Навсегда запомнились начинавшему кристаллографу предельная простота и ясность в изложении профессором труднейших кристаллографических вопросов. Блестящие популярные книги Вульфа «Жизнь кристаллов» и др. он считал примерами того, как надо писать для широких читательских кругов.

Прослушав на первом курсе университета лекции Ю. В. Вульфа, Шубников предложил профессору свои услуги в качестве «помощника на все руки». Вульф принял его и сразу же поручил студенту вырастить кристаллы бихромата калия с помощью уже упомянутого выше только что сконструированного вращающегося кристаллизатора. С большим интересом взялся Шубников за эту работу. Вырастив кристаллы, он пришел к выводу, что, вопреки данным Грота, кристаллы бихромата калия, судя по их морфологии, не имеют центра симметрии. Спор между кристаллографами по этому вопросу продолжался не один десяток лет. Лишь значительно позднее правота А. В. Шубникова в этом вопросе была полностью доказана.

Первая научная работа А. В. Шубникова по кристаллографии «О симметрии кристаллов бихромата калия» [10] была опубликована в 1911 г. В том же году вместе с другими прогрессивно настроенными профессорами Московского университета Ю. В. Вульф в знак протеста против жестокого приказа министра Кассо покинул университет и перешел на работу в Народный университет имени А. Л. Шанявского. В этом университете в течение двух лет проработал и А. В. Шубников, сначала в качестве внештатного помощника Ю. В. Вульфа, а с 1913 г. уже в качестве ассистента, официально избранного на эту должность.

29 мая 1912 г. А. В. Шубников окончил Московский университет по физико-математическому факультету и 30 мая 1913 г. получил диплом, в котором по всем предметам была одна отметка «весьма удовлетворительно».

Ко времени окончания университета интересы молодого Шубникова полностью определились. Он твердо решил всецело посвятить себя кристаллографии — науке, которой он отдал всю свою творческую жизнь.

По окончании университета А. В. Шубников должен был проходить обязательную воинскую службу в качестве вольноопределяющегося первого разряда. Чтобы не прерывать работу в лаборатории Ю. В. Вульфа и продолжать давать уроки для заработка, он сделал все необходимое для зачисления его в Третий Перновский гренадерский московский полк.

Надолго запомнилась А. В. Шубникову военная муштра, с которой ему пришлось столкнуться в этом полку. Шагистику, гимнастику, ружейные приемы, изучение\ винтовки и военного устава вольноопределяющиеся первого разряда проходили Цод руководством вольноопределяющихся второго разряда, имевших среднее или незаконченное среднее образование и служивших в армии в течение двух лет. Как правило, такие «начальники» стремились показать свою власть над новичками, носящими университетские значки.

Однажды при очередном занятии «начальник» заставлял Шубникова бесконечное число раз повторять один и тот же ружейный прием. Он командовал: «На плечо» и тут же: «Отставить», снова: «На плечо», опять: «Отставить» и т. д. Доведенный до бешенства умышленными придирками ученик вместо приема «На плечо» сделал выпад штыком прямо по направлению к животу «учителя». Тот остолбенел, но, очевидно, понял, что перегнул палку, и оставил ученика в покое, не передав дело в военный суд, как следовало по закону.

Однако служба в армии имела и положительную сторону. Шубников оценил ясность, четкость и непреложность ряда пунктов воинского устава, определявшего каждый шаг жизни командиров и солдат. Особенно нравилось ему правило, по которому в случае гибели, ранения или отсутствия командира какого-либо подразделения им начинает командовать оставшийся невредимым старший по званию. Это правило он часто цитировал и старался применять в своей дальнейшей «штатской» жизни. С этих времен сохранилось, например, одно из любимых правил А. В. Шубникова: «стрельба состоится при всякой погоде», что значило: «задуманное должно быть осуществлено при всех условиях, не может быть ни отложено, ни отменено». Этим правилом он руководствовался прежде всего сам. Он никогда не опаздывал, никогда не откладывал намеченного дела, требовал такой же пунктуальности от своих сотрудников и от членов своей семьи, сам подавая всем пример.

