Правление Савонарола не было долгим. 23 мая 1498 жители Флоренции сожгли оклеветанного монаха с той же фанатичной категоричностью, с какой еще недавно по его же наставлению избавлялись от материальных воплощений своих грехов. После казни живописец осознал свою вину, которую несколько лет пытался ему навязать Савонарола. Боттичелли переживал приступы безнадежности и был исполнен веры в религиозное обновление. Смерть доминиканца вызвала в душе художника сомнения и боль.

Боттичелли стал нелюдимым, постепенно терял заказы и финансовое благополучие. Слава мастера померкла.

Под впечатлением от проповедей Савонаролы Боттичелли создал два алтарных образа «Оплакивание Христа» (один — около 1495, Музей Польди Пеццоли, Милан; другой — около 1500, Старая Пинакотека, Мюнхен). Отличительной чертой этих произведений является то, что христианскую драму художник трактует как непереносимое человеческое горе. Бесконечная скорбь по невинной жертве, прошедшей крестный путь страданий и позорной казни, захватывает каждого из изображенных персонажей, тем самым объединяя их в единое патетическое целое.

После 1498 Боттичелли стал исполнять немногочисленные заказы приверженцев Савонаролы — так называемых «пьяньони» (буквально «плакса»). Так, например, для Франческо дель Пульезе он написал «Последнее причащение святого Иеронима» (около 1498, Музей Метрополитен, Нью-Йорк), а для Джакомо и Джованни ди Бернардо картину «Святой Августин» (1490–1495, Галерея Уффици, Флоренция). Подобного рода немногочисленные заказы позволяли мастеру еле-еле сводить концы с концами.

Окончательно здоровье Боттичелли было подорвано в 1502, когда по наветам недоброжелателей и завистников против живописца было назначено судебное разбирательство по обвинению в содомском грехе. Возможно, подобные толки были вызваны тем, что за всю свою жизнь художник ни с кем не связал себя узами брака.

Спустя восемь лет в возрасте шестидесяти пяти лет Сандро Боттичелли скончался. Его похоронили на кладбище при флорентийской церкви Оньисанти.

Вместе с живописцем была погребена и память о нем. Творчество Боттичелли было заново открыто только в конце XIX века.

Благовещение. 1489–1490. Дерево, темпера. Галерея Уффици, Флоренция

Лоренцо Торнабуони перед аллегорическими фигурами семи свободных искусств. Фрагмент. 1486–1490. Фреска. Лувр, Париж

Три искушения Христа. Фрагмент. 1480–1482. Фреска. Ватикан, Сикстинская капелла, Рим

Алтарь Сант-Амброджо. 1467–1470. Галерея Уффици, Флоренция

Поклонение волхвов. Около 1473. Дерево, темпера. Национальная галере, Лондон

Обнаружение обезглавленного Олоферна. 1472–1473. Дерево, темпера. Галерея Уффици, Флоренция

Святой Августин. 1480. Фреска. Церковь Оньисанти, Флоренция

Сила. 1470. Дерево, темпера. Галерея Уффици, Флоренция

Святой Себастьян. Около 1473. Дерево, темпера. Государственный музей, Берлин

Поклонение волхвов. Около 1473. Дерево, темпера. Галерея Уффици, Флоренция

Мадонна с младенцем и ангелом. 1465–1467. Дерево, темпера. Галерея Воспитательного дома, Флоренция

Возвращение Юдифи. 1472–1473. Дерево, темпера. Галерея Уффици, Флоренция

Джованна Альбицци с Венерой и грациями. Фрагмент. 1486–1490. Фреска. Лувр, Париж

Весна. 1478. Дерево, темпера. Галерея Уффици, Флоренция

Весна. Фрагмент. Три грации

Весна. Фрагмент. Флора

Мадонна Магнификат. Около 1483–1485. Дерево, темпера. Галерея Уффици, Флоренция

Мистическое Рождество. 1500. Холст, темпера. Национальная Галерея, Лондон

Оплакивание Христа. Фрагмент. Около 1495. Дерево, темпера. Музей Польди-Пеццоли, Милан

Берлинская Мадонна (Тондо Рачинского). Около 1477. Дерево, темпера. Государственный музей, Берлин

Рождение Венеры. 1484. Холст, темпера. Галерея Уффици, Флоренция

Клевета. Около 1495. Дерево, темпера. Галерея Уффици, Флоренция

Юность Моисея. 1480–1482. Фреска. Ватикан, Сикстинская капелла, Рим

Три искушения Христа. 1481–1482. Фреска. Ватикан, Сикстинская капелла, Рим

Наказание левитов. 1481–1482. Фреска. Ватикан, Сикстинская капелла, Рим

Моление о чаше. 1500. Дерево, темпера. Капелям королей, Гранада

Паллада и Кентавр. 1482. Холст, темпера. Галерея Уффици, Флоренция

Венера и Марс. 1482 1483. Дерево, темпера. Национальная галерея, Лондон

Алтарь Барди. 1485. Дерево, темпера. Государственный. Музей, Берлин

Мадонна на троне со святыми: Екатериной Александрийской, Августином, Варнавой, Иоанном Крестителем, Игнатием и Михаилом Архангелом. Около 1487. Дерево, темпера. Галерея Уффици, Флоренция

Портрет Джулиано ди Медичи. Около 1478. Дерево, темпера. Государственный музей, Берлин[5]

Портрет молодого человека. 1470. Дерево, темпера. Галерея Палатина, Флоренция

Портрет неизвестного с медалью Козимо Медичи Старшего. Около 1474. Дерево, темпера. Галерея Уффици, Флоренция

Сикст II. 1481. Фреска. Ватикан, Сикстинская капелла, Рим

Портрет молодого человека. 1482 — 1483. Дерево, темпера. Национальная галерея искусств, Вашингтон

Портрет Симонетты Веспуччи[6]. Около 1480. Дерево, темпера. Государственный музей, Берлин

Портрет Джулиано ди Медичи. 1476–1477. Дерево, темпера. Национальная галерея искусств, Вашингтон

Женский портрет. Около 1475–1480. Дерево, темпера. Галерея Палатина, Флоренция

Мадонна с гранатом. Около 1487. Дерево, темпера. Галерея Уффици, Флоренция

Мадонна Евхаристии. 1470–1472. Музей Изабеллы Стюарт Гарднер, Бостон

Оплакивание Христа. Около 1500. Дерево, темпера. Старая Пинакотека, Мюнхен

Коронование Марии[7]. 1490–1492. Дерево, темпера. Галерея Уффици, Флоренция

Мадонна с книгой[8]. Около 1479. Дерево, темпера. Музей Польди-Пеццоли, Милан

Серия картин к новеллам Боккаччо «Декамерон». «Ужин Настажио у Онести», первый эпизод[9]. 1487. Дерево, темпера. Прадо, Мадрид

Серия картин к новеллам Боккаччо «Декамерон». «Ужин Настажио у Онести», второй эпизод[10]. 1487. Дерево, темпера. Прадо, Мадрид