Падение старого опричного руководства, несомненно, было следствием интриг со стороны руководства сыскного ведомства опричнины — Малюты Скуратова — Бельского и Василия Грязнова. Эти люди были типичными представителями низшего дворянства, выдвинувшегося в годы опричнины. В отличие от Басмановых и Вяземского они не играли никакой роли при учреждении опричнины. Лишь разоблачение новгородской «измены» позволило им получить низшие думные чины, а затем устранить старых и наиболее авторитетных вождей опричнины и захватить руководство опричным правительством.
Те, кто затеял опричный террор, сами стали его жертвами. Боярин АД. Басманов был умерщвлен собственным сыном, послушно выполнившим царский приказ. Оружничий Вяземский умер в тюрьме, ясельничий Зайцев был повешен на воротах собственного дома. Среди высших дворцовых чинов уцелел один постельничий Дмитрий Годунов. Его выручил свояк Малюта Скуратов.
Падение старого опричного руководства разрушило круговую поруку, связывавшую членов опричной думы. Состав думы пополнился земцами, многие из которых испытали злоупотребления опричнины. Члены новой опричной думы, по–видимому, стали сознавать опасность деморализации охранного корпуса. Опричники, повествует Штаден, творили в земщине такие беззакония, что сам великий князь объявил наконец: «Довольно!» Казнь Басманова ознаменовала конец целой полосы в истории опричнины. Подвергнув опале тех, кто создал опричнину, царь велел подобрать жалобы земских дворян и расследовать самые вопиющие преступления опричников.
Московские князья пролили немало крови, чтобы сокрушить великокняжеские столицы и Новгородскую «республику». К 1569 г. Иван IV собрал в опричнине почти все великокняжеские столицы Владимиро — Суздальской земли — Суздаль, Ярославль, Ростов. Осенью 1571 г. в опричнину была зачислена половина Новгорода Великого. Опричнина все более напоминала некую антимосковскую коалицию, противостоящую оплоту боярской крамолы — столице.
Царь отменил опричнину в конце лета 1572 г. При этом он сохранил «двор», включавший «дворовую думу» и реорганизованный охранный корпус. Желая предотвратить критику сумасбродной затеи, самодержец запретил подданным упоминать самое название опричнины.
После отмены опричнины виднейшие руководители «двора» и многие «дворовые» дети боярские отказались от поместий в опричных уездах и получили обширные поместья в земских пятинах Новгорода. В начале 1574 г. в Литве стало известно, что Иван IV посадил наследника «на царство на Новгороде Великом». Пожалование носило скорее всего формальный характер, но оно возвело царевича Ивана в ранг соправителя отца. Грозный не забыл, что его отец Василий III получил сначала новгородский, а затем московский трон.
В 1573 г. Малюта Скуратов погиб под стенами ливонской крепости Пайда. Иерархию дворовых чинов возглавил В. И. Умного — Колычев, ставший «дворовым» боярином. Первое послеопричное правительство просуществовало около трех лет. Борьба в недрах «дворовой» думы разрешилась кровью. Одержав верх, В. Бельский, Нагие и Годуновы послали на эшафот В. И. Умного. Розыск о «заговоре» дворовых чинов вылился во второе новгородское дело. В измене были заподозрены лица из ближайшего окружения наследника царевича Ивана. Как правитель Новгорода царевич был тесно связан с должностными лицами города. В конце опричнины в Новгород был прислан архиепископ Леонид, а опричную администрацию Новгорода возглавил А. Старого — Милюков. В 1575 г. Леонид был арестован и умер в заточении, а Милюков казнен. Несколько позже царь приказал убить П. В. Юрьева — Захарьина, троюродного брата наследника престола.
