В период службы в Управлении военно–учебными заведениями П. О. Бобровский осуществлял методическое руководство в составлении программ обучения в юнкерских училищах, разделив их на три направления:

— специальные предметы умственного обучения,

— практические занятия в поле и

— строевое обучение.

Умственное обучение включало общеобразовательное и специальное. Из–за недостаточной подготовки по общеобразовательным дисциплинам, от поступавших в юнкерские училища требовалось особое внимание уделять изучению русского языка, как основы общеобразовательных дисциплин, а также русской истории, так как она «развивала патриотические чувства, но без извращения истины, и не должна поднимать чувства кичливости, не должна поднимать ни ненависти к иноземному, ни чувства веронетерпимости к другим исповеданиям».

Заслуги П. О. Бобровского на ниве военного образования не остались незамеченными. В 1864 г. он был произведен в полковники, а в 1870 г. — в генерал–майоры.

Параллельно с реформированием среднего военного образования шла реформа высшего военного образования, в том числе и военно–юридического. Специальное военно–юридическое образование в России вело свое начало от Аудиторской школы, образованной в 1832 г. Впоследствии она была преобразована в Аудиторское училище, в котором в 1866 г. был открыт офицерский класс. На его базе в 1867 г. была открыта Военно–юридическая академия. Окончательное Положение о военно–юридической академии было утверждено в 1868 г. Согласно ему в академию принимались штаб — и обер–офицеры. Курс обучения был рассчитан на два года, а ежегодный прием не превышал 25 человек. Аудиторское училище в 1869 г. было преобразовано в Военно–юридическое училище с трехлетним курсом обучения, куда принимались лица, имевшие законченное среднее образование. Таким образом, училище стало высшим военно–юридическим учебным заведением по подготовке гражданских чиновников к службе по военно–судебному ведомству. При этом существовало два однородных высших военно–юридических учебных заведения: одно — для офицеров, другое — для гражданских лиц. Второе по уровню подготовки слушателей и продолжительности курса обучения превосходило первое.

Возникшая двойственность поставила вопрос о ликвидации одного из них. Для обсуждения этого вопроса, которое длилось целых шесть лет, было создано Особое совещание под председательством военного министра Д. А. Милютина. В 1878 г. было принято решение об упразднении Военно–юридического училища. Курс обучения в академии был увеличен до трех лет. Наряду с офицерами на третий курс академии стали принимать чиновников–стипендиатов военно–судебного ведомства с юридическим образованием. На академию была возложена задача подготовки офицерских кадров для военно–судебного ведомства и одновременно ведение научных исследований в области военного права. Высочайшим приказом по военному ведомству от 25 декабря 1875 г. генерал–майор П. О. Бобровский был назначен начальником Военно–юридической академии с оставлением в Генеральном штабе.

П. О. Бобровский вступил в командование академией в период ее реорганизации и становления. По существу, ему пришлось быть организатором надежного фундамента военно–юридического образования в России, что было отчасти сопряжено с проходившей в те годы судебной реформой. Учебные программы академии включали углубленное изучение военно–уголовного законодательства, государственного и гражданского права, истории русского права, энциклопедии права, финансового, международного, полицейского и церковного права, судебной медицины, психологии и логики. К чтению лекций были привлечены выдающиеся ученые–юристы Н. А. Неклюдов (1840–1896), К. Д. Кавелин (1818–1875) и другие. Известный русский юрист и государственный деятель Анатолий Федорович Кони (1824–1927) писал, что П. О. Бобровскому «удалось вывести из молчаливого уединения… глубокого мыслителя (К. Д. Кавелина — Авт.) — историка русского юридического быта и выдающегося цивилиста, дать возможность воспитанникам академии услышать горячее, вдохновенное и полноценное слово старого профессора лучших времен Московского университета. Не только в серьезной любви к науке нашел Бобровский точку тесного соприкосновения с Кавелиным, питавшим к нему искреннее уважение, — чем он дарил не многих, но и в одной общей нежной любви к Петру».

«Когда мне бывает грустно, когда я поддаюсь сомнениям о будущем России, — говорил Кавелин, — я беру Евангелие или думаю о Петре, и мне становится легче». Так смотрел и Бобровский — и в мыслях о Петре, следы которого он видел во всем хорошем на Руси, и в словах Христа искал утешения и поддержки в те, в последнее время тяжкие минуты, когда его больное и усталое сердце сжималось тоскою и тревогой за родину. Академия воздала ему справедливость, приобщила его к себе, в качестве своего почетного члена.

До 1914 г. Военно–юридическая академия выпустила 1499 высокообразованных военных юристов. За время службы в академии П. О. Бобровского произошел переход к высоко научному военно–учебному процессу, что, в свою очередь, позволило военно–судебному ведомству России достойно вписаться в прогрессивную судебную реформу 1860–70‑х гг.

Служба П. О. Бобровского в академии повлияла на всю его жизнь. Не имея специального военно–юридического образования, генерал–лейтенант Бобровский не счел для себя зазорным фактически вступить в число слушателей академии. За три года он прошел весь курс лекций. В результате тесного общения с профессорско–преподавательским составом у него появилось желание к самостоятельной научной работе в области военного права. И в 1887 г. Бобровский написал фундаментальный труд «Военное право в России при Петре Великом». В обширном трактате о войсках Западной Европы XVI–XVII вв. дается интересная характеристика состава, организации и состояния русского войска, содержится подробный разбор петровского «Артикула воинского» с указанием источников происхождения этого замечательного законодательного памятника. Глубокое изучение наследия Петра I утвердило П. О. Бобровского в том, что при реформировании России, царь не ограничивался копированием западных системных образцов, а внес много своего национального.

В таких работах, как «Развитие способов и средств для образования юристов военного и морского ведомства в России» (1881) и «Беседа начальника Военно–юридической академии о значении военных законов Петра Великого для устроенной им регулярной армии» (1886) П. О. Бобровский отразил свой взгляд на основные положения военно–юридической науки, во многом сохранившие свою актуальность и до наших дней.

В 1897 г. он завершил службу в академии и был назначен сенатором, присутствующим в судебном департаменте правительствующего Сената. Это дало ему возможность наряду с новыми обязанностями посвятить себя научной работе, направленной на всестороннее изучение военных преобразований Петра Великого. В ряду множества научных трудов, посвященных этой теме, особое место занимают «История Лейб–гвардии Преображенского полка» и «История 13‑го Лейб–гренадерского Эриванского полка» — бывшего Бутырского. Обе монографии были изданы «По Высочайшему повелению». Таким образом, П. О. Бобровский стал официальным историографом обоих старейших полков русской регулярной армии, которые с честью служили России вплоть до октябрьского переворота 1917 г.

Научные работы исследователя отличаются глубиной. Это дало повод известному военному историку А. З. Мышлаевскому в рецензии на «Историю 13‑го Лейб–гренадерского Эриванского полка» написать: «Виден историк более широкого масштаба в смысле сбора материала, нежели требуется для составления полковой летописи». Эта монография охватывает широчайший круг вопросов, связанных с военно–историческим прошлым России, с ее социальной, политической, хозяйственной, дипломатической деятельностью.

Работа над историей Преображенского полка позволила поднять целый пласт интереснейших исторических сведений о борьбе за власть правительницы Софьи Алексеевны с молодым Петром, о создании Петром «потешного войска», а также событиях, завершившихся основанием Санкт — Петербурга и Полтавской битвой, которые полноправно ввели Россию в русло европейской политики.