Находясь во власти немецкой натурфилософии, Болотов впоследствии отрицательно воспринял прогрессивные идеи французских мыслителей. В его «Записках» можно неоднократно встретить неодобрительные высказывания в их адрес. Приведем одно из них: «... я нашел его [князя С. В. Гагарина] читающего французскую известного безбожника Гелфеция книгу, не только удивился, но и содрогнулся даже, узнав, что и старик сей был по примеру многих заражен до глупости вольтерианизмом и, находясь при дверях самого гроба, не переставал обожать Волтера, сего Гелфеция и других подобных им извергов и развратителей человеческого рода. Чувствительно мне сие было очень, и я искренне сожалел о его заблуждении, но рад с другой стороны был, что узнал сие благоврзменно и мог, сообразуясь с тем, располагать при разговоре с ним свои меры» [⁸ Там же. Т. 3. Стб. 927—928.]

Однако религиозность Болотова проявлялась лишь в его обыденной жизни и нравоучительных сочинениях. Здесь он, что называется, без бога ни до порога. Стоило ему перейти к естественнонаучным вопросам, как от его религиозности не оставалось и следа. В своих исследованиях по биологии и сельскому хозяйству, составлявших основное содержание всей его жизни, Болотов уже не обращается к богу и религии, а пытливо изучает природу такой, какая она есть. Задумываясь над некоторыми общими принципами познания природы, он формулирует их с материалистических позиций и, больше того, в ряде случаев стихийно становится диалектиком. Конечно, в высказываниях Болотова еще мало общего с сознательным использованием законов диалектики природы, сформулированных позднее Марксом и Энгельсом, но в них уже имеется правильный подход к пониманию природных процессов. В теоретической части трактата «Об удобрении» Болотов писал: «Натуры испытатели примечают в рассуждении всех натуральных вещей между прочим и следующие важные обстоятельства: 1) непостижимую многоразличность оных; 2) разные степени совершенства между оными, 3) сопряжение и связь между оными». И далее: «... все главные классы вещей натуральных очень тесно между собою связаны и сопряжены, ибо не только все многоразличные в них находящиеся вещи удивительным образом между собой перемешаны, но зависят почти все взаимно друг от друга» [9 Тр. ВЭО. 1770. Ч. 15. С. 5.].

Болотов в духе механистического материализма, получившего распространение в его век, неоднократно говорил об организмах как о сложных машинах, состоящих из тех же веществ, что и неживая природа. Отсюда он делал вывод, что и растения, и животные должны находиться в неизбежной зависимости от этих веществ и в состояний определенного равновесия с ними, осуществляющегося в результате круговорота: 

Для объяснения биологических явлений Болотов не прибегал ни к душе, ни к жизненной силе виталистов, что так охотно делали многие его современники.

В отличие от Канта, Болотов не признавал двойственной природы вещей. Все, что имеется в природе, существует объективно и поддается познанию. Человек многого не знает об окружающем его мире, но это незнание временное и преодолевается историей. Вот как об этом сказано у Андрея Тимофеевича: «Натура нам далеко еще не вся известна, и следы и таинства ее далеко еще не все испытаны и открыты, когда известно то, что уже и мы весьма мпого такого знаем, что ни мало не знали наши предки, то не можно ли с основанием заключить, что и мы весьма много такого еще не знаем, что узнают наши потомки, и открытие и узнаиие чего предоставлено позднейшим временам» [¹⁰ Сел. житель. 1778. Ч. 1. Л. 21. С. 15.].

В этих словах проявляется одна из важнейших черт мировоззрения Болотова, красной нитью проходящая через все его творчество. Познание в первую очередь должно основываться не на размышлениях в результате созерцания, а на действии, на опыте, на практике. Поэтому совершенно необоснованно утверждение А. А. Блока о том, что «основной чертой его [Болотова] жизни было созерцательное отношение ко всему окружающему» [¹¹ Блок А. А. Сочинения. Л., 1934. Т. И. С. 30.]. Как раз наоборот, не созерцательное, а активное отношение к природе характеризует Болотова-натуралиста. Как можно глубже познать природу, увеличить ее дары человеку, сделать их более совершенными — такую задачу преследовал наш замечательный соотечественник всю свою творческую жизнь. Материал настоящей книги полностью это подтверждает.

