После похода начался «розыск» о новгородской измене, проводившийся на протяжении 1570 года, причём к делу были привлечены и многие видные опричники предавшие Ивана Грозного. От этого дела сохранилось только описание в переписной книге Посольского приказа: «Столп, а в нём статейный список из сыскного и изменного дела 78-го (1570) году на ноугородцкого архиепископа Пимина, и на новгородских дьяков, и на подьячих, и на гостей, и на владычиих приказных, и на идетей боярских, и на подъячих, как они ссылались к Москве (были в связи с Москвой; далее – список)…что архиепископ Пимин хотел с ними Новгород и Псков отдати Литовскому королю, а царя и великого князя Ивана Васильевича всея Руси хотели злым умышлением извести, а на государство посадить безвольного Володимера Ондреевича; и в том деле с пыток многие про ту измену на новгородского архиепископа Пимина и на его советников и на себя говорили, и в том деле многие кажнены смертью розными казнми, а иные разосланы по тюрмам, а до ково дело не дошло, и те свобождены, а иные многие и пожалованы»; далее идёт важное примечание: «…а подлиново дела, не чево тот статейный список выписан, не сыскано, а приговор… и список за дьячьею пометою, хто как кажнен, ветх гораздо изодрались, а большой статейный список ветх же». Были схвачены ряд лиц, которые задавали тон в делах после разгона «Избранной рады»: А.Д.Басманов с сыном Фёдором, дьяк Посольского приказа И.М.Висковатый, казначей Н.Фунтиков-Курцев, опричный келарь (снабженец) А.Вяземский.

В 1571 году на Русь вторгся крымский хан Девлет-Гирей. Согласно В.Б.Кобрину, разложившаяся опричнина при этом продемонстрировала полную небоеспособность: привыкшие к грабежам опричники просто не явились на войну, так что их набралось только на один полк (против пяти земских полков). Москва была сожжена. В результате, во время нового нашествия в 1572 году, опричное войско было уже объединено с земским; в том же году царь вообще отменил опричнину и запретил само её название, хотя фактически под именем «государева двора» опричнина просуществовала до его смерти. Неудачные действия против Девлет-Гирея в 1571 г. привели к окончательному уничтожению опричной верхушки первого состава: глава опричной думы, царский шурин М.Черкасский (Салтанкул мурза) «за намеренное подведение царя под татарский удар» был посажен на кол; ясельничий П.Зайцев повешен на воротах собственного дома; казнены были также опричные бояре И.Чёботов, И.Воронцов, дворецкий Л.Салтыков, кравчий Ф.Салтыков и многие другие. Причём расправы не утихли даже после битвы при Молодях – отмечая победу Иван Грозный пристально наблюдал за самоуправством бояр, переходившим в предательство, упреждая последствия их действий.

В сентябре 1568 был свергнут с престола союзник царя Эрих XIV. Грозный мог лишь сорвать злость по поводу этой дипломатической неудачи, арестовав послов, присланных новым шведским королём Юханом III с объявлением разрыва договора 1567 г., но изменить антирусский характер шведской внешней политики это не помогло. Великая восточная программа ставила целью захват и включение в состав Шведского королевства не только тех земель в Прибалтике, которые были заняты Россией, но и в Карелии, и Кольского полуострова.

В марте 1570 года Иван Грозный выдал «царскую грамоту» (каперское свидетельство) датчанину Карстену Роде. В мае того же года, купив и оснастив корабли на царские деньги, Роде вышел в море и до сентября 1570 года промышлял в Балтийском море против шведских и польских купцов.

В мае 1570 года царь подписал с королём Сигизмундом перемирие сроком на три года, невзирая на огромное количество взаимных претензий. Провозглашение царём Ливонского королевства обрадовало и ливонское дворянство, получившее свободу вероисповедания и ряд других привилегий, и ливонское купечество, получившее право свободной беспошлинной торговли в России, а взамен пропускавшее в Москву иностранных купцов, художников и техников. 13 декабря 1570 года Дания и Швеция заключили мирный договор, окончивший семилетнюю войну между этими государствами.

