В 1953 г. с семьёй Эйтингона вообще перестали общаться. От нас отвернулись даже самые близкие люди. Не здоровались соседи по лестничной клетке, старые друзья.

Судоплатов писал в своей книге «Спецоперации. Лубянка и Кремль. 1930-е—1950-е»: «В 1953 г. меня и Эйтингона обвинили в том, что мы организовали ликвидацию неугодных Берии людей — с помощью ядов, на специальных конспиративных квартирах, в загородных резиденциях, и эти убийства преподносили как смерть от несчастных случаев. Абакумов также обвинялся в уничтожении неугодных ему людей. Вопреки требованиям закона, ни в обвинительном заключении, ни в приговоре по нашим делам не фигурировали имена наших жертв. Это было не случайностью или результатом небрежной работы следователей. Нет, они своё дело знали. Жертв просто не было, не существовало. В сведении личных счетов Берии и Абакумова с их противниками ни я, ни Эйтингон участия не принимали. Все тайные ликвидации двойных агентов, политических противников Сталина и Хрущёва в 1930–1950 годах осуществлялись по приказу правительства. Именно поэтому конкретная боевая операция, проводимая моими подчиненными — сотрудниками лаборатории «Икс» против врагов, действительно опасных для советского государства, как тогда представлялось, ни мне, ни Эйтингону в вину не ставили. Абакумову, лично отдававшему приказы от имени правительства о проведении операций, они также не ставились в вину. Берия же в 1945–1953 гг. не имел к этим делам никакого отношения, даже не знал о них. Вся работа лаборатории «Икс» — не только научная, была хорошо известна как тем, кто занимался расследованием дел Берии и Абакумова, так и правительству, и ЦК партии, наблюдавшим и направлявшим ход следствия по этим делам и определявшим его содержание. В обвинительном же заключении по моему делу утверждалось, что именно я наблюдал за работой сверхсекретной токсикологической лаборатории, которая экспериментировала с ядами на приговорённых к смерти заключённых в период с 1942 по 1946 гг. Это обвинение было снято при моей реабилитации, поскольку в архивах ЦК КПСС и КГБ обнаружили утверждённое правительством положение, регулировавшее всю деятельность этой лаборатории и порядок отчетности о её работе. Лаборатория «Икс» мне не была подконтрольна, и я не мог ни отдавать приказы её начальнику Майроновскому, ни использовать яды против кого-либо, тем более проводить с ними эксперименты на людях. И сейчас показаниями, выбитыми у Майроновского, якобы участника сионистского заговора в МГБ, которого никогда не существовало, пытаются спекулировать, чтобы дискредитировать и меня, и Эйтингона.»

1 сентября 1954 года

Судоплатову и Эйтингону все-таки немного повезло — они не попали в первую волну осуждённых по делу Берии. Жены этих осуждённых, в лучших традициях 30-х годов, были арестованы и сосланы вместе с детьми.

Шел второй год пребывания генерала Эйтингона в Бутырской тюрьме. За это время и в стране, и за рубежом произошли большие перемены. Осмелев, стали издавать свои мемуары «невозвращенцы» и просто предатели. Вышли в свет мемуары и Орлова-Никольского, бывшего резидента НКВД в Испании, бежавшего в Америку с кассой резидентуры. В этих мемуарах он поведал о том, что был участником передачи республиканцами Советскому Союзу золотого запаса Испании. Теперь к Эйтингону в тюрьму стали наведываться следователи, чтобы выяснить, какая судьба постигла испанское золото, найти документы, подтверждающие его передачу СССР. В правительстве рассматривался вопрос о возвращении этого золота франкистской Испании. Был и другой вопрос, интересовавший следователей, — убийство Троцкого в Мексике. Эйтингона стали вызывать на допросы регулярно. Содержание вопросов не менялось; впрочем, не менялись и его ответы.