К концу 1913 г. А. В. Шубников сдал все военные экзамены и получил чин прапорщика запаса. Пройдя весной 1914 г. военный сбор, он мечтает вернуться к научной работе. Однако лето 1914 г. застало его уже в действующей армии. В первые дни войны с Германией он был мобилизован и направлен в пограничный город Вержболово.

В опубликованных воспоминаниях А. В. Шубникова о военной службе нет описания геройских подвигов, да он их и не совершал. Ясно одно: свой воинский долг он выполнял неуклонно и добросовестно.

В одном из боев с немцами прапорщик Шубников был тяжело ранен пулею в живот. Он упал и остался лежать на «ничьей» земле, где начиналось наступление немецкой пехоты. Наши солдаты не оставили его в беде, подняли, понесли на руках и при первой возможности попытались перевязать его бинтом из индивидуального пакета. Тут выяснилось, что сапоги и брюки раненого полны крови, а ноги не двигаются. Раздетого и кое-как перевязанного солдаты потащили его дальше, положив на шинель, и сдали в ближайший полевой госпиталь. Там ему была сделана первая настоящая перевязка.

После долгих мытарств ослабевшего от потери крови раненого доставили на носилках в другой полевой госпиталь, где его впервые осмотрел врач. В этом госпитале, лежа с закрытыми глазами, раненый услышал от врача свой смертный приговор, произнесенный по-латыни. «Вот, — сказал врач, — ты лежишь здесь и даже улыбаешься, а не знаешь, что дни твои сочтены». Несмотря на такой приговор, раненого все же погрузили в санитарный поезд и отправили в Варшаву, в госпиталь. Проснувшись на следующее утро на верхней полке вагона, раненый увидел в окно «розовый мир». Это восходящее солнце окрасило в розовый цвет выпавший ночью первый снег. «Тут я почувствовал, — писал в своих воспоминаниях А. В. Шубников, — что буду жить» [350, с. 26].

В варшавском госпитале рану «заштопали», и она более или менее затянулась. Врачебная комиссия предоставила прапорщику Шубникову двухнедельный отпуск для поездки домой. Тут выяснилось, что в отпуск ему ехать не в чем: брюки и сапоги остались на поле боя, госпиталь обмундирования не выдавал, а купить новое было не на что, так как аттестат на деньги затерялся. Тогда сосед по палате толстый полковник отдал прапорщику свои брюки. В этих необъятной ширины брюках, в чужих сапогах и с забинтованной из-за нарыва головой Алексей Васильевич предстал в Москве перед своей матерью, которая, увидев его в дверях в таком виде, едва не упала в обморок.

Вскоре подошел срок возвращаться в действующую армию, в свою прежнюю часть, которая в это время стояла в деревне на отдыхе, ютясь в грязных, холодных, наполненных насекомыми избах. В этой обстановке наспех залеченная рана очень скоро снова открылась,и Шубников снова попал в варшавский госпиталь, где врачебная комиссия признала его на этот раз негодным к строевой службе.

Чем только ни занимался А. В. Шубников на нестроевой военной службе: и наблюдением за военнопленными, и закупкой и доставкой коров для снабжения армии. Под конец он попал на сенопрессовалку. Однако «работать» на ней он категорически отказался, так как и сенопрессовалка и само сено существовали только на бумаге. Тогда Главное артиллерийское управление направило его в качестве войскового химика на частный химический завод «Любимов и Сольве», находившийся в Екатеринославской губернии. На этом заводе, производившем во время войны мелинит, А. В. Шубников проработал около трех лет в качестве приемщика готовой продукции. Там же в специальной заводской школе он преподавал физику и химию и принимал самое деятельное участие в «добровольном обществе» по организации средней школы для детей рабочих и служащих завода.