Ленинградский период (1925—1934 гг.) занимает исключительное место не только в биографии самого ученого, но и в развитии всей советской кристаллографии. Об этом ярком и незабываемом периоде, связанном с блестящим расцветом творческой деятельности Алексея Васильевича, сохранились увлекательные и ценные записи М. П. Шаскольской, Г. Б. Бокия и др. Живо написанные заметки М. П. Шаскольской дают широко развернутую, живую картину становления и бытия Кристаллографической лаборатории со всеми ее будничными и праздничными событиями. На общем фоне этих заметок четко вырисовывается образ замечательного организатора и руководителя лаборатории Алексея Васильевича Шубникова.

Из числа группировавшихся вокруг своего учителя молодых сотрудников вышли впоследствии ведущие советские кристаллографы — чл.-корр. АН СССР Г. Б. Бокий, профессора Г. Г. Леммлейн, Е. В. Цинзерлинг, М. П. Шаскольская.

23 августа 1934 г. лаборатория переехала в Москву, и началась новая эра ее существования.

В Москве под руководством А. Е. Ферсмана в специальном здании обосновался Ломоносовский институт, включавший в себя три сектора: минералогический, петрографический и геохимический. В 1934 г. в институте был организован кристаллографический сектор, возглавляемый А. В. Шубниковым. К этому времени Алексей Васильевич уже имел звание члена-корреспондента АН СССР и степень доктора геологических наук, присужденную ему в том же году по совокупности работ, без защиты диссертации.

Получив в здании Ломоносовского института в Старомонетном переулке хорошее просторное помещение и штат сотрудников, А. В. Шубников прежде всего организовал при кристаллографическом секторе специальную мастерскую для камнерезных, шлифовальных и механических работ. Очень скоро расширился и окреп сектор в целом. В нем наметились и стали развиваться несколько самостоятельных направлений: учение о симметрии (А. В. Шубников), изучение морфологии кристаллов (Г. Г. Леммлейн), рентгеноструктурный анализ кристаллов (Б. К. Бруновский), рост кристаллов (А. В. Шубников, Б. В. Витовский, Г. Ф. Добржанский), механическое двойникование кварца (Е. В. Цинзерлинг), структура реальных кристаллов (М. П. Шаскольская), выращивание кристаллов сахарозы исегнетовой соли, позднее синтез кварца (Н. Н. Шефталь), изготовление пьезокварцевых изделий (К. А. Драгунов), практическая кристаллооптика (А. Б. Гильварг), выращивание кристаллов искусственного корунда (С. К. Попов).

В работе кристаллографического сектора принял участие 3. Г. Пинскер, работавший одновременно в Биогеохимической лаборатории Академии наук. Он занимался проектированием и конструированием электронографа собственной оригинальной конструкции и в Кристаллографической лаборатории (позднее в Институте) возглавил новое направление: электронографический структурный анализ кристаллов. Один из его учеников Б. К. Вайнштейн, успешно работавший вначале в той же области, впоследствии стал членом-корреспондентом, а затем и академиком. Ныне он возглавляет Институт кристаллографии АН СССР имени А. В. Шубникова.

В 1937 г. в кристаллографический сектор Ломоносовского института был приглашен Н. В. Белов (впоследствии академик, Герой Социалистического Труда и лауреат Ленинской премии), работавший еще в Ленинграде у А. Е. Ферсмана над изучением структур кристаллов. Придя в кристаллографический сектор, Н. В. Белов быстро освоил технику рентгеноструктурного анализа кристаллов. Первыми учениками Н. В. Белова были В. П. Бутузов, Л. М. Беляев и Е. Н. Белова.

В 1938 г. после вынесения соответствующего решения комиссией под председательством акад. И. М. Губкина Президиум АН СССР принял постановление выделить кристаллографический сектор из Ломоносовского института и создать на его основе самостоятельную Кристаллографическую лабораторию на правах института, подчиненную непосредственно Отделению геолого-географических наук. А. В. Шубников тем же постановлением был назначен заведующим этой лаборатории. Следует особенно подчеркнуть, что все научные направления, начатые А. В. Шубниковым в Ленинграде, имели свое дальнейшее успешное развитие в Москве.

