| Учреждение | Дислокация | Основная деятельность учреждения |
| НИИ | наименование, в скобках - № в/ч |
| 1-й | Центральный НИИ военного кораблестроения (27177) | Ленинград | Исследование и проектирование морских и речных судов военного назначения |
| 2-й | Центральный ордена Октябрьской Революции Краснознамённый НИИ ПВО (03444) | Калинин | Проектирование систем ПВО |
| 3-й | Центральный ордена Трудового Красного Знамени НИИ ГРАУ (42261) | Москва | Разработка систем артиллерийского, ракетного и зенитно-ракетного вооружения и других систем оружия Сухопутных войск |
| 4-й | Центральный ордена Октябрьской Революции и Трудового Красного Знамени НИИ РВСН (25840) | Юбиленый | Проектирование ракетных систем |
| 5-й | Центральный НИИ РЭБ (33872) | Воронеж | Вопросы зашиты информации и противодействия технической разведке, РЭБ |
| 6-й | Центральный НИИ военно-технической информации ГРУ (54726) | Москва | Вопросы организации войсковой разведки, информация о вооружении и военной технике армий зарубежных стран |
| 7-й | Государственный НИИИ авиационной и космической медицины (64688) | Москва | Военно-медицинские исследования |
| 8-й | Государственный ордена Ленина Краснознамённый НИИИ ВВС (15650) | Ахтубинск | Испытания новых образцов авиационной техники и вооружения, а также исследование по расширению боевых возможностей серийной авиационной техники и продлению её ресурса |
| 9-й | Государственнй научно-исследовательский навигационно-гидрографический институт (62728) | Ленинград | Обоснование и разработка технической политики в области навигации, гидрографии, морской картографии, океанографического обеспечения обороны и экономики страны |
| 12-й | Центральный Краснознамённый НИИ (51105) | Сергиев Посад | Физико-технические исследования |
| 13-й | Государственный ордена Трудового Красного Знамени НИИ эксплуатации и ремонта авиационной техники (75360) | Люберцы | Исследование и оценка надежности и эксплуатационных характеристик авиационной техники и вооружения |
| 14-й | Центральный НИИ связи ВМФ (99727) | Ленинград | Системы связи ВМФ |
| 15-й | Центральный ордена Трудового Красного Знамени НИИ инженерных войск им. Д.М. Карбышева (12093) | Нахабино-2 | Разработка противопехотных мин и устройств по их установке и средств разминирования для инженерных войск |
| 16-й | Центральный ордена Красной Звезды НИИИ связи (25871) | Мытищи | Головной институт Министерства обороны по системам, видам и средствам связи |
| 18-й | Центральный ордена Трудового Красного Знамени НИИ ГРУ Генштаба ВС РФ (11135) | Москва | Радиоразведка. Связь (в т.ч. дальняя и спутниковая) и её кодирование |
| 20-й | Центральный НИИ ВВС | Москва | Инженерно-геологические изыскания, проектирование строительства аэродромов |
| 21-й | Центральный ордена Красной Звезды НИИИ автомобильной техники (63539) | Бронницы | Разработка и усовершенствование автомобильной техники |
| 22-й | Центральный ордена Красной Звезды НИИИ радиоэлектронной аппаратуры (67947) | Мытищи | Разработка и усовершенствование радиоэлектронной аппаратуры |
| 24-й | Центральный НИИ АСУ ВМФ (30895) | Петродворец | Разработка сбалансированности вооружения ВМФ и целесообразного распределения ресурсов на создание вооружения различного назначения |
| 25-й | Центральный НИИ горючего (74242) | Москва | Исследование и разработка рекомендаций по применению топлив, масел и специальных жидкостей |
| 26-й | Центральный НИИ строительства (44526) | Балашиха | Разработка и проектирование объектов строительства |
| 27-й | Центральный НИИ (01168) | Москва | Информационные системы и технологии |
| 28-й | НИИ вооружения ВМФ | Ленинград | Разработка и исследование систем вооружения ВМФ |
| 29-й | Центральный ордена Трудового Красного Знамени НИИ военно-топографической службы (21109) | Москва | Топографические исследования |
| 30-й | Центральный НИИ авиационно-космической техники (48230) | Щелково | Разрработка предложений в авиационной разделы программы вооружения, обоснование обликов перспективных авиационных комплексов и обеспечение военно-научного сопровождения работ в промышленности по их созданию |
| 31-й | Орденов Октябрьской Революции и Красной Звезды НИЦ ракетно-артиллерийского вооружения ВМФ (15653) | Феодосия | Испытание новых образцов ракетно-артиллерийского вооружения ВМФ |
| 32-й | Государственный НИИ метрологии (55215) | Мытищи | Метрология, измерения. Метрологическое обеспечение военно-технических систем |
| 33-й | Государственный Краснознамённый ордена Трудового Красного Знамени НИИ химических войск (61469) | Вольск | Военно-медицинские исследования в разрезе использования химических веществ |
| 34-й | Центральный НИИ связи ВМФ (60130) | Ленинград | Разработка и усовершенствование систем радиоэлектронного вооружения |
| 37-й | НИИ ракетных войск и артиллерии Сухопутных войск (48254) | Ленинград | Боевое применение артиллерии и ракетного вооружения Сухопутных войск, средства индивидуальной защиты и экипировка |
| 38-й | Ордена Октябрьской Революции Краснознамённый НИИ им. Я.Н. Федоренко (75221) | Кубинка-1 | Исследования по развитию системы бронированных машин |
| 39-й | НИИ ПВО Сухопутных войск (22455) | Киев | Боевое применение ПВО Сухопутных войск |
| 40-й | Государственный НИИ аварийно-спасательного дела, водолазных и глубоководных работ (20914) | Ломоносов | Разработка и испытание аварийно-спасательных систем и систем водолазных и глубоководных работ |
| 42-й | НИИ гражданской обороны (52609) | Москва | Разработка и испытание аварийно-спасательных систем гражданской обороны |
| 45-й | Специальный ордена Знак Почёта НИИ (03425) | Москва | Разработка и создание систем и средств ракетно-космической обороны |
| 46-й | Центральный НИИ (11520) | Москва | Развитие систем вооружения и военной техники |
| 48-й | Центральный НИИ эпидемиологии и гигиены (23527) | Киров | Исследования военно-биологической направленности |
| 50-й | Центральный НИИ космических войск (73790) | Юбилейный | Проектирование противоракетных систем |
| 51-й | Центральный конструкторско-технологический институт ВМФ (26920) | Ломоносов | Исследования в области судоремонта |
| 61-й | НИИИ железнодорожных войск | Москва | Техническое прикрытие, восстановление и скоростное строительство железных дорог. Повышение устойчивости работы железнодорожного транспорта. Обоснование состава, численности, организационно-штатной структуры, технического оснащения соединений и частей железнодорожных войск, развитие АСУ войсками |
| | Государственный научно-исследовательский испытательный орденов Ленина и Дружбы Народов центр подготовки космонавтов имени Ю.А. Гагарина (26266) | Щелково | Подготовка космонавтов |
