Конституция не понравилась России, расценившей ее как опасный прецедент, могущий привести к возрождению Речи Посполитой в границах 1772 года. Она также возбудила большое недовольство среди магнатов и шляхты Речи Посполитой, которые собрались в Тарговице (ныне Украина), объявили конституцию незаконной и образовали конфедерацию для борьбы с королем Станиславом Понятовским, который в свою очередь признал их бунтовщиками. Заручившись поддержкой Австрии, конфедераты выступили против польской «патриотической» партии и ее детища — конституции. Россия, завершив войну с турками, тоже приняла тарговицких конфедератов под свое покровительство. Екатерина II велела генералу М.В. Каховскому вступить в Польшу, а генералу М.Н. Кречетникову — в ВКЛ. Началась ожесточенная борьба приверженцев новой конституции против конфедератов и русских войск. Вскоре армия сейма ВКЛ была разгромлена, а польская армия под командой Иосифа Понятовского, Костюшко и Зайончека потерпела тяжелое поражение под Полоном, Зеленцами и Дубенкой. Преданные своими прусскими союзниками, сторонники польско-литовской конституции покинули страну, а Станислав Понятовский вынужден был подчиниться требованиям конфедератов и заключить с ними перемирие. 23 января 1793 года Пруссия и Россия подписали конвенцию о втором разделе Польши. В Гродно был созван сейм, который провозгласил восстановление прежней конституции. В Варшаве и ряде других городов появились русские гарнизоны, а польская армия была переформирована по русскому образцу, причем многие ее части распускались. По второму разделу Речи Посполитой Россия получила белорусские земли до линии Динабург — Пинск — Збруч, восточную часть Полесья, а также украинские Подолье и Волынь. Под власть Пруссии перешли территории, населенные этническими поляками: Данциг, Торн, Великая Польша, Куявия и Мазовия, за исключением Мазовецкого воеводства.

Патриоты Речи Посполитой не смирились с этим, втайне составляли заговоры, надеясь на помощь Франции, где уже вовсю полыхала буржуазная революция. Движение за возрождение страны возглавил Тадеуш Костюшко, ранее заявивший о себе как храбрый и распорядительный воин. Генерал Мадалинский отказался подчиниться решению Гродненского сейма о роспуске своей конной бригады, дислоцированной в Пултуске, и 12 марта 1794 года врасплох напал на русский полк, овладев его казной. После этого разогнал прусский эскадрон в Шренске и направился к Кракову. Костюшко поспешил туда же. 16 марта 1794 года в Кракове был обнародован Акт восстания, провозглашавший Костюшко верховным главнокомандующим национальными вооруженными силами и предоставлявший ему всю полноту власти в стране. Население стало вооружаться, а царский посол и командующий русскими войсками в Варшаве генерал Игельстром отправил против Мадалинского отряды Денисова и Тормасова. Одновременно в Польшу вступили прусские войска. Однако 4 апреля отряды Денисова и Тормасова были разбиты под Рацлавицами. Весть об этой победе воодушевила патриотов Речи Посполитой. Варшава восстала. Во время восстания часть русского гарнизона в городе была истреблена, а уцелевшие солдаты и офицеры вместе с генералом Игельстромом сумели пробраться в Лович. Следом восстала и Вильня, откуда тоже успела спастись лишь часть русского гарнизона, захваченного врасплох. А за столицами заполыхала вся остальная страна.

Костюшко, получивший титул генералиссимуса, объявил всеобщее вооружение. Численность его войск быстро достигла 70 тысяч человек, но значительнейшая их часть за недостатком огнестрельного оружия была вооружена лишь пиками и косами.

Бой под Рацлавицами.

Казнь изменников в Варшаве.

Главный корпус восставших поляков и литвинов (23 тысячи человек) под личным начальством Костюшко встал на дороге в Варшаву, другие отряды у Люблина, Гродно, Вильни и Равы, а общий резерв (7 тыс. человек) — у Кракова. С русской стороны против Костюшко действовали отряды, расположенные около Радома, Ловича и Равы. Три других отряда частью уже вступили, а частью готовились вступить в Литву. Генерал Салтыков (30 тыс. человек) прикрывал недавно аннексированные у Речи Посполитой области. От границ Турции приближался корпус Александра Суворова. На галицкой границе собирался 20-тысячный австрийский корпус. 54-тысячная прусская армия под личным начальством короля вступила в Польское королевство, тогда как другие прусские отряды (11 тыс. человек) прикрывали собственную территорию.