Главным условием согласия на своё избрание польским королём царь ставил уступку Польшей Ливонии в пользу России, причём в качестве компенсации предлагал вернуть полякам «Полоцк с пригородами». Но 20 ноября 1572 Максимилиан II заключил с Грозным соглашение, согласно которому все этнические польские земли (Великая Польша, Мазовия, Куявия, Силезия) отошли к империи, а Москва получила Ливонию и Литовское княжество со всеми его владениями – то есть теперешней Белоруссией, Подляшьем, Украиной, поэтому вельможная знать поторопилась с выборами короля и избрала Генриха Валуа.

После захвата Иваном Грозным Казанского и Астраханского ханства Девлет I Гирей поклялся вернуть их. В 1563 и 1569 годах вместе с турецкими войсками он совершает два безуспешных похода на Астрахань.

Поход 1569 года был значительно серьёзней предыдущих – вместе с сухопутной турецкой армией и татарской конницей по реке Дон поднялся турецкий флот, а между Волгой и Доном турки начали строительство судоходного канала – целью их было провести турецкий флот в Каспийское море для войны против своего традиционного врага – Персии. Десятилетняя осада Астрахани без артиллерии и под осенними дождями окончилась ничем, все атаки гарнизон под командованием князя П.С.Серебряного отбил. Также неудачно закончилась и попытка прорыть канал – системы шлюзов турецкие инженеры ещё не знали. Девлет I Гирей, не довольный усилением Турции в этом регионе, также скрытно мешал походу.

После этого совершается ещё три похода в московские земли:

1570 – разорительный набег на Рязань;

1571 – поход на Москву – закончился сожжением Москвы. В результате апрельского крымско-татарского набега, согласованного с польским королём, были разорены южные русские земли, погибли десятки тысяч людей, более 150 тысяч русских уведено в рабство; за исключением каменного кремля была сожжена вся Москва. Иоанн за неделю до того, как хан перешёл Оку, из-за противоречивых данных разведки покинул войско и отправился вглубь страны собирать дополнительные силы; при известии о вторжении он переехал из Серпухова в Бронницы, оттуда – в Александровскую слободу, а из слободы – в Ростов, как то делали в подобных случаях его предшественники Дмитрий Донской и Василий I Дмитриевич. Победитель прислал к нему надменную грамоту:

Жгу и пустошу все из-за Казани и Астрахани, а всего света богатство применяю к праху, надеясь на величество Божие. Я пришёл на тебя, город твой сжёг, хотел венца твоего и головы; но ты не пришёл и против нас не стал, а ещё хвалишься, что-де я московский государь! Были бы в тебе стыд и дородство, так ты бы пришёл против нас и стоял.

Царь Иван отвечал смиренной челобитной:

Ты в грамоте пишешь о войне, и если я об этом же стану писать, то к доброму делу не придём. Если ты сердишься за отказ к Казани и Астрахани, то мы Астрахань хотим тебе уступить, только теперь скоро этому делу статься нельзя: для него должны быть у нас твои послы, а гонцами такого великого дела сделать невозможно; до тех пор ты пожаловал, дал сроки и земли нашей не воевал.

К татарским послам он вышел в сермяге, сказав им: «Видишь-де меня, в чём я? Так-де меня царь (хан) зделал! Все-де мое царство выпленил и казну пожег, дати-де мне нечево царю». Карамзин пишет, что царь передал Девлет-Гирею по его требованию некоего знатного крымского пленника, который в русском плену принял православие. Однако Девлет-Гирей не удовлетворялся Астраханью, требуя Казань и 2000 рублей, и летом следующего года нашествие повторилось.

1572 – последний большой поход крымского хана в царствование Ивана IV, закончился уничтожением крымско-турецкого войска. Для решительного разгрома русского государства двинулась 120-тысячная крымско-турецкая орда. Однако в битве при Молодях враг был уничтожен 20-тысячным русским войском под водительством воевод М.Воротынского и Д.Хворостинина – в Крым вернулось – 10 тысяч (см. Русско-крымская война 1571 – 1572). Гибель отборной турецкой армии под Астраханью в 1569 году и разгром крымской орды под Москвой в 1572 положили предел турецко-татарской колонизации в Восточной Европе.