В течение двух дней, принимая все меры предосторожности, Микулин выпроваживал из города резервные баталионы. Баталионы были отправлены двумя разными маршрутами и поэшелонно, чтобы не допустить соединения и общения большого количества ненадежных войск. Не будучи совершенно уверенным в спокойствии баталионов, Микулин лично провожал каждую колонну на протяжении всего первого перехода.

Город опустел и затих. Вывод резервных баталионов, принимавших активное участие в восстании, знаменовал собою резкий перелом в движении военных поселян. Кривая восстания постепенно снижалась, хотя еще в округах продолжались отдельные вспышки возмущения. В округах поселяне все еще чувствовали себя хозяевами положения и не повиновались начальству.

Но это была уже агония. Несогласованность действий восставших поселян, отсутствие ясно поставленной цели, отсутствие разработанного плана движения и общего руководства им, вывод из города сочувствующих поселянам вооруженных резервных баталионов, т. е. большей частью молодежи, кровно связанной с восставшими, их сыновей и братьев — с одной стороны; успевшее оправиться от страха начальство, энергичное руководство Орлова и Микулина подавлением восстания, стягивание к месту восстания правительственных войск, не связанных с поселянами условиями бытового уклада и совместной службы — с другой, сделали свое дело: кривая восстания резко пошла книзу.

29 июля выступили из Новгорода в Старую Руссу и в округа обоих уделов военных поселений приведенные генералом Самсоновым войска. Начались аресты. Николай I мог торжествовать победу: страшное восстание было ликвидировано, можно было начинать суд и расправу.

Разочаровавшись в способностях генерала Эйлера, Николай I поручил произвести следствие и суд над мятежниками генерал-лейтенанту Захаржевскому. 9 августа под председательством Захаржевского в Новгороде была учреждена следственная комиссия, в состав которой, кроме Захаржевского, вошли членами: генерал-лейтенант Данилов, генерал-майор Люце, чиновник V класса Иовец и правитель дел Коншин.

16 августа комиссия приступила к работе. Но огромное число участников восстания во всех округах, многосложность и запутанность происшествий заставили комиссию просить царя об учреждении подсобных комиссий в Старой Руссе и в округах 2-й гренадерской и артиллерийской дивизий. Подсобные комиссии должны были, закончив следствие, разделить обвиняемых на разряды и, не приводя своих приговоров в исполнение, представить их на утверждение центральной новгородской комиссии. Царь утвердил проект, и в конце сентября подсобные комиссии тоже начали работу.

Генералы, входившие в состав комиссий, ее долго задумывались над тем, какие мощные внутренние рычаги бросали в восстание огромные массы людей. Классово враждебные повстанцам, они чрезвычайно упрощенно решили задачи следствия. Вопреки (мнению царя, Орлова, Строганова, Эйлера и других, они пришли к выводу, что «предварительного заговора к мятежу не было, и единственным поводом к возникновению беспорядков явилась холера». Весь социально-политический характер восстания был, таким образом, сразу же затушеван. По мнению членов комиссии, дело имело лишь уголовный характер, поэтому задачи следствия свелись к выяснению степени участия каждого подсудимого в избиениях начальников. По вполне понятным причинам поселенные начальники, на основе показаний которых велось все следствие, обратили внимание лишь на внешнюю сторону событий. Из сведений, посылаемых в следственные комиссии оставшимися в живых поселенными офицерами, видно, что поселенное начальство желало видеть в событиях лишь чистую уголовщину и эту иллюзию поддерживало в членах комиссии.

15 января 1832 г., после пяти месяцев работы, новгородская комиссия окончила следствие и суд над поселянами обоих уделов военных поселений. Комиссия определила наказание огромному количеству мятежников. Их оказалось 4 518 человек, но из этого числа было исключено 558 человек «невиновных или виновных в маловажных преступлениях». 3 960 человек были разделены по степени преступлений на четыре разряда.

