В 1306 году Гийом де Ногаре тесно сошелся с доминиканцами и даже снискал расположение верховного инквизитора Гийома Парижского, исповедника французского монарха. Сложился альянс двух могущественнейших во Франции людей, в равной степени ненавидевших храмовников. Духовника раздражали духовные привилегии тамплиеров, а легист стремился запустить руку в их казну.

Французская корона переживала тяжелый финансовый кризис. Ногаре уже сделал все возможное для пополнения казны. Были экспроприированы все евреи и проведена денежная реформа, приведшая к бунту. Король вынужден был укрыться от восставших в командорстве тамплиеров. Мятеж был подавлен, но финансовые проблемы остались. Ногаре наметил новую цель — орден Храма.

Легист состряпал обвинения, весьма сходные с выдвинутыми им ранее против Бонифация. Дело было предложено на рассмотрение папы. Климент счел обвинения «невероятными и невозможными до такой степени, что они не укладываются у него в голове». Великие бальи, узнав о наветах, сами настаивали на проведении расследования, «дабы оправдать их…или наказать, если они виноваты». Папа выразил согласие рассмотреть дело, но медлил с началом процесса.

Гийома де Ногаре не устраивало промедление. 14 сентября 1307 года он разослал королевским агентам секретные пакеты с инструкциями. Конверты следовало вскрыть в урочный час. Через некоторое время Гийом Парижский разослал аналогичные послания своим людям.

Тамплиеров обвиняли в содомском грехе, в богохульных ритуалах (таких, как плевание на крест при посвящении в орден), в том, что на тайных капитулах они поклонялись идолам или даже сатане. Когда в конце сентября магистр вернулся от папы в Париж, он был вызван на личную беседу к королю. Филипп Красивый интересовался подробностями тайных капитулов.

Таинственность тамплиеров, дававшая основания для подозрений, была вызвана некоторыми обстоятельствами, вряд ли имеющими что-либо общее с тем, в чем их обвиняли. Так, обряд посвящения был покрыт завесой тайны, чтобы превратить его в глазах новичка в некое таинство, сравнимое с исповедью. Дело в том, что посвящение сопровождалось своего рода допросом, из которого руководители узнавали о характере неофита и мотивах его вступления в орден. Вызывает сомнения, что обращаемый при этом должен был плевать на крест, как говорили затем братья под пытками.

Массовые аресты храмовников начались ранним утром 13 октября 1307 года. В Париже люди короля во главе с Гийомом де Ногаре захватили командорство и арестовали Жака де Моле. В то же время сыщики ловили храмовников по всему королевству. Филипп Красивый немедля прибыл в Тампль, чтобы лично осмотреть сокровища ордена, из-за которых, собственно, все и началось. Неизвестно, какова была его добыча, поскольку король ни перед кем не отчитывался.

По делу тамплиеров велось двойное расследование. Первыми с материалами знакомились королевские следователи, затем инквизиторы. Под жестокими пытками одни тамплиеры подтверждали самые нелепые обвинения, другие, не желая опозорить орден, терпели до конца или совершали самоубийство в застенках. Известно, что только в Париже тридцать шесть братьев ордена погибли от пыток.

Папа был не в курсе событий и узнал о разгроме ордена, только когда в Бордо, куда Климентом была перенесена курия, арестовали тамплиера Гуго де Перо. Понтифик не знал, как реагировать на сложившуюся ситуацию, и только 27 октября решился написать Филиппу Красивому. В письме он выразил недовольство происшедшим, однако через месяц под давлением французского короля он изменил свое отношение, издав буллу об упразднении ордена. Булла развязала руки преследователям тамплиеров, дав возможность грабить и уничтожать храмовников. С момента издания этого документа у рыцарей Храма не было никаких шансов вырваться из рук «правосудия».

Климент V пытался исправить ошибку, направив в декабре двоих кардиналов к Филиппу Красивому. Они должны были добиться, чтобы тамплиеров, являвшихся представителями монашества, судили как духовных лиц, вверив их защите церкви. Король формально выполнил условия папы, передав подследственных в ведение верных ему кардиналов, но положение узников от этого нисколько не изменилось.

Этот шаг со стороны папы вселил надежду в сердца тамплиеров. Жак де Моле и Гуго де Перо отказались от своих показаний. Магистр даже передал некоторым из томящихся в тюрьме братьев записки, в которых просил их последовать его примеру. Однако отказ от показаний только усугубил ситуацию, дав повод перевести обвиняемых в категорию повторно впавших