Подлинный патриотизм Ф. И. Чернышева проявился в его последовательном отстаивании необходимости геологического изучения и экономического освоения природных богатств Русского Севера и Сибири. «Печальником» за нужды этих совершенно неосвоенных тогда территорий, радетелем их интересов называли его современники: «У Ф. Н. не было недостатка в планах по изучению Сибири, и он задумывался лишь над тем, откуда взять людей для той массы работы, которая имеется в этой стране. Его влекли и Верхоянские горы, и Вилюй, и Яна, и Колыма ... Не имея возможности охватить все разом, он: радовался каждому новому факту, добытому случайной поездкой на грошовые средства. Он умел отыскивать молодых геологов в самых медвежьих углах и всеми силами старался дать им возможность работать и быть полезными дорогой его сердцу геологии: он доставал им деньги, выхлопатывал разрешения на поездки, составлял маршруты, обрабатывал материалы, все время держал их в состоянии того напряженного интереса к делу, которым всю жизнь горел он сам» [20].
Ф. Н. Чернышев стремился придать делу освоения Сибири и Дальнего Востока государственный размах и научную основу. За всеми грандиозными планами он всегда видел конкретных людей, которые должны были их выполнить, и неустанно пытался пробить бреши в бюрократических заслонах и найти возможность им помочь. Это отражено, например, в официальном заключении Геологического комитета, приведенном в плане десятилетних геологоразведочных работ в Сибири: «...комитет считает своим долгом обратить внимание на служебное положение лиц, не состоящих в штате Геологического комитета и работающих в сибирских партиях. Затрачивая на эти работы лучшие годы жизни, теряя на них здоровье, лица эти в служебном отношении не имеют никаких прав и рассматриваются как работающие временно, как бы по вольному найму. Между тем, например, - профессора и ассистенты высших учебный заведений в Сибири, а также учителя и некоторые служащие в особо отдаленных районах пользуются весьма значительными преимуществами в служебных и пенсионных правах» [21].
Свидетельством высокой гражданственности Ф. Н. Чернышева явилось его участие в «Записке 342 ученых» и ответ президенту Академии наук в связи с осуждением протеста ученых против засилья полицейского режима в тогдашних высших учебных заведениях. Приведем отрывки из этого яркого документа: «Мне много приходилось работать в научных учреждениях западноевропейских и американских, и для меня не могло быть сомнения в том, почему русская наука так отстала по сравнению с теми странами, где академическая свобода составляет основу умственной жизни народа. Не отдельными представителями науки, выделяющимися даже в общем уровне западноевропейских ученых, определяются итоги научной жизни России, а общим количеством научных работ в области различных отраслей знания, и в этом отношении было бы слишком смело утверждать, что русская наука идет в уровень с западноевропейской. В стране, где устройство научных институтов зависело еще недавно всецело от усмотрения ^министра финансов, наука была терпима для декорума, но не как тот стимул, без которого немыслим умственный прогресс народа. Как пример бюрократического понимания науки в России приведу, что вопрос о создании центрального геологического учреждения чуть не был отклонен вследствие категорического заявления министра финансов, что в России нет землетрясений, а потому и нет надобности в правительственном геологическом институте.
Кто не знает, что в России нередко бросались громадные суммы на бесполезные, но бьющие в глаза затеи, в то время как наши высшие школы и научные институты лишены возможности делать самые необходимые затраты.. Это внешняя сторона дела. Но и во внутренних распорядках нашей высшей школы дело обстоит не блестяще. В записке 342 ученых было высказано, что из высших школ сделано орудие политики, и это не было фразой, а несомненной истиной. Если в циркуляре говорится противное, то это можно объяснить лишь незнанием таких, например, фактов, что во всех высших учебных заведениях постоянно есть известный контингент учащихся, состоящих агентами департамента полиции, и что провокаторство со стороны таких агентов свило себе в учебных заведениях такое же гнездо, как и среди рабочих. Напомню еще общеизвестный факт, что в наших университетах со введением устава 1884 года благоденствовали сплошь и рядом бездарные и отставшие от науки профессора и в то же время изгонялись талантливейшие люди, принужденные затем или окончательно бросить профессорскую деятельность или читать лекции на чужбине. Мне много лет уже приходится руководить занятиями молодых геологов, как еще учащихся в высших школах, так и окончивших курс, и мне до очевидности ясно, что умственные силы у нас далеко не прогрессируют за последние двадцать лет. Присматриваясь внимательно к ходу развития нашей высшей школы, я не мог не убедиться, что при современном строе единоличные силы лица, поставленного даже и во главе любой школы, ничего сделать не могут. Вот почему несколько лет тому назад я должен был отклонить сделанное мне предложение стать директором одного из старейших в Петербурге высших учебных заведений. Все, что переживает русская школа, давно пережили учебные заведения, например в Германии, и только незнакомство с историей заставляет нас поражаться неустройством наших школ, как каким-то явлением, свойственным исключительно России. В тридцатых годах прошлого столетия волнения молодежи в германских университетах были обычным явлением и сопровождались такими же тяжелыми потрясениями в академической жизни, и лишь в конце сороковых годов наступило полное успокоение, давшее также блестящие плоды в умственной жизни народа.
