В апреле-мае 1953 г. Президиум Совета Министров, во главе которого встал Маленков, был вынужден вплотную заняться кризисом сталинской политики в Восточной Германии. Военные приготовления и слухи вызвали массовое бегство немцев – молодежи и специалистов – в Западную Германию. На предприятиях и в сельской местности усиливалось недовольство непосильными темпами работ, снижением расценок и зарплат, «раскулачиванием» крестьян. Молотов и большинство членов Президиума решили отказаться от «ускоренного» темпа строительства «социализма» в Восточной Германии, но считали, что нужно сохранить ГДР – передовую базу советского присутствия в Центральной Европе.

В марте-июне 1953 г. Берия был самым активным членом нового руководства. Он стремился к верховной власти, но понимал, что после всех тех преступлений, которые он сотворил при Сталине, его шансы невелики – соратники его боятся, народ ненавидит, зарубежные политики смотрят как на кровавое чудовище. После смерти вождя крайним ответчиком за преступления сталинского режима становился он. Желая себя обелить и получить поддержку и в мировом общественном мнении, и среди руководства компартии, и в русском народе, Берия, будучи человеком вовсе неглупым, продумал целый ряд шагов. По некоторым серьезным свидетельствам, он советовал пойти на объединение Германии, – «пожертвовать» ГДР ради окончания холодной войны. Он же стремился как можно быстрее прекратить войну в Корее.

Внутри страны его самой заметной инициативой была реформа госбезопасности и прекращение «дела врачей». 16 марта Берия арестовал главного следователя по делу врачей Рюмина и освободил арестованных врачей. В записке Президиуму Берия, пользуясь тем, что с 1946 г. он формально не возглавлял МВД и МГБ, сообщал о невиновности врачей и о том, что убийство Михоэлса – дело рук органов безопасности. 3 апреля Президиум ЦК КПСС признал, что дело врачей сфабриковано, и возложил ответственность за это на бывшего министра МГБ С. Д. Игнатова. 4 апреля Берия подписал приказ по министерству, в котором осудил то, что сам и его предшественники применяли многие годы. Приказ запрещал «изуверские методы допроса – грубейшие извращения советских законов». Берия приказал уничтожить орудия пыток в тюрьмах МГБ. А еще за несколько месяцев до приказа он сам с удовольствием принимал участие в пытках заключенных, особенно женщин, в подмосковной тюрьме в Суханово, где у Лаврентия Павловича были специальные покои.

6 апреля советские люди узнали из печати о том, что «дело врачей» было сфабриковано. Говорилось также о том, что «был оклеветан честный общественный деятель, народный артист СССР Михоэлс». Эффект этого сообщения для миллионов людей был сравним разве что со смертью Сталина. Евреи, ожидавшие депортации, вздохнули с облегчением. Посвященные благодарили «Лаврентия Павловича». Антисемиты прикусили язык. Для многих людей «дело врачей» стало сильнейшим ударом по их слепой вере в Сталина и началом долгого процесса нравственного выздоровления и духовного прозрения.

По инициативе Берии были освобождены и реабилитированы многие военные и политические деятели, начиная от жены Молотова и до осужденных по «делу авиаторов» и «мингрельскому делу». Он же был инициатором указа Президиума Верховного Совета «Об амнистии» от 27 марта. Этот указ освободил около миллиона человек, более трети узников ГУЛАГа. Освобождались только те, кто имел срок заключения до 5 лет, а также несовершеннолетние, женщины с детьми и беременные. Амнистия не распространялась на политических заключенных, осужденных по статье 58 за «антисоветскую деятельность».

Берия преложил прекратить сталинские «стратегические» стройки, такие как железные дороги Салехард – Игарка, Красноярск – Енисейск, Байкало-Амурская магистраль, тоннель под дном Татарского пролива к острову Сахалин, военно-морскую базу и кораблестроительный завод для строительства линкоров и авианосцев максимального тоннажа в Советской (Императорской) гавани тихоокеанского Приморья и многие другие. Все это были «проекты» ГУЛАГа, строившиеся трудом заключенных. Другие, менее дорогостоящие и более необходимые стройки Берия передал из ГУЛАГа в гражданскую экономику. На осень 1953 г. Берия наметил освобождение 1,7 миллиона спецпоселенцев, включая немцев, бывших кулаков и членов семей «врагов народа». Остальных спецпоселенцев планировалось освободить в течение последующих одного-двух лет.

Несомненно, именно Берия сделал первые шаги к слому сталинского механизма террора и демонтажу системы рабского лагерного труда. Историки до сих пор спорят, почему такой страшный и беспощадный человек оказался в роли реформатора? С точки зрения историка Р. Г. Пихоя, «моральные принципы Берии были не выше и не ниже, чем у его товарищей по партийному руководству» (Р. Г. Пихоя. Советский Союз. История власти. С. 108). Но из сталинского окружения только Берия своими руками убивал, пытал и насиловал, предпочитая (как рассказывал позднее Булганин Галине Вишневской) несовершеннолетних девочек. Берия поддерживал до поры до времени Маленкова в роли главы государства, чтобы впоследствии самому стать новым «вождем народов». Чувствуя, что его страшная репутация ему мешает, Берия стремился реабилитировать себя благими делами и дистанцироваться от почившего Сталина.

Слишком многие, однако, боялись и ненавидели «маршала с Лубянки». Среди них были партийные секретари и военные, настрадавшиеся от репрессий и слежки «особистов». Неистовая энергия, которую проявил Берия после смерти Сталина, испугала его коллег в правящей верхушке. Хрущёв, Маленков и Молотов видели, что Берия вторгается во всё, пытается стравить их друг с другом. В июне 1953 г. Берия подготовил записку о замене русских чиновников в Латвии, Белоруссии, Украине и других республиках местными кадрами. Для Хрущёва это стало последней каплей. Украина была его вотчиной, и он решил, что Берия ведет под него подкоп. Хрущёв обратился к Молотову, а затем и к Маленкову, и сумел, избегнув вездесущих ушей госбезопасности, договориться об устранении Берии. В заговор вовлекли маршала Георгия Жукова и командующего Московским военным округом генерала Константина Москаленко, Лазаря Кагановича, Николая Булганина. Заговор завершился полным успехом 26 июня 1953 г. На экстренном заседании в Кремле Берия был арестован Жуковым и армейскими генералами и заключен в тюрьму Московского военного округа.