В государствах Балтии ИНО имел в 20-е годы резидентуры в Ковно, Риге, Таллине и Либаве. Разведывательная информация по этим странам поступала также из Стокгольма, Копенгагена и Гельсингфорса. Здесь, особенно на начальном этапе, решались задачи, во многом схожие с работой по Польше, — срыв подрывных акций, попыток вооруженных выступлений против России и т. п. Один из сотрудников ИНО, наблюдавший на месте деятельность иностранных разведок в Прибалтике, в своем докладе писал: «Эстония, первая заключив мир с большевистским правительством, привлекла к себе внимание не только непосредственно заинтересованных Англии, Франции, Америки, но и других государств, вплоть до Японии… Военные миссии союзников не были расформированы, превратились в центры шпионажа против России, пользуясь услугами для этого эстонского Генштаба и создавая параллельно собственную агентуру при посредстве русских эмигрантов».

Еще одним местом, откуда руководство США получало информацию о положении в России, была Рига. В 20-е годы в Латвии проходили «школу» кадры госдепартамента по «русским делам»: Р. Келли, Э. Янг, Ч. Болен, Дж. Кеннан и другие, оставившие впоследствии заметный след в американо-советских отношениях.

К сожалению, скудные архивные материалы не позволяют полно представить участников секретной работы в Прибалтике. Пролить свет на это в какой-то мере помогут сведения о резидентуре ИНО в столице Литвы — Ковно. Резидентура там была создана в 1921 году. Ее руководитель по прикрытию был сотрудником аппарата военного атташе и поэтому представлял одновременно разведывательное управление Красной Армии. В переписке с Центром использовались условные наименования. Иногда адреса путали. Тогда глава ИНО Могилевский писал руководителю военной разведки Берзину: «Пакет, который должен быть послан Вам, попал почему-то ко мне… Очень извиняюсь и посылаю с нарочным».

Вот отрывки из первых отчетных писем в Центр: «Сейчас мы заняты поисками осведомителя Жвалгибы (литовской контрразведки) и выяснением местной русской белогвардейской организации. Выявлены в нашей миссии два осведомителя: политического отдела департамента полиции и французской миссии. Правда, они мелкие сошки, но все же кое-что они давали своим хозяевам».

В начале 1924 года в Ковно прибыл четвертый по счету резидент — Лебединский Игорь Константинович, который, оставаясь там два года, проявил себя как один из наиболее результативных разведчиков (в дальнейшем работал в Австрии и Германии). Спустя несколько месяцев с начала работы он писал в Центр: «С целью изучения МИД Литвы и иностранных миссий я имею довольно широкие возможности. Располагаю связью с французской, эстонской и латвийской миссиями. По линии внутренней политики дело налаживается. Нет сомнений, о деятельности Жвалгибы мы будем знать больше. Связь с МВД есть».

Лебединский приобрел новые ценные источники информации. Один из них, получивший псевдоним «Василий», работал курьером в аппарате военного атташе Франции. Через него разведка получала черновики секретной переписки с Парижем, что помогло в раскрытии французских шифров. Связь с двумя ценными источниками продолжалась резидентурой вплоть до начала 40-х годов.

Одним из самых ценных источников информации для резидентуры в Литве оказался Константин Карлович Клещинский.

Клещинский родился в Закавказье, окончил в 1901 году Московское военное училище, а в 1910 году — Николаевскую академию. Участвовал в Русско-японской и Первой мировой войнах, трижды был награжден за боевые отличия. В 1915 году при обороне крепости Новогеоргиевск был взят в плен, попал в Литву, где в мае 1919 года был мобилизован в литовскую армию, участвовал в боях с поляками и белогвардейскими формированиями Бермондта-Авалова, действовавшими на стороне немцев. Был награжден литовским Крестом первой степени с мечами. В 1920–1921 годах занимал пост начальника Генштаба литовской армии. В 1923 году с должности командира 1-й пехотной дивизии в звании генерал-лейтенанта был уволен в запас в связи с разногласиями с новым армейским руководством.

