Произошло ожесточенное морское сражение. Фокейцы одержали в нем победу, но 40 из 60 кораблей у них погибло, а остальные 20 потеряли боеспособность, так как у них были отбиты носы. Продолжать войну в таких условиях сделалось невозможно. Возвратившись в Алалию, фокейцы вновь посадили жен и детей на корабли, поплыли в Южную Италию и захватили здесь город Элею. Отныне она стала их новой родиной.

Примеру большей части фокейцев, переселившихся из Азии, последователи жители другого ионийского города Теоса. После того, как персы захватили городские стены, все теосцы сели на корабли и отплыли во Фракию. Там они поселились в городе Абдере.

Эти два ионийских города были единственными, которые предпочли лучше покинуть свою родину, чем терпеть рабство. Остальные ионийцы, кроме милетян, вступили в борьбу и доблестно сражались каждый за свой город. Однако все они потерпели поражение и были покорены. (Обычно персы поступали так: они окружали город валом, возводили у стен насыпи, а затем брали его приступом).

Так Иония вторично потеряла свободу. После покорения Гарпагом материковых ионийцев островные ионийцы, устрашившись их участи, добровольно покорились Киру.

Город Самос находился на одноименном острове, причем большая его часть омывалась морем и располагалась на ровном месте, а меньшая – поднималась по склону возвышавшейся над гаванью горы. Остров процветал за счет плодородной почвы, которая стяжала ему множество похвальных эпитетов и прозваний. Но наибольшую выгоду Самос извлекал из своего расположения: он был конечным пунктом на единственном сравнительно безопасном (в любую погоду!) пути через Эгейское море.

В древности первоначальным населением Самоса были карийцы. В конце героической эпохи его стали заселять греки. Говорят, что первых колонистов сюда привел Прокл, сын Питирея. Он был родом из Эпидавра и стоял во главе эпидаврийцев, которых изгнали из родных мест Деифонт и аргосцы. Позже царь Эфеса Андрокл обвинил самосцев в том, что они вместе с карийцами злоумышляли против ионян. Он пошел походом на Леогора, сына Прокла, царствовавшего после отца в Самосе, и, победив его в битве, изгнал с острова. Часть самосцев поселилась тогда на острове около Фракии, который стал называться Самофракией. Другие вместе с Леогором укрепили стенами Анею на материке. Спустя десять лет, они переправились на Самос, изгнали с него эфесцев и вновь завоевали себе остров.

По упразднении монархии власть на острове прибрали к рукам знатные землевладельцы – гаморы. Позже здесь правило несколько тиранов. О первом из них, Демотеле, известно очень мало. Затем, около 560 г. до Р.Х., власть захватил наварх (предводитель флота) Силосонт. При нем на Самосе был возведен гигантский храм Геры – величайшее из всех греческих сооружений того времени. Он, впрочем, тоже оставался у власти не очень долго и был изгнан аристократами-гаморами. Но уже в 538 г. до Р.Х. аристократическое правительство было низвергнуто Поликратом – внуком или внучатым племянником упомянутого Силосонта. Во время большого праздника в честь Геры, когда вооруженные жители отправились в святилище, располагавшееся в полутора часах ходьбы, и там сложили оружие, Поликрат напал на них и сразу после этого захватил никем не охраняемый город. А чтобы защитить власть, завоеванную так внезапно, он укрепил акрополь и обратился за поддержкой к наксоскому тирану Лигдамиду. Тот послал ему войска. Сначала Поликрат разделил город на три части и в течении пяти или шести лет делил власть с братьями Пантагнотом и Силосонтом. Но потом одного из братьев он убил, а младшего – Силосонта изгнал.

Таким образом, около 532 г. до Р.Х. началось единоличное правление Поликрата, за которым в истории закрепилась слава одного из самых удачливых и могущественных тиранов своего времени. В короткое время он сумел превратить Самос в сильнейшую морскую державу Восточного Средиземноморья. Флот, доставшийся Поликрату после государственного переворота, насчитывал до ста 50-весельных судов и около сорока триер. По его приказу, в дополнение к ним, началось строительство новых судов, так называемых, самен, которые могли использоваться в открытом море как парусники. Их отличительными признаками являлись тупой, похожий на свиное рыло нос и объемистый корпус. Чтобы укрыть дополнительные корабли гавань Самоса была защищена и расширена гигантским (в триста шагов!) молом. С этой военной силой Поликрат принялся разорять без разбора земли друзей и врагов. Самосцы всегда занимались морским разбоем, но Поликрат делал это с таким размахом, что стал подлинным владыкой морей. Вскоре он подчинил себе множество островов и городов на материке. Между прочим, он одержал победу в морской битве победу над лесбосцами, когда те со всем своим флотом пришли на помощь Милету, а потом заставил пленников в оковах выкопать ров вокруг стен на Самосе. Слава о могуществе Поликрата разнеслась по всей Элладе. Многие правители искали его дружбы.