Находившегося в тюрьме Рихарда Зорге не ознакомили с содержанием статьи и комментариев к ней, но он хорошо знал, что японские следственные органы не располагали доказательствами, подтверждающими версию о том, что его группа работала по заданию Коминтерна. Сам он на допросах категорически отвергал какое-либо взаимодействие с органами Коммунистического интернационала в Москве и подчеркивал, что его соратники вообще ничего не знали об этом. Также не было доказано явно абсурдное предположение, что целью деятельности нелегальной организации Зорге являлось свержение существующего в Японии государственного строя. Данные им показания о том, что он и его люди работали, чтобы вскрыть и предотвратить агрессию японской военщины против Советского Союза и сохранить мир между Японией и СССР, не принимались следствием во внимание.
Статьи и комментарии привлекли большое внимание в стране и за рубежом. Внимательно их прочитали и в Москве, но эти материалы не прояснили судьбу Рихарда Зорге. Центр по-прежнему не знал, что с ним, жив ли он. В начале 1942 года в советское посольство в Токио поступила информация, что Рихард Зорге уже приговорен к смерти и приговор, видимо, приведен в исполнение. В апреле появились сведения, что Зорге и Клаузен осуждены на пожизненную каторгу, но и они не получили подтверждения. В Москве помнили также о судьбе английского журналиста Дж. Кокса, так и не вышедшего из застенков кэмпэтай.
Профессия разведчика всегда связана с риском, от провалов никто не гарантирован, особенно в военное время, когда усиливаются меры по борьбе с иностранным шпионажем. Провалы всегда сопровождаются негативными дипломатическими и политическими последствиями, но в случае с арестом Зорге этого не произошло. Дело арестованных, как следовало из опубликованной в Японии статьи, никак не было связано с Советским Союзом, поэтому не могло повлиять на двусторонние японо-советские отношения. Коминтерн после начала Великой Отечественной войны практически потерял свое значение как центр мирового коммунистического движения, и о нем практически нигде не упоминалось. В СССР в условиях войны никто не говорил и о призывах к социалистической революции в других странах. Генсек Коминтерна Г. Димитров перестал публиковаться в советской печати. В этой связи японские обвинения не вызвали какой-либо особой реакции в советских партийных и государственных инстанциях, занятых организацией отпора фашистской агрессии.
Тем временем в Токийском окружном уголовном суде, куда были переданы материалы «дела Зорге», приняли решение проводить судебное разбирательство на основе процедуры ёсин. Особенностями этой процедуры являлись исключение суда присяжных и запрет на услуги адвоката. Однако после процедуры ёсин в соответствии с местной юридической практикой начиналось судебное разбирательство кохан, при котором допускалось участие адвокатов. Зорге неплохо знал особенности судебной системы Японии и сдаваться не собирался, намереваясь продолжить свою линию защиты, используя все местные процессуальные особенности.
Судебное разбирательство ёсин дела Зорге и его соратников началось в июне 1942 года и закончилось только в декабре. Как и ранее, всех обвиняемых заслушивали поодиночке, совместные допросы были запрещены. Рихарда привозили в здание Токийского суда в тюремном автомобиле с усиленными мерами предосторожности: руки были скованы наручниками, на голову надевали специальную плотную соломенную шляпу с густой сеткой, закрывавшей лицо. Зорге просил снять наручники и крайне неудобный головной убор, но его просьбы неизменно отклонялись.
Судьи вели допросы в еще более жесткой форме, чем это делалось на предварительном этапе расследования. Зорге был выделен прежний переводчик Икома, но они не могли даже обменяться парой слов, не относящихся к проходящей процедуре. Даже что-либо сказанное шепотом немедленно вызывало запрещающую реплику. Судья лично вел протокол допроса, который сразу же переводился на немецкий и давался обвиняемому для ознакомления. В ходе допроса проверялись данные следствия, для чего обвиняемым в основном задавались прежние вопросы. Велся также опрос свидетелей, однако эта важная часть процедуры проходила без присутствия обвиняемого, что позволяло судье интерпретировать их показания так, как он считал нужным.
Допросы начинались с раннего утра и заканчивались поздно вечером. Рихард плохо себя чувствовал, мучился от жары и духоты в небольшой комнате, где находились судья, переводчик и охрана, но по-прежнему держался уверенно, решительно отстаивал свою линию защиты, протестуя против не устраивавших его пунктов обвинительного заключения.
На первом заседании, которое вел судья Накамура, было зачитано обвинительное заключение, подготовленное прокуратурой на первом этапе расследования. Рихард узнал, что его обвиняют в нарушении уже четырех японских законов: «О поддержании общественного порядка», «Об обеспечении государственной обороны», «О сохранении военной тайны» и «О сохранении тайны в отношении военных ресурсов», ряд статей которых в качестве наказания предусматривал смертную казнь. Однако он не потерял самообладания и спокойно отвергал ложные или несправедливые, на его взгляд, обвинения.
Так, Зорге заявил судье, что в зачитанном ему обвинении имеются неточности, касающиеся даты окончания им школы и его родственных связей. Главным же, с чем он абсолютно не согласен, является утверждение, что деятельность возглавляемой им группы направлялась Коммунистическим интернационалом, хотя они не имели никаких связей с этой организацией. К другому неправильному суждению он отнес пункт обвинения, в котором указывалось, что всю передаваемую в Москву информацию он получал из секретных японских источников.
Все последующие допросы проходили в схожей манере. Судья Накамура часто интерпретировал ответы Зорге таким образом, чтобы они соответствовали основной линии обвинения. Рихард внимательно читал переведенный на немецкий язык протокол и методично отвергал все неточности, требуя внести исправления. Если судья не соглашался и продолжал настаивать на своем, вступал с ним в спор, даже стучал по столу кулаком и отказывался отвечать на вопросы. Абсурдность многих обвинений, явная ангажированность обвинения вызывали у Рихарда все большее раздражение.
Зорге так и не удалось убедить Накамуру, что его идейные убеждения и членство в Коммунистической партии Советского Союза не являются основанием для обвинения в том, что группа находилась в подчинении «штаба Коминтерна» и действовала по его заданиям. Рихард вновь повторял, что он руководил разведывательной группой, подчиненной органам военной разведки Красной армии. Несмотря на это, ему постоянно приходилось отвечать на вопросы о связях с Коминтерном Клаузена, Вукелича, Одзаки и Мияги, которые не имели никакого отношения к этой организации. Одновременно резидент всячески защищал своих соратников, подчеркивая, что они не являлись «агентами Коминтерна» и не собирались «подрывать национальный образ правления» в Японии.
Особое внимание Рихард по-прежнему уделял защите своих соратников, которые, как он постоянно говорил судье, не нарушали никаких японских законов. Журналист Вукелич не имел доступа к секретным источникам, общался только с коллегами по корреспондентскому корпусу либо официально получал сведения в японском агентстве новостей Домей Цусим. Мияги вообще не мог получать какие-либо секретные данные, а рассказывал то, что видел своими глазами, или высказывал мнение о событиях, которые уже всем были известны. Достаточно важную политическую информацию получал Одзаки, но узнавал о ней из личных бесед с высокопоставленными знакомыми, поэтому с юридической точки зрения она уже не являлась секретной, так как практически не соответствовала своему закрытому первоисточнику. Кроме того, Одзаки высказывал личное мнение о ситуации в Японии, которое также не подпадает под требования закона «О сохранении военной тайны». Судья Накамура с большим раздражением воспринимал аргументы Зорге, часто грубо прерывал его, требуя полностью сознаться в преступлениях против Великой японской империи.
