О результатах обработки материалов, собранных в Болыпеземельской тундре.— Зап. С.-Петерб. минерал, о-ва. II сер., ч. 45, с. 7.
Новые данные по геологии Болыпеземельской тундры.— Изв. Акад. наук. VI сер., т. I, № 8, с. 205—208.
О найденном В. И. Воробьевым на Северном Кавказе верхнем триасе.— Зап. С.-Петерб. минерал, о-ва. II сер., ч. 45, с. 25-26.
Об открытии верхнего триаса на Северном Кавказе.— Изв. Акад. наук. VI сер., т. I, № 10, с. 277—280'.
Доклад о трудах X сессии Международного геологического конгресса в Мексике в 1906 г.— Изв. Акад. наук. V сер., (1906), т. XXV, № 1/2, с. IV—VI.
О результатах работ американской экспедиции в Китай 1903—1904 гг.— Зап. С.-Петерб. минерал, о-ва. II сер., ч. 45, с. 35.
Краткий очерк двадцатипятилетней деятельности Геологического комитета.—Изв. Геол. ком., т. XXVI, № 1/2, с. 1—34.
То же.— Ежегодник по геологии и минералогии России, (1907—1908), т. IX, выл. 7, с. 228—238.
Отчет о состоянии и деятельности Геологического комитета в 1906 г.—Изв. Геол. ком., т. XXVI, № 1/2, с. 35—124, 1 л. карт.
Журнал особого совещания по вопросу о производстве разведочпых работ близ урочища Чатма.— Изв. Геол. ком., т. XXVI, № 3, с. 18—27. Совместно с Н. Иосса, А. Карпинским, Λ. Ивановым.
Пересмотр дела о степени благонадежности Чатминского нефтеносного района.—Изв. Геол. ком., т. XXVI, № 3, с. 2—3.
Об организации исследований в Илецкой защите.— Изв. Геол. ком., т. XXVI, № 3, с. 32—34.
1908
О нефтеносности Ухтинского района.— Изв. Геол. ком., т. XXVII, № 8, с. 247—248.
О работах, необходимых для выяснения нефтеностисти Ухтинского района.— Изв. Геол. ком., т. XXVII, № 10, с. 261—265.
Сообщение о метеорите, упавшем в 1904 г. в Верхнеобском бору на границе Бийского и Барнаульского уездов Томской губ,—Изв. Акад. наук. VI сер., т. II, № 5, с. 406—407. Совместно с В. И. Вернадским.
Отчет о состоянии и деятельности Геологического комитета за 1907 г.—Изв. Геол. ком., т. XXVII, № 2, с. 55—177, 1 л. карт.
Отзыв особой комиссии Геологического комитета под председательством Ф. Н. Чернышева по вопросу а каптаже Нарзана.— Изв. Геол. ком., т. XXVII, N° 3, с. 27—35.
Доклад комиссии о результатах гидрогеологических исследований в ключевом районе.— Изв. Геол. ком., т. XXVII, № 7, с. 218—228. Совместно с К. И. Богдановичем.
Письмо к проф. В. П. Амалицкому по поводу коллекций, собранных им на р. Северной Двине.— Тр. С.-Петерб. о-ва естествоиспытателей, 1908—1909, т. XXXIX, вып. 1, с. 213—214. Совместно с А. П. Карпинским.
1909
Об эксплуатации минерального источника, открытого при деревне Ижевка Елабужского уезда Вятской губ.— Изв. Геол. ком, т. XXVIII, № 1, с. 40—41.
Дополнительные данные о минеральном источнике, открытом при деревне Ижевка Елабужского уезда.— Изв. Геол. ком, т. XXVIII, № 3, с. 82.
Отчет о деятельности Геологического комитета за 1908 г.— Изв. Геол. ком, т. XXVIII, № 4, с. 231—232, 1 л. карт.
План организации геологических исследований Якутской области, Чукотского полуострова и Камчатки.— Изв. Геол. ком, т. XXVIII, № 1, с. 11-18.
Об организации геологических исследований в районе угленосных отложений Забайкальской и Амурской областей.— Изв. Геол. ком, т. XXVIII, № 7, с. 132—134.
1910
Андижанское землетрясение 3/16 декабря 1902 г. СПб., 90 с., 8 рис., 6 л. табл. (Тр. Геол. ком. Н. С.; Вып. 54). Совместно с М. Бронниковым, В. Вебером, А. Фаасом.
Сообщение о разборе палеонтологической коллекции Михалкова.—Изв. Акад. наук. VI сер., т. IV, N° 4, с. 266.
Отчет о работах XI сессии Международного геологического конгресса в Стокгольме с 5/18 по 12/25 августа 1910 г.— Изв. Акад. наук. VI сер., т. IV, № 14, с. 1091—1096. Совместно с А. П. Карпинским.
Отчет о деятельности Геологического комитета за 1909 г.— Изв. Геол. ком., т. XXIX, № 2, с. 47—260, 1 л. карт.