Обвиняемые по 1-му разряду, изобличенные в убийстве, были приговорены к наказанию кнутом от 10 до 50 ударов; обвиняемые 2-го разряда — к наказанию шпицрутенами от 500 до 4 000 ударов; 3-го разряда — к наказанию розгами от 50 до 500 ударов и 4-го разряда — исправительно, т. е. подлежали переводу в другие полки и команды, главным образом в Сибирский и Финляндский корпуса.

Наказание было страшное; для назидания поселянам — зрителям экзекуции — оно производилось с такой невероятной жестокостью, что огромное число наказываемых было забито насмерть на месте экзекуции.

Вот как рисуют эту страшную картину очевидцы: «Наказание было произведено в нашем полковом штабе, куда и приводили арестованных из Новгорода. Приводили их ежедневно партиями, окруженных конвоем из эскадрона драгун и под охраною нескольких артиллерийских орудий. Все они были закованы. Когда привели на плац первую партию, то их невозможно было узнать; до того они были исхудалы, печальны и обросли, что не походили на людей. На другой день, рано утром, был собран поселенный баталион на плацу, где уже стоял полубаталион Астраханского полка в боевой амуниции, назначенный для экзекуции шпицрутенами. Поселенный же баталион был выстроен в 50 шагах от полка, с таким расчетом, чтобы мы были зрителями, как будут наказывать наших собратьев. На флангах баталиона стояла артиллерия, по четыре орудия на каждом фланге, заряженные картечью, из опасения, чтобы опять не вспыхнуло мятежа между военными поселянами, так как в числе наказываемых были близкие сердцу родные: дети, мужья, отцы…

Для большей безопасности кругом плац-парада гарцовали два эскадрона драгун. Вскоре приехал генерал Данилов, назначенный для наблюдения за порядком во время экзекуции. Поздоровавшись с полубаталионом Астраханского полка, он начал говорить солдатам, что, когда придет время наказывать бунтовщиков-поселян, то не щадить их, ибо, кто окажет им малейшую снисходительность, того он сочтет за пособника и ослушника воли начальства, а, следовательно, за такого же бунтовщика, как поселяне… „Стегать их, шельмецов, без милосердия, по чему ни попало“, — прибавил он. Затем, обратившись к поселенному баталисту, собранному для присутствования при экзекуции, сказал: „Ну, что, разбойники? Что наделали? Вот теперь любуйтесь, как будут потчевать вашу братию“».

После этого он скомандовал войскам: «Смирно! На караул!» Адъютант прочитал бумагу: кого за что судили и к какому наказанию присудили. Оказалось, что 60 человек приговорены к прохождению сквозь строй, а 30 — к наказанию розгами. 20 из 60 должны были получить до 4 000 ударов, 10 — по 3 000, 15 — по 2 000 и 15 — по 1 000 ударов.

«Страшная была картина: стон и плач несчастных, топот конницы, лязг кандалов и барабанный душу раздирающий бой, — все это перемешалось и носилось в воздухе. Наказание было настолько тяжко, что вряд ли из 60 человек осталось 10 в живых. Многих лишившихся чувств волокли и все-таки нещадно били. Были случаи, что у двоих или троих выпали внутренности… По плацу раздавались стоны, вопли, крики о милосердии, о пощаде, но ничего уже не помогало. Правосудие совершалось и никем уже нарушаемо не было. У некоторых несчастных, как, например, у поселянина Егора Степанова, выхлестнули глаз, и так водили, а глаз болтался; Морозова, который писал прошение от имени поселян, били нещадно. Несмотря на его коренастую фигуру, высокий рост, он не вытерпел наказания, потому что его наказывали так: бьют до тех пор, пока не обломают палок. Ему пробили бок, и он тут же в строю скончался, не пройдя положенное ему число ударов.

Экзекуцией второй партии распоряжался уже генерал Стессель, который был столь же немилостив, так как из числа 13 человек едва ли осталось в живых 5.

После генерала Стесселя назначен был генерал Скобелев, который уже присутствовал при наказании кнутом».

Эта расправа с поселянами происходила в полку короля Прусского.