Очевидно, в этом кроется причина того, что в Тибете Учение Ати-йоги, школы Ньингмапа и Дзогчена, начиная с ХI-го века и до сих пор, не считались подлинным учением Будды и против них возводились обвинения в ереси (например в том, что Дзогчен возник под влиянием Чань, индуизма и Бона). Очевидно, что эти обвинения имели под собой основания. Согласно хроникам школы Ньингмапа ХVI-го века, тибетский принц Шива Од, пытался даже запретить воззрения Ати-йоги Ньингмапы, объявив, что это учение напоминает доктрину индуистской Адвайта–Веданты, и называл его этерналистским воззрением тиртхиков «мустэгпа». Среди критиков-ученых в Тибете и по сей день бытует версия о появлении учения Ати-йоги в Тибете, где упоминается история о трех шиваитских индийских йогах-сиддхах, приглашенных бонскими шаманами для лечения тибетского царя, которые восхитили бонцев своими магическими силами и принесли с собой в Тибет Веданту, от которых Бон позаимствовал индуистскую атрибутику в виде трезубца, свастики и костыля для медитации. С этим периодом связывают один из трех периодов в истории тибетского Бона, так называемый реформированный Бон. Есть предположение, что именно в этот период значительно выросло влияние учения Бон, которое заинтересовало многих тамошних буддистов.

Новое учение вскоре было интегрировано в буддийское мировоззрение, таким образом, образовав совершенно новую для тибетского буддизма школу Ньингмапа. Кстати сказать, в самом Тибете до сих пор ведутся дискуссии, является ли высшее учение Ануттара-тантры–Ати-йога школы Ньингмапа и Дзогчен Бона собственно буддийскими учениями или же они есть отклонение от истинно буддийского мировоззрения. Фактически, можно этот вопрос поставить так: «Является ли вершиной и кульминацией учений тибетского буддизма заимствованная из индуизма Адвайта-Веданта или же тибетский буддизм сам в своем развитии дошел до того же уровня, что и Адвайта-Веданта, испытав влияние Чань-буддизма в VIII в., когда Вайрочана учился у китайского мастера Чань Хэшана Махаяны?».

Многие ученые в Тибете, особенно школы Гелугпа, в XVII-XVIII в.в. не признавали подлинности тибетской Ати-йоги, к примеру, Сумпа Кхампо в своей книге «История буддизма», ч.2, говорит о том, что учение Ати-йоги в Тибет принес не Падмасамбхава, который был в Тибете всего лишь восемнадцать месяцев, а индийский садху в одеждах Падмасамбхавы, который заявил, что он, якобы, был Падмасамбхавой, и обучил тибетцев Адвайта-Веданте, т.е. нынешнему Дзогчену, убедив других, что это буддийские учения, затем эти доктрины были восприняты школой Ньингмапа. К слову сказать, многие исследователи считают это вымыслом или сектантской полемикой, тем не менее, есть факт отождествления учения Адвайта-Веданты и кульминационной колесницы в тибетском буддизме.

Некоторые буддисты отрицают наличие общих корней в кульминационной колеснице тибетского буддизма и Адвайта-Веданте, на том основании, что «Светоносная Ясность» в махаянском буддизме и «Основа» в тибетской Ати-йоге, это вовсе не то же самое, что этерналистский Абсолют в индуизме, что и «Светоносная Ясность» тантры, и «Основа» в Дзогчене все-таки не имеют независимого существования, т.е. их природа – Пустота, а потому это–не индуистская Шашватавада.

Однако если быть последовательными, то и ведантический Абсолют, Брахман и Атман – это не застывшие этерналистские концепции, это всего лишь неадекватные указания, «общепринятая речь» (вохара вочана), условные концептуальные ярлыки, указывающие на нечто, что не определимо словами и познается только в связи с духовным опытом вне концепций в самадхи. Здесь слова концепций, логики не уместны при описании конечной реальности Брахмана, а, значит, мы не принимаем всерьез ни одну из концепций, ни Брахмана, ни Пустоты, зная, что это определенное концептуальное обозначение, не передающее саму сущность конечной Реальности. Значит, термин Брахман или Атман вовсе не может ограничить описание конечной Реальности как некую однозначную данность. В противном случае концепции Нирваны и Пустоты тоже могут быть признаны этерналистскими концепциями.

Здесь мы выходим на новый гносеологический уровень проблемы, то, насколько мы привязаны к концепциям вообще, и какое место мы им отводим в своем понимании Дхармы. С точки зрения сиддхов Лайя-йоги, этернализмом являются не понятия и концепции, а сама привязанность к любым концепциям, даже таким как «Абсолют», «Пустота» или «Будда» и объявление других учений ложными, так как они являются следствием веры в самобытие концепций и представляют собой истинный этернализм, которого практику следует опасаться.