После переезда лаборатории .в Москву направление прикладной кристаллографии (изготовление пьезокварцевых пластинок) стало быстро развиваться. Под руководством А. В. Шубникова в 1937 г. была организована новая лаборатория Треста № 13, где широко развернулись различные работы по выращиванию и обработке кристаллов сегнетовой соли, кварца и синтетического корунда. С начала Великой Отечественной войны на основе этой лаборатории возник и успешно работал завод, где главным инженером был один из талантливейших учеников А. В. Шубникова А. С. Шеин. Результаты работ, выполнявшихся на этом заводе, послужили основой для создания целого ряда научно-исследовательских организаций и специальных заводов, действующих и поныне (см. гл. 12).

Работы по выращиванию кристаллов искусственного корунда проводились в течение нескольких лет под непосредственным руководством одного из учеников А. В. Шубникова С. К. Попова и привели к созданию цеха производства кристаллов искусственного корунда и к развитию промышленности часовых камней и нитеводителей. За работы по выращиванию кристаллов искусственного корунда А. В. Шубникову, В. П. Бутузову и С. К. Попову в 1950 г. была присуждена Государственная премия.

По примеру «Фабрики кристаллов» в Ленинградском физико-техническом институте в Москве таким же статическим методом и примерно на такой же аппаратуре сотрудник Кварцевой лаборатории Н. Н. Шефталь — первый московский кристаллограф, ставший учеником Алексея Васильевича, освоил выращивание сначала кристаллов сахарозы, а затем сегнетовой соли. Одновременно выращиванием кристаллов сегнетовой соли динамическим методом занимались Б. В. Витовский и Г. Ф. Добржанский.

Великая Отечественная война потребовала перестройки всего народного хозяйства для нужд фронта. Перестроилась и Академия наук. На базе Кристаллографической лаборатории за три ' месяца в Москве был построен специальный завод по производству аппаратуры с использованием кристаллов сегнетовой соли, для организации работ на котором был командирован Н. Н. Шефталь. Остальная часть лаборатории переключилась на выпуск пьезокварцевых изделий для армии, в связи с чем были организованы производственные мастерские.

Большинство академических учреждений во время войны было эвакуировано, но Кристаллографическая лаборатория осталась в Москве и продолжала работать в условиях частых бомбежек и близости фронта. А. В. Шубников уделял много внимания организации производства, обучению вновь принятых сотрудников, не прекращая также своих научных исследований. Именно в это время осуществлялась разработка технологии разделки кварца, так называемого косого среза, позволяющего использовать кварцевые кристаллы мелких размеров. Одновременно он проводил исследования пьезоэлектрических текстур.

В октябре — ноябре 1941 г. по распоряжению Советского правительства лаборатория была эвакуирована из Москвы в Свердловскую область, где через два месяца уже выпускала пьезокварцевые изделия. Здесь А. В. Шубников создал специальную кварцевую лабораторию, выполнявшую работы, связанные с обороной, и в то же время продолжал исследование по пьезоэлектрическим текстурам, по внутренней морфологии и структуре кристаллов. Результатом этой научной работы А. В. Шубникова явилась книга [149], обобщавшая экспериментальные работы, выполненные в 1940—1941 гг. в Москве и Свердловске. Эта книга была удостоена Государственной премии.

Научная биография А. В. Шубникова весьма многообразна. Об этом свидетельствует библиография его работ, насчитывающая 350 названий. Содержанию и оценке этих работ посвящено много статей, а признанием его заслуг является высокое звание Героя Социалистического Труда и дважды лауреата Государственной премии СССР. Его имя присуждено Ордена Трудового Красного Знамени Институту кристаллографии АН СССР.