Клещинский был на «ты» со многими видными деятелями Литвы. Это в значительной мере обеспечивало успех его разведывательной работы. Однако в феврале 1927 года на дружеской встрече военный министр Меркис заявил ему: «Ничего не имея против тебя как специалиста, считается, что при нынешнем узкошовинистическом направлении политики твое назначение явилось бы диссонансом. Твои статьи в газетах недвусмысленно свидетельствуют о твоих симпатиях к России, с которой ты якобы хочешь связать будущность Литвы. Однажды, в 1920 году, тебя уже обвиняли в том же, но за неимением другого специалиста тогда этот вопрос заглох».

На сообщение об этом Центр в ответном письме указал, что «нужно серьезно и срочно заняться выяснением вопроса, насколько К. известен и куда его можно было бы направить в случае невозможности дальнейшего использования в Литве. Мы со своей стороны будем вести переговоры о принципиальном его использовании как военного специалиста в СССР».

Учитывая угрозу провала, были приняты меры по свертыванию его разведывательной работы. Сам Клещинский в письме в Центр сообщил, что «предпочел бы возвращение к «пенатам» и использование в той области, где мог бы принести наибольшую пользу». Однако 19 мая 1927 г., в то время, когда на квартире Клещинского находился помощник резидента Н.О. Соколов, туда ворвались представители полиции. После ареста Клещинский был передан военно-полевому суду и расстрелян по его приговору, хотя экспертиза МИД и военного министерства не подтвердила передачу им сведений секретного характера.

Пример Клещинского прежде всего объясняет участие оказавшихся на чужбине россиян в разведывательной работе стремлением содействовать становлению новой России в качестве великой державы.

В конце 20-х годов разведка столкнулась в регионе с такими факторами, как постепенное усиление влияния Германии, формирование прогерманского лобби, ужесточение внутренних режимов, граничащее с фашизацией. Правящие круги Польши и стран Балтии стремились с помощью антисоветских и шовинистских кампаний упрочить свои позиции. Во внешнеполитической области продолжались попытки создать враждебную СССР коалицию, которые, однако, оказались неэффективными из-за соперничества между Англией, Германией и Францией в регионе и противоречий между потенциальными участниками балтийско-польского союза.

Как видно из писем резидентур в Центр, разведчики питали симпатии к народам Польши и стран Балтии, понимали неоднозначность внутренней ситуации в них. Концентрируя усилия на выявлении подлинных устремлений правящих кругов этих государств, сотрудники ИНО отдавали себе отчет в том, что главная задача состояла в содействии установлению добрососедских отношений между СССР и молодыми республиками на западных окраинах бывшей империи. В этой связи можно уверенно сказать, что разведка внесла важный вклад в подготовку к заключению таких договоренностей, как Совместный протокол правительств Советского Союза, Польши, Эстонии, Латвии и Румынии о неприменении силы в международных отношениях (Москва, февраль 1929 г.), к которому присоединились позднее Литва, Турция и Иран. Тем самым в значительной мере гарантировались мирные условия для начала возрождения народного хозяйства СССР.  

Отношения РСФСР с южными соседями поначалу складывались весьма драматически. Первая советская дипломатическая миссия была направлена в Тегеран в июле 1918 года во главе с известным деятелем революционного движения на Кавказе И.О. Коломийцевым. Пришедшее в августе к власти проанглийское правительство Ирана не признало полномочия Коломийцева. В ночь на 3 ноября того же года на российскую миссию было совершено нападение, а члены миссии арестованы. Их расстреляли или замучили в тюрьмах. Удалось спастись только И.О. Коломийцеву. Летом 1919 года он вновь прибыл в Тегеран в качестве главы чрезвычайной миссии с заданием доставить «Обращение правительства РСФСР к правительству и народу Персии», однако был арестован и убит.