Стоявший около Радома отряд Денисова соединился с пруссаками, а затем вместе с ними у Щекоцина нанес поражение Костюшко, вынудив его отступить к Варшаве. Почти одновременно Краков сдался прусскому генералу Эльснеру, а прусский король Фридрих Вильгельм приступил к осаде Варшавы, но вел ее нерешительно. Немного спустя, получив сообщение о восстании в Великой Польше, он и вовсе снял осаду города. Между тем русский отряд Дерфельдена, наступавший от реки Припять, разбил корпус Зайончека, занял Люблин и достиг Пулав, а князь Репнин, назначенный командующим войск в Литве, подошел к Вильне. Костюшко медленно следовал за отступавшим прусским королем, а к Нижней Висле он направил отряды Мадалинского и Домбровского, которые сумели овладеть Бромбергом. Австрийские войска заняли Краков, Сандомир и Хелм, но этим и ограничились, так как хотели лишь обеспечить за собою участие в новом разделе Польши. В Литве князь Репнин, ожидая прибытия Суворова, ничего решительного не предпринимал. 12-тысячный польский корпус вошел в Курляндию и достиг Либавы. Огинский довольно удачно вел партизанскую войну, а Грабовский и Ясинский занимали Вильню и Гродно.

Но неспособность главного польского вождя в Литве Виельгорского помешала восставшим достигнуть там больших успехов. Вскоре русские войска со второй попытки штурмом овладели Вильней, а 1 августа разбили отряд Хлевинского, назначенного на место Виельгорского. Прибывший в Гродно новый польский главнокомандующий Мокроновский не смог выправить дело. К тому же граф Браницкий образовал контрконфедерацию в пользу России. В середине октября русские войска заняли Поланген и Либаву. Месяцем раньше на главный театр войны с 10-тысячным корпусом прибыл Суворов. 4 сентября он взял Кобрин, а 8 сентября под Брест-Литовском разбил войска Сераковского, в совершенном беспорядке отступившие к Варшаве.

28 сентября произошло сражение при Мацеевицах, в котором главные силы поляков были разбиты генералом Ферзеном, а сам Костюшко попал в плен. Несмотря на панику, произведенную этим известием, население Варшавы потребовало продолжения войны. Вновь избранный главнокомандующий Вавржецкий отдал приказ всем польским отрядам спешить для обороны столицы, что те и исполнили.

Пленение Тадеуша Костюшко.

Между тем Суворов соединился с войсками Ферзена и Дерфельдена, а 23 октября 1794 года оказался под Прагой (предместье Варшавы), которая была взята штурмом на следующий день. Стало очевидным, что дальнейшую борьбу поляки вести не в состоянии: Варшаве грозила бомбардировка и горожане потребовали от повстанцев сдачи столицы. 25 октября Варшава капитулировала. Часть уцелевших повстанческих войск и ревностнейшие патриоты присоединились к отрядам, действовавшим против пруссаков, но и в Познани мятеж вскоре был подавлен. Другая часть остатков польской армии хотела пробраться в Галицию, но у Опочни ее настигли и рассеяли кавалеристы Денисова и прусского генерала Клейста. Только единицам из них, включая генерала Мадалинского, удалось пробраться за австрийскую границу.

Поражение восстания Костюшко (1794) против разделов страны послужило поводом для окончательной ликвидации польско-литовского государства. 24 октября 1795 года Россия, Австрия и Пруссия окончательно определили свои новые границы. В результате третьего раздела Речи Посполитой Россия получила литовские, белорусские и украинские земли к востоку от Буга и линии Немиров — Гродно общей площадью 120 тысяч кв. км и населением в 1,2 миллиона человек. Пруссия приобрела территории, населенные этническими поляками, к западу от рек Пилицы, Вислы, Буга и Немана вместе с Варшавой (получившие название Южной Пруссии), а также земли в Западной Литве общей площадью 55 тысяч кв. км и населением в 1 миллион человек. Под власть Австрии перешли Краков и часть Малой Польши между Пилицей, Вислой и Бугом, часть Подляшья и Мазовии общей площадью 47 тысяч кв. км и населением в 1,2 миллиона человек. Станислав Август Понятовский под конвоем 120 русских драгун прибыл в Гродно под опеку и надзор российского наместника, где 25 ноября 1795 года подписал акт отречения от престола Речи Посполитой. Последние годы жизни он провел в Петербурге, где внезапно скончался 12 февраля 1798 года в своей резиденции в Мраморном дворце. Станислава Августа Понятовского похоронили в Санкт-Петербургском храме Святой Екатерины Александрийской.