Не желание смутьянить и сбивать молодежь с прямого научного пути, а горячее стремление вывести наши высшие школы на путь спокойной умственной жизни заставило нас высказать те взгляды, которые нашли такое резкое осуждение в циркуляре. Десятки лет уже мечутся наши школы, и никто из ведающих эти школы не нашел лекарство против их болезни. Ведь перебрано много средств, и к чему они привели? Неужели нам можно ставить в вину, что мы высказали свои убеждения в негодности всех практиковавшихся способов врачевания и указали те условия, которые, по крайнему нашему разумению, могут внести покой в наши высшие школы и обусловить правильный ход умственного развития народа. Циркуляр ссылается на тяжкое время, переживаемое Россией, но именно это время и обязывает всех добросовестных граждан честно и открыто высказывать свои взгляды на общественные бедствия, а не умывать руки, подобно Пилату» [22]. Это письмо красноречиво характеризует высокую принципиальность и гражданственность Ф. Н. Чернышева.
Смелость гражданской позиции Ф. Н. Чернышева проявилась во многих эпизодах его деятельности как директора Геологического комитета. Известна его постоянная поддержка талантливого геолога комитета и преподавателя Горного института Л. И. Лутугина, которого царское правительство преследовало за антигосударственную деятельность. После того как в связи с распоряжением министра внутренних дел в 1907 г. Л. И. Лутугин был уволен из Геологического комитета, Ф. Н. Чернышев обходными путями все-таки сумел оставить его фактическим руководителем работ Геологического комитета в Донецком бассейне [23].
Департамент полиции возражал против участия Н. Н. Яковлева в работах по Донецкому бассейну из- за того, что он преподавал в воскресных школах для рабочих и подозревался в антиправительственной деятельности. Ф. Н. Чернышев со свойственной ему решительностью заверил Горный департамент, что он будет работать в поле без общения с рабочими на рудниках и заводах [24].
Об интересном эпизоде рассказал известный геолог- угольщик лауреат Государственной премии профессор А. А. Гапеев, который работал вместе с Л. И. Лутугиным в Донецком бассейне. Летом 1910 г. Л. И. Лутугин принял на работу коллектором участника восстания 1905 г. на флоте Е. П. Фесенко, машиниста второй статьи с минного крейсера «Гридень». Е. П. Фесенко вместе с другими участниками восстания был интернирован в Румынии, потом нелегально вернулся в Россию и жил по чужому паспорту. Осенью члены экспедиции вернулись в Петербург, и Л. И. Лутугин пытался оформить Е. П. Фесенко на камеральные работы в Геологическом комитете. Для его зачисления необходимо было согласие Ф. Н. Чернышева. Л. И. Лутугин и геологи комитета А. А. Гапеев и А. А. Снятков пошли к Ф. Н. Чернышеву и рассказали ему все о прошлом Е. П. Фесенко и о том, что он проживает под чужим паспортом. «Кто, кроме нас, знает об этом?» — спросил Ф. Н. Чернышев. «Больше никто»,— ответил Л. И. Лутугин. «Ну, хорошо, тогда можно сделать так, как просите»,— решил Ф. Н. Чернышев. Е. П. Фесенко был принят в Геологический комитет препаратором и участвовал в обработке коллекций, собранных в Донецком бассейне А. А. Борисяком.