Заключение по запросу Центральной сейсмической комиссии о наиболее целесообразном размещении 10 сейсмических станций 2-го разряда.—Изв. Геол., ком., т. XXIX, № 9, с. 231 — 234.
1911
О возможности получения хорошей питьевой воды при yглублении буровой скважины на фабрике Севрюгина близ г. Кинешмы.— Изв. Геол. ком., т. XXX, N° 1, с. 1—2.
О значении Ижевского минерального источника.— Изв. Геол. ком., т. XXX, № 2, с. 39—40.
Отчет о деятельности Геологического комитета за 1910 г.— Изв. Геол. ком., т. XXX, № 3, с. 153—325, 1 л. карт.
Проект программы исследований на северо-востоке Сибири в 1912 г.— Изв. Геол. ком., т. XXX, N° 9, с. 201—203.
О возможности получения пресной грунтовой воды в пределах земельного участка г. Ростова.— Изв. Геол. ком., т. XXX, N° 9, с. 203—211. Совместно с А. А. Краснопольским, А. Н. Огильви, Η. Ф. Погребовым.
1912
По поводу докладной записки г. Овербека о предполагаемых месторождениях алмазов в России.— Изв. Геол. ком., т. XXXI, N° 7, с. 145—146.
О возможности получения артезианской воды хорошего качества в г. Череповце.— Изв. Геол. ком., т. XXXI, N° 9, с. 219—251. Совместно с Η. Ф. Погребовым.
Отчет о командировке в Норвегию на юбилей Королевского университета Фредерика в Христиании.— Изв. Акад. наук. VI сер., т. VI, № 2, с. 101—103.
Отчет о деятельности Геологического комитета за 1911 г.— Изв. Геол. ком., т. XXXI, № 1, с. 1—196. 1 л. карт.
Об издании очерка русских каменноугольных месторождений.— Изв. Геол. ком., т. XXXI, № 2, с. 28—29.
К проектам штатов Геологического комитета и Положения о\ сем комитета.— Изв. Геол. ком., т. XXXI, N° 5, с. LVII—С.
План работ Геологического комитета на десятилетие. 1912—1922 гг.— Изв. Геол. ком , т. XXXI, № 5, с. XVIII—LVI, 2 л. карт.
1913
Отзыв относительно продолжения буровых разведочных работ по р. Ухте на средства казны.— Изв. геол. ком., т. XXXII, N° 4, с. 65—68.
Краткий очерк деятельности Геологического комитета с J9Q3 г. и задачи будущей еЩ деятельности.— В кн.: Тр. Второгд Всерос. съезда деятелей по практ. геологии и развед. делу, состоявшегося с 26 декабря 1911 г. по 4 января 1912 г. в С.-Петербурге. СПб., вып. 1, с. 1—16, 1 л. карт.
Отчет1 о деятельности Геологического" комитета за 1912 Ї.— Изв. Геол. ком., т. XXXII, № 1, с. 1—197, 1 л. карт.
Заключение Геологического комитета относительно нового плана десятилетних геологоразведочных исследований в золотоносных районах Сибири.—Изв. Геол. ком., т. XXXII, № 4, с. 104-110.
Программа топографических работ, намеченных на 1914 г.— Изв. Геол. ком., т. XXXII, № 10, с. 223—248
1914
Фауна верхнепалеозойских отложений Дарваза. Вып. 1. Пг. 66 с., 1 л. факс. 10 л. табл. (Тр. Геол. ком. Н. С.; Вып. 104).
1915
Орографический очерк Тимана. Ч. 2. Пг. 136 с., 6 геол. разрезов, 12 л. табл., геол. карты на 3 л. (Тр. Геол. ком.; Т. XII. № 1).
1916
Верхнекаменноугольная фауна с Земли Короля Оскара и Земли Гейберга.— Материалы для геологии России, т. XXVII, с. 1—105, 12 табл. Совместно с П. И. Степановым.
1917
Геологический и минералогический -музей имени Петра Великого.— В кн.: Материалы для истории академических учреждений за 1889—1914 гг. Пг., ч. 1, с. 107—132.
1925
Историческая геология: Девон / Обраб. для печати Ф. М. Коняевым, Д. В. Наливкиным. М.: Гостехиздат. 144 с., 1 л. фото, 57 рис. 1929
Историческая геология: Каменноугольная и пермская системы / Обраб. Ф. М. Коняев; Под ред. Б. К. Лихарева. М.: Гостехиздат. 191 с., 87 рис.
Литература о Ф. Н. Чернышеве
Академик Ф. Н. Чернышев: (Некролог.) — Золото и платина, 1913 (1914),. № 22, с. 574—575.
Анісімов Ю. О. Видатний російський геолог Ф. М. Чернишов (1856—1914).— Вісн. АН УРСР, 1954, № 6, с. 65—68.