Вскоре после ареста Ряполовского и Патрикеевых Иван III вернул ко двору Софью и Василия, а 21 марта. Василия объявили великим князем новгородским и псковским.

Некоторое время спустя Софья снова начала писать дочери, Елене Литовской. Однако дух ее писем сильно изменился. Раньше это были интимные письма матери к дочери; теперь послания Софьи имели религиозный и политический тон. Она призывает Елену твердо держаться своей православной веры. «Не принимай римской веры, даже если они будут запугивать тебя болью и смертью, иначе погибнет душа твоя» (30 мая 1499 г.).249 Очевидно, что в своих письмах к Елене того периода Софья следовала официальной линии внешней политики Ивана III.

При своей коронации в 1498 г. Дмитрий получил титул Великого князя Всея Руси. Точнее, Иван III «благословил внука Великим княжением Владимирским, Московским и Новгородским». Теперь, когда после коронации прошло чуть больше года, Иван III объявил Василия Великим князем Новгородским (и Псковским), таким образом нарушая единство «Всея Руси» и лишая Дмитрия одного из великих княжеств. По всей видимости, этот поступок Ивана III одобрила боярская дума во главе со своим новым председателем. В любом случае свидетельств о противодействиях нет. С другой стороны, яростный протест против нового титула Василия пришел от тех, кого он непосредственно касался. Новгород теперь являлся провинцией Московии и политического голоса не имел. Однако Псков еще оставался свободным городом, хотя и под сюзеренитетом Ивана III. Иван отправил в Псков посла со следующим извещением: «Я, Великий князь Иван, благоволю моему сыну Василию и жалую ему Новгород и Псков». Псковское вече отказалось признать Василия и послало в Москву делегацию из трех руководителей города и трех бояр с просьбой к великим князьям Ивану и Дмитрию не нарушать древней традиции, по которой сюзереном Пскова является великий князь московский (и Иван III и Дмитрий были великими князьями московскими, а Василий нет).

Когда псковская делегация вручила Ивану III петицию, он рассердился и ответствовал: «Не свободен ли я заботиться о своем внуке и моих сыновьях? Я дарую княжескую власть, кому желаю; и я желаю даровать Новгород и Псков Василию». Он взял под стражу двух членов псковской делегации, хотя другим позволил вернуться в Псков. Псковичи тогда послали другую делегацию с новой петицией, адресованной «Ивану, Великому князю Новгородскому и Псковскому». Иван III повелел делегации возвращаться обратно и пообещал прислать в Псков специального посла со своим ответом. Этот посол, боярин Иван Хоботов, прибыл в Псков и объявил на вече, что великий князь будет соблюдать древнюю традицию относительно Пскова. Текст послания, привезенного Хоботовым, в Псковской летописи не приводится. По всей вероятности, Иван объяснил псковичам, что он остается их сюзереном, а титул Василия только номинальный. Следующая псковская делегация в Москву просила великих князей Ивана и Василия освободить из тюрьмы двух членов первой делегации (до тех пор удерживаемых в Москве). Это было сделано немедленно,250 и конфликт между Псковом и Москвой, таким образом, разрешился. Василия, однако, глубоко оскорбило столь откровенное нежелание псковичей признать его своим великим князем; чувства Василия повлияли на его собственную политику в отношении Пскова, когда он стал единственным правителем Великой Руси.

Ни Софья, ни Василий не собирались молча удовлетворяться частичным успехом, и борьба за власть в великокняжеском дворце не утихала. Обстоятельства теперь, несомненно, были против Дмитрия. Он еще был совсем молод (родился в 1483 г.). После падения Патрикеевых и казни Ряполовского его единственным потенциальным покровителем среди высших официальных лиц оставался Федор Курицын. Однако Курицын, будучи дьяком, полностью зависел от расположения к себе великого князя и не имел возможности возражать Ивану III. Если бы он осмелился защищать Дмитрия открыто, его могли бы тут же сместить с поста. В последний раз в доступных нам источниках имя Курицына упоминается 1500 г. Вероятно он умер до 1503 г.

Вскоре после присвоения Василию титула Великого князя Новгородского и Псковского, Иван III начал игнорировать Дмитрия.251 При дворе сложилась невозможная ситуация, которая не могла не смущать как бояр, так и весь народ. В конце концов 11 апреля 1502 г. Иван III лишил милости Дмитрия и его мать Елену Молдавскую: обоих посадили под домашний арест. Три дня спустя, получив благословение митрополита Симона, Иван III «посадил» Василия «на великое княженье Володимерьское и Московское и Всея Руси самодержцем»252

В Великой Руси известие, несомненно, встретили со смешанным чувством. Оно вызвало значительное беспокойство за границей и породило всяческие слухи. Опала Елены Молдавской и ее сына обострила отношения Москвы с Молдавией. Воевода Стефан, отец Елены, горько жаловался своему (и Ивана III) союзнику, хану Крыма Менгли-Гирею. Через посланника Иван III пытался объяснить хану свое отношение к Дмитрию следующими обстоятельствами: «Я, Иван, сначала благоволил своему внуку Дмитрию, но он стал груб со мной. Все благоволят тому, кто хорошо служит и старается угодить своему благодетелю; нет смысла в благоволенье человеку, который груб к тебе». Посол Ивана в Литве получил инструкции давать подробные объяснения всем, кто будет задавать вопросы о событиях в Москве. Кроме того, посол должен был подчеркивать, что Василий теперь вместе с Иваном III, является сюзереном всех русских государств.253

После этого в некоторых документах к Ивану III обращались как к «великому государю». Возможно по этой причине Герберштейн называл его «Великим».254 Действительно можно предположить, что Иван III, хотя и имея все внешние знаки власти, был вынужден передать значительную часть реальной власти Василию (Софья умерла 7 апреля 1503 г.). Очевидно, что Василий установил тесный контакт с лидерами консервативной группы русского духовенства. Они, в свою очередь, рассчитывали, что Василий поддержит борьбу против ереси, а также поможет им отразить будущие попытки провести секуляризацию церковных земель.

Под влиянием Василия Иван III согласился принять лидера консервативного духовенства, настоятеля Иосифа Санина Волоцкого.255 Иван III трижды имел беседы с Иосифом на пасхальной неделе 1503 г.256 Мы знаем об этих встречах из писем Иосифа архимандриту Митрофану, который являлся духовником Ивана III в последние годы его жизни. Иосиф написал Митрофану в апреле 1504 г. – то есть примерно через год после встречи с Иваном III. Иосиф, по всей вероятности, в это время еще прекрасно помнил основное содержание своих бесед, но мы не можем быть уверены, что все его утверждения правдивы в деталях.257 Как пишет Иосиф, при первой встрече Иван признал, что беседовал с еретиками и просил Иосифа простить его. Иван III добавил, что митрополит и епископы отпустили ему этот грех. Иосиф ответил, что Бог простит Ивана III, если с этого момента он будет бороться с ересью. Во второй беседе Иван III объяснил Иосифу, какую ересь возглавлял протоиерей Алексий, а какую Федор Курицын. Иван также признал, что его невестку Елену обратил в ересь Иван Максимов. Затем Иван, как утверждается, пообещал принять против ереси жесткие меры. Однако при третьей встрече Иван III спросил Иосифа, не будет ли грехом наказывать еретиков. Когда Иосиф начал выступать в пользу наказания, Иван резко прервал беседу.