Ф. Н. Чернышев не только готовил молодых геологов к профессиональной научной и практической деятельности, но и учил их ориентироваться в сложной общественной обстановке царской России, разбираться в людях среди чиновников и предпринимателей, от которых многое зависело в работе Геологического комитета. П. И. Степанов вспоминал, как в 1912 г. Ф. Н. Чернышев и Л. И. Лутугин наставляли его, совсем молодого горного инженера, направляя в качестве представителя Геологического комитета для участия в работе Ученого совета при министерстве путей сообщения в связи с проведением Северо-Донецкой железной дороги. Они дали подробные инструкции относительно поведения на совете, объяснили сложное переплетение интересов сановников и предпринимателей, кратко охарактеризовали каждого из них. Как отмечает П. И. Степанов, лишь побывав на этом совете, он впервые смог понять всю сложность отношений в петербургской чиновничьей среде и оценить их простоту, установившуюся в Геологическом комитете.
Ф. Н. Чернышеву, особенно в пору его директорства в Геологическом комитете, постоянно приходилось сталкиваться с высшими царскими чиновниками и знатью. Что собой представляли эти люди, хорошо показал в своих записях В. И. Вернадский, которому в ту пору пришлось участвовать в заседаниях Государственного Совета: «В среде белой молодежи, не видевшей старого режима, происходит его идеализация. Им кажется, что во главе власти стояли люди, морально и умственно головой выше окружающего ...
И передо мной промелькнул Государственный Совет, где я мог наблюдать отбор ,,лучших“ людей власти ... Внешность была блестящая. Чудный Мариинский дворец, чувство старых традиций во всем строе обихода, вплоть до дворецких/разносивших булочки, кофе, чай, на которые набрасывались, как звери, выборные и назначенные члены Государственного Совета. Несомненно, среди них были люди с именами и с большим внутренним содержанием, такие, как Витте, Кони, Ковалевский, Таганцев и др. Но не они задавали тон. Не было тех традиций у сановников, здесь собравшихся, какие были в такой красивой форме у дворецких, не было ни esprit du corps [* Сословное сознание, корпоративный дух (фр.).], ни блеска знания и образования, ни преданности России, ни идеи государственности. В общем — ничтожная и серая, жадная и мелкохищная толпа среди красивого декорума... Помню один разговор с Д. Д. Гриммом, когда мы возвращались из заседания Совета. Ему больше нас, обычных членов оппозиции, пришлось сталкиваться лично с членами Совета. Он был совершенно потрясен циничным нигилизмом этих людей, которые были готовы пожертвовать всем для того, чтобы „устроить“ своих детей, получить лишние деньги... Их интересы и их мысли все были направлены главным образом в эту сторону» [13]. Именно с такими сановниками пришлось иметь дело Ф. Н. Чернышеву в последнее десятилетие его жизни, отстаивая интересы Геологического комитета.
Помимо руководства геологической службой России, Ф. Н. Чернышев активно помогал многим научным и практическим начинаниям в других отраслях естествознания, живо ими интересуясь. М. А. Ракузин вспоминал, как Ф. Н. Чернышев на протяжении длительного времени помогал ему в организации работы ' в области химии нефти, вел переговоры с Товариществом братьев Нобель о том, чтобы они передали специальную лабораторию для продолжения этих исследований, помогал с публикацией результатов: «Но интерес Феодосия Николаевича в химии шел гораздо дальше: он интересовался судьбой русской химии вообще, и он не раз высказывал свои огорчения, что одно время некем было заместить свободные химические кафедры в Академии наук... По-видимому, популярность Феодосия Николаевича была очень велика в специальных химических кругах: и там ценили его замечательные организаторские даровация. Вот что я могу сообщить: недели за две до его смерти я провел у него целый вечер, причем он мне не жаловался даже на какое-либо переутомление; между прочим, он рассказал мне, что по настоянию П. И. Вальдена и Д. П. Коновалова он должен был войти в Организационный комитет IX Международного конгресса по прикладной химии, имеющего быть в С.-Петербурге в 1915 г., так как делд организации конгресса плохо подвигаются. Через несколько дней я передал директивы Феодосия Николаевича в нефтяную секцию» [14]. Д. П. Коновалов обратился к Ф. Н. Чернышеву с официальной просьбой принять участие в работе Оргкомитета Международного конгресса по прикладной химии, и Ф. Н. Чернышев, чрезвычайно занятый в то время и чувствующий сильное недомогание, дал на это свое согласие [15].
Активное участие принимал Ф. Н. Чернышев в организации Почвенного института. П. В. Отоцкий вспоминает, как близко принимал к сердцу это дело Ф. Н. Чернышев: «... месяца четыре тому назад мы делились с Ф. Н. неожиданной радостью: снова ожил проект Почвенного института, некогда умерший на его руках. Радость Ф. Н. была шумная, искренняя и трогательная: „Ужасно рад. Поздравляю. Устраивайтесь поближе к нам!“. Он снабдил нас всевозможными материалами, надавал кучу советов, как заполучить участок земли возле Комитета, и приехал к нам вместе вырабатывать проект положения и плана постройки. Здесь не было, кажется, ни одного пункта, ни одной мелочи, ускользнувшей от его внимания. Сотни его замечаний, соображений и советов принимались нами беспрекословно, потому что они были дружеские и потому что в каждом из них светились широкий ум, здоровая общественность и богатый житейский опыт» [16]. Такой энтузиазм в самых различных прогрессивных начинаниях был весьма характерен для Ф. Н. Чернышева.
Подлинная увлеченность Ф. Н. Чернышева не только научными исследованиями, но и делами организации науки была важной чертой его многогранной личности. Его сын Б. Ф. Чернышев писал в своих воспоминаниях: «В его душе была вечная коллизия между ученым, любившим науку ради науки и не имеющим достаточно времени для обработки трудов о своих экспедициях, и между кипучим деятелем, который хотел помочь по мере сил выполнению разных научных и общественных предприятий» [17]. Можно лишь пожалеть о ранней смерти этого замечательного ученого и общественного деятеля: в советское время его, несомненно, ожидало резкое расширение возможностей применить свои дарования и более эффективно послужить на пользу отечеству, горячим патриотом которого он был.
Близко к сердцу он принимал всякое преуменьшение заслуг отечественных ученых и считал своим долгом бороться против этого. Так, он одним из первых высоко оценил труды великого русского ученого М. В. Ломоносова в области геологии. В предисловии к пятому тому сочинений, который был опубликован в 1902 г., Ф. Н. Чернышев писал, что имя М. В. Ломоносова не упоминается в исторических очерках по геологии ни за границей, ни в России, хотя многие его идеи намного опередили современную ему науку. М. В. Ломоносов, отмечал Ф. Н. Чернышев, разработал отдельные геологические проблемы, в частности теорию гидрохимических процессов, . значительно детальнее и основательнее, чем это сделали позднее немецкий ученый А. Г. Вернер и англичанин Дж. Геттон, которые считаются одними из основоположников геологической науки [18].
Ф. Н. Чернышев содействовал публикации за границей трудов замечательного русского кристаллографа Е. С. Федорова, который, заботясь о приоритете русской науки в разработанной новой теории кристаллической структуры вещества, прислал в 1890 г. рефераты своих трудов в Германию в журнал известного минералога П. Грота «Zeitschrift für Krystallographie». Вскоре стало известно, что печатание рефератов будет задержано, чтобы дать возможность закончить аналогичную работу какому-то немецкому ученому. Е. С. Федоров известил об этом Ф. Н. Чернышева. Возмущенный недобросовестностью немецких ученых, Ф. Н. Чернышев написал письмо в Германию своему хорошему знакомому минералогу А. Е. Арцруни, который тогда работал в Аахене, с просьбой помочь опубликовать рефераты Е, С. Федорова. В том же году пять рефератов Е. С. Федорова были напечатаны [19].