В 1565 году Грозный объявил о введении в стране Опричнины. Страна делилась на две части: «Государеву светлость Опричнину» и земство. В Опричнину попали, в основном, северо-восточные русские земли, где было мало бояр-вотчинников. Центром Опричнины стала Александровская слобода – новая резиденция Ивана Грозного, откуда 3 января 1565 года гонцом Константином Поливановым была доставлена грамота духовенству, боярской Думе и народу об отречении царя от престола. Хотя Веселовский считает, что Грозный не заявлял о своём отказе от власти, но перспектива ухода государя и наступления «безгосударного времени», когда вельможи могут снова заставить городских торговцев и ремесленников всё делать для них даром, не могла не взволновать московских горожан. Народ и здесь не поддержал бояр.

Указ о введении Опричнины был утверждён высшими органами духовной и светской власти – Освещённым собором и Боярской Думой.

Началом образования опричного войска можно считать тот же 1565 год, Когда был сформирован отряд в 1000 человек, отобранных из «опричных уездов». Каждый опричник приносил клятву на верность царю и обязывался не общаться с земскими. В дальнейшем число «опричников достигло 6000 человек. В опричное войско включались также и отряды стрельцов с опричных территорий. С этого времени служилые люди стали делиться на две категории: дети боярские, из земщины, и дети боярские, «дворовые и городовые», то есть получавшие государево жалование непосредственно с «царского двора». Следовательно Опричным войском надо считать не только государев полк, но и служилых людей, набранных с опричных территорий и служивших под начальством опричных («дворовых») воевод и голов.

Летописец, по мнению Фроянова, возлагает вину за беды, обрушившиеся на государство, на саму «Русскую землю, погрязшую в грехах, междоусобной брани и изменах»: «И потом, по грехом Руския всея земли, восташа мятеж велик и ненависть во всех людях, и междуусобная брань и беда велика, и государя на гнев подвигли, и за великую измену царь учиниша опричнину».

Борьба за власть и богатство среди бояр сопровождались великой изменой не только царю, но и народу русскому.

Будучи опричным «игуменом», царь исполнял ряд монашеских обязанностей. Так, в полночь, все вставали на полунощницу, в четыре утра – к заутрене, в восемь начиналась обедня. Царь показывал пример богочестия: сам звонил к заутрене, пел на клиросе, усердно молился, а во время общей трапезы читал вслух Священное Писание. С помощью опричников, которые были освобождены от судебной ответственности, Иоанн IV насильственно конфисковывал боярские и княжеские вотчины, передавая их дворянам-опричникам. Самим боярам и князьям предоставлялись поместья в других областях страны, например, в Поволжье.

К посвящению в сан митрополита Филиппа, произошедшему 25 июля 1566 года, им была подготовлена и подписана грамота, согласно которой Филипп обещал «в опричнину и царский обиход не вступаться и, по поставлении, из-за опричнины… митрополии не оставлять».

В годы правления Ивана Грозного были установлены торговые отношения с Англией.

Ещё в 1553 году экспедиция английского мореплавателя Ричарда Ченслера обогнула Кольский полуостров, вошла в Белое море и бросила якорь к западе от Николо-Корельского монастыря напротив селения Нёнокса, где они установили, что эта местность является не Индией, а Московией, следующая стоянка экспедиции была около стен монастыря. Получив весть о появлении англичан в пределах своей страны, Иван IV пожелал встретиться с Ченслером, который, преодолев около 1000 км, с почестями прибыл в Москву. Вскоре после этой экспедиции в Лондоне была основана «Московская компания», получившая впоследствии монопольные торговые права от царя Ивана Грозного. Весной 1556 года в Англию было направлено первое русское посольство во главе с Осипом Непеей.

В начале сентября 1567 года Грозный вызвал к себе английского посланника Дженкинсона и через него передал королеве Елизавете I просьбу о предоставлении убежища в Англии. Это было связано с известием о заговоре в земщине, поставившим целью свергнуть его с престола в пользу Владимира Андреевича. Основой послужил донос самого Владимира Андреевича; Р.Г.Скрынников признаёт принципиально неразрешимым вопрос, действительно ли возмущённая опричниной «земщина» составила заговор, или всё сводилось к неосторожным разговорам оппозиционного толка. По этому делу последовал ряд казней, также в Коломну был сослан конюший боярин Иван Фёдоров-Челядин, крайне популярный в народе своей неподкупностью и судейской добросовестностью (незадолго перед тем он доказал свою преданность царю, выдав подосланного к нему польского агента с грамотами от короля).

С этими событиями связано публичное выступление митрополита Филиппа против царя: 22 марта 1568 г. в Успенском соборе он отказался благословить царя и потребовал отменить опричнину. В ответ опричники насмерть забили железными палками слуг митрополита, затем против митрополита был возбуждён процесс в церковном суде. Филипп был извергнут из сана и сослан в Тверской Отрочь монастырь. Однако летом того же года Челядин-Фёдоров был обвинён в том, что якобы с помощью своих слуг собирался свергнуть царя. Фёдоров и 30 человек, признанные его сообщниками, были казнены.

В 1569 г. через своего посла Томаса Рандольфа Елизавета I дала понять царю, что не собирается вмешиваться в Балтийский конфликт. В ответ царь написал ей, что её торговые представители «о наших государских головах и о чести и о прибыли земле не думают, а ищут только своих торговых прибытков», и отменил все привелегии, ранее предоставленные созданной англичанами Московской торговой компании. На следующий после этого день (5 сентября 1569 года) скончалась Мария Темрюковна – жена Ивана Грозного. В Соборном приговоре 1572 года записано, что она «вражьим злокозньством отравлена быть».

В декабре 1569 г., подозревая новгородскую знать в соучастии в «заговоре» недавно убитого по его приказу князя Владимира Андреевича Старицкого и одновременно в намерении передаться польскому королю, Иван в сопровождении большого войска опричников выступил в поход против Новгорода.

Двинулись на Новгород осенью 1569 года, опричники устроили массовые убийства и грабежи в Твери, Клину, Торжке и других встречных городах (было убито 1505 человек, в основном – сидевшие по темницам литовские и татарские пленники, а также выселенные из своих домов псковичи и новгородцы, застигнутые опричниками по дороге в Москву, для выступления против царя. В Тверском Отрочем монастыре в декабре 1569 Малюта Скуратов лично задушил Митрополита Филиппа, отказавшегося благословить поход на Новгород. В Новгороде было казнено с применением различных пыток множество горожан. Точный подсчёт жертв вёлся лишь на первых порах, когда Иван Грозный целенаправленно уничтожал местную знать и приказных, устроив суд в Рюриковском городище (было убито 211 помещиков и 137 членов их семей, 45 дьяков и приказных, столько же членов их семей). Среди убитых оказались: главные дьяки Новгорода К.Румянцев и А.Бессонов, боярин В.Д.Данилов, заведующий пушечными делами, а также виднейший боярин Ф.Сырков, принимавший ранее участие в составлении «Великих Читей-Миней» и построивший на свои средства несколько церквей. После этого царь начал объезжать новгородские монастыри, отбирая у них все богатства, а опричники осуществили общее нападение на новгородский посад (остававшийся до тех пор нетронутым), в ходе которого погибло немалое количество людей. С храма св. Софии были сняты ворота и перевезены в Александровскую слободу.

Расправившись с Новгородом, царь выступил на Псков. Его слуги убили игумена Псковско-Печёрского монастыря Корнилия, старца Вассиана Муромцева (с которым прежде переписывался А.М.Курбский причастный к заговору против царя); двух городовых приказчиков и одного подьячего.