Страх перед множившейся изменой преследовал царя, как кошмар. «Двор» утратил в глазах мнительного самодержца значение надежной военной силы. В. Бельский и другие ближние люди настаивали на возрождении опричнины. Но Иван IV не мог учредить опричнину без санкции Боярской думы. Чтобы сохранить видимость законности в Русском государстве, царь прибегнул к мистификации. Он отрекся от трона в пользу служилого татарского «царя» Симеона Бекбулатовича. Однако вместо царского титула хан получил лишь титул великого князя. Вслед за тем князь «Иванец Московский» обратился к Симеону со смиренной просьбой разрешить ему выкроить себе «удел» и «перебрать людишек». Переход в удел сопровождался введением в государстве чрезвычайного положения. Санкция на это была получена не от Боярской думы, а от «великого князя», фиктивно возглавившего земщину. В удел попали древний Ростов, Псков, Дмитров, Старица, Зубцов, Ржев. Большая часть удельных владений не была в опричнине. Отбор земель в удел выразил недоверие царя к бывшим опричникам.
Сформировав удельное войско, Иван IV произвел аресты и казни в земщине. Репрессии вновь обрушились на высший орган монархии — Боярскую думу. Казни подверглись старейший член думы князь П. А. Куракин, боярин И. А. Бутурлин, окольничие Д. А. Бутурлин и Н. В. Борисов, трое высших чинов из приказов. Отрубленные головы были подброшены на двор к митрополиту Антонию, подворья Мстиславского и Шереметева. На Романовых — Юрьевых был наложен огромный штраф. Большинство казненных ранее успешно служили в опричнине.
Вторая опричнина просуществовала год, после чего самодержец «свел» Симеона из Москвы на великое княжество Тверское. Учреждение удела не привело к массовой резне и погромам. Трагедия обернулась фарсом. Опасаясь остаться без преторианцев, самодержец сохранил реорганизованный «двор» до последних дней жизни.
Массовые конфискации поместий и перемещения помещиков из уезда в уезд при «удельном» правительстве дали дворянам–землевладельцам новые доказательства того, что казна не намерена поступиться своими правами в качестве реального собственника всего фонда государственных поместных земель. Организация поместной системы помогла преодолеть кризис боярского сословия в XV в. Но процесс дробления имений, породивший этот кризис, не прекратился в последующее время. Данные новгородских писцовых книг показывают, сколь быстро дробились и мельчали поместья в 1500–1540‑х гг. Кризис поместной системы был усугублен «великим разорением» 1570–1580‑х гг., вызванным крупными стихийными бедствиями, военным поражением и другими причинами. Разорение не только приостановило рост поместных земель, но и привело к резкому сокращению поместного фонда. Между тем естественный процесс увеличения численности дворянских семей оставался во второй половине XVI в. столь же интенсивным, как и в первой половине. Число мелких поместий в Новгороде, почти удвоившееся в первой половине столетия, должно было еще раз удвоиться во второй половине. Но этого не произошло. Массовое разорение измельчавших поместий привело к тому, что к началу 1580‑х гг. в Новгороде запустело более 40 % всего поместного фонда[579]. Некоторые помещичьи семьи стали жертвами опричных казней и выселений. Но репрессии затронули прежде всего знатных помещиков, численность которых была сравнительно невелика. Многочисленное мелкопоместное дворянство Новгорода пострадало не столько от террора, сколько от экономических бед.
Превращение государственной (поместной) собственности в ведущую форму землевладения изменило систему налогообложения в стране. Казна реализовала право собственника земли через установление высоких платежей и повинностей. Чрезмерный рост податей стал одной из главных причин упадка деревни во второй половине XVI в. Судя по новгородским материалам, крестьяне в последней трети столетия резко сократили свои пашенные наделы, не имея средств для уплаты податей. В старину единицей обложения было одно крестьянское хозяйство (обжа). Теперь в обжу закладывали 2, 3, 5 и более крестьянских хозяйств. Собрать деньги с карликовых наделов было практически невозможно. Казна повышала поборы, а крестьяне сокращали запашку. В итоге и государство, и подданные несли огромные убытки.
Царь Иван был одним из первых правителей, стремившихся всемерно развивать торговые связи со странами Западной Европы через Белое и Балтийское моря. В ходе Ливонской войны 1558–1583 гг. Россия предприняла попытку завоевать земли Ливонского ордена в Прибалтике. Однако в конфликт были вовлечены Литва и Польша, Швеция и Дания. Польский король Стефан Баторий в ходе трех военных кампаний нанес поражение России. Оставшись без союзников, царь не смог вести одновременно войну с Речью Посполитой, Швецией и степными ордами.