Из сказанного довольно четко вырисовывается философское кредо Болотова: приверженец теологии в социальных вопросах и стихийный материалист в естествознании. 

Прекрасно зная французский и немецкий языки и будучи начитанным человеком, Болотов был хорошо знаком не только с немецкой натурфилософией в ее различных идеалистических вариантах, но и с произведениями французских просветителей, или «вольнодумцев», как он их именовал. Его религиозной настроенности и твердому убеждению, что существующий монархический строй с помещичьим владением землей и крестьянами — лучшая форма организации государства, претили высказывания «вольнодумцев» о свободе и равенстве людей.

По мнению Болотова, улучшение жизни простого народа должно наступить не в результате получения им свободы, а путем развития науки и просвещения. Наука облегчит труд крестьянина, позволит увеличить производство всего необходимого для жизни человека, а просвещение улучшит нравы, в том числе и нравы помещиков, которые будут относиться к крестьянам, как отцы к детям, справедливо поощряя трудолюбивых и послушных и наказывая лентяев и бунтовщиков. Эти утопические и наивные рассуждения казались Болотову правильными, поскольку подкреплялись примером собственной жизни: он всегда хорошо относился к крестьянам, заботясь об их нуждах и наказывая только воров, пьяниц и «бунтовщиков»; в свою очередь крестьяне, сравнивая отношение к ним «своего барина» с отношением к своим крепостным других помещиков, уважали Болотова, и случаи конфликтных ситуаций в его имениях были крайне редкими.

Двойственность легко прослеживается и в нравственном облике А. Т. Болотова. На фопе природной доброты в его жизни проявлялись иногда факты довольно жесткого обращения с людьми; честность, порою доходящая до щепетильности, сопровождалась иногда поступками, с позиций нашей морали совершенно бесчестными; благожелательное отношение к людям соседствовало с откровенным эгоизмом; наряду с высокой гражданственностью Болотов мог проявить откровенную беспринципность.

Конечно, мораль Андрея Тимофеевича в какой-то степени зависела и от особенностей его характера, по в основном она определялась объективными факторами: сословным положением, устоями общественной жизни того времени и т. п. Болотов не только видел огромное социальное неравенство людей в России, но и признавал его несправедливость. По этому поводу он даже написал стихотворное сочинение, в котором выражает благодарность судьбе за то, что родился дворянином. Призпавая, что другие люди — такие же существа, как он, и, следовательно, имеют такое же право на хорошие условия жизни, Болотов указывал, однако, на существование крайней нищеты и бесправия. Впрочем, только сочувствием к обездоленным и ограничиваются его рассуждения. Ему и в голову не приходит мысль о необходимости устранить несправедливость. Общественное неравенство предопределено богом, от него же зависит судьба каждого человека: кому родиться дворянином, а кому — смердом.

Сословная принадлежность Болотова в ряде случаев мешала ему прийти к правильным выводам в его исследованиях по сельскому хозяйству. Такова, например, его серьезная ошибка в сравнительной оценке производительности вольнонаемного и крепостного труда. Ко времени царствования Екатерины II Россия уже вышла на мировой рынок. Это обстоятельство требовало значительного увеличения производства сельскохозяйственной продукции, в частности зерна, льноволокна. Передовые деятели России понимали, что низкая производительность крепостного труда не позволит решить эту задачу. Знала об этом и Екатерина. Вот почему она анонимно (но так, что догадаться об авторе анонимного послания было легко) уже в 1767 г. попросила Вольное экономическое общество объявить конкурсную задачу на тему о целесообразности введения вольнонаемного труда в сельском хозяйстве. Задача вызвала большой интерес, оживленную дискуссию. Из многочисленных ответов первую премию получило сочинение француза Де-Лабея, в котором доказывалось преимущество вольнонаемного труда. Из русских работ весьма интересной оказалась работа замечательного мыслителя, самородка из народа А. Я. Поленова. Он горячо ратовал за отмену крепостного права.