В феврале 1955 г. он написал письмо в ЦК КПСС на имя Маленкова, Хрущёва, Ворошилова, Молотова, Булганина, Микояна и Кагановича. Обратился он к ним так: «От арестованного бывшего сотрудника МВД СССР, члена КПСС с 1919 года, генерал-майора Эйтингона». Он надеялся, что повторный арест — ошибка, что Политбюро разберется. Заместитель начальника Бутырской тюрьмы полковник Колтунов доложил о письме Хрущёву. На сопроводительном документе стоит пометка «Доложено тов. Хрущёву и тов. Суслову М.А.».

Хрущёв на трибуне. После смерти Сталина сначала заявлял, что он — «верный ученик вождя», а потом именовал его преступником

Вот это письмо.

«Глубокоуважаемые товарищи!

Прошу извинить, что мне приходится Вас беспокоить, но тяжёлое положение, в котором я сейчас нахожусь, вынуждает меня обратиться к вам с этим письмом. В конце 1951 года я был арестован МГБ СССР, и после 17-месячного пребывания в тюрьме, в марте 1953 года меня освободили и мне было заявлено, что я полностью реабилитирован и никаких претензий ко мне нет. Действительно, я вскоре был восстановлен в Партии и на работе. Секретарь райкома, вручая мне партийный билет, предупреждал, чтобы я нигде в своих анкетах о моем аресте не писал.

В середине июля 1953 года я был вызван в отдел кадров МВД СССР, где мне зачитали приказ о моём увольнении из органов, но ничего членораздельного, чем вызвано такое решение, не сказали, а отделались общей фразой, что я не подхожу для работы в МВД (это после того, как я в течение почти 34-х лет непрерывно работал в органах государственной безопасности!)

Также, из беседы с тов. Кругловым я мог заключить, что меня уволили, потому что считали, что Берия ко мне хорошо относился. По мнению тов. Круглова, это хорошее отношение выразилось в том, что за несколько недель до моего освобождения меня в тюрьме вызывал Гоглидзе, а также тем, что Берия выдал мне денежное пособие.

В августе 1954 года я был вторично арестован и вот уже полтора года нахожусь в тюрьме; следствие по моему делу ещё не закончено.

Со всей искренностью могу Вас заверить, что я ни в чём не виновен, никогда ничего плохого против Партии не делал и никакого отношения к преступлениям Берии не имею.

Всю свою сознательную жизнь я активно боролся со всякими врагами Партии и Советской власти. Я всегда — и до последнего вздоха — был предан Коммунистической Партии и останусь ей преданным вне зависимости, когда и при каких обстоятельствах мне придётся этот вздох испустить.

С Берией я впервые встретился в мае 1939 года, когда я ему докладывал о своей работе по приезде из Испании, где я пробыл более 2-х лет — вначале в качестве помощника, а потом резидентом НКВД СССР.

Спустя несколько недель после первой встречи Берия мне сообщил, что мне нужно будет выехать для выполнения очень важного правительственного задания в Мексику. Я начал подготовку к выезду, в это время Берия меня принимал довольно часто, так как шло обсуждение всяких деталей и подготавливался план. В начале августа план был утверждён в руководящей партийной инстанции, и я по иностранному паспорту выехал из СССР за границу.

Несмотря на то, что начавшаяся война в Европе затруднила возможность переброски людей и усложнила обстановку, всё же порученное мне дело я выполнил и в апреле 1941 года вернулся в Москву.

Перед самым моим отъездом в 1939 году Берия мне передал, что, если я выполню порученное мне дело, то меня никогда не забудут, что мне всегда помогут, и что мне не следует беспокоиться ни за свою семью, ни за своих ближайших родственников; причём это мне было передано не как личное обещание Берии, а от имени ЦК нашей Партии и тов. Сталина.

После моего возвращения, когда я докладывал Берии о выполнении задания, он мне сказал, что проделанной мною работой довольны, заметив при этом, что я даже сам не представляю, какое большое и полезное дело я сделал для нашей страны. Тут же Берия снова подтвердил данное мне в 1939 году от имени ЦК обещание в отношении меня лично и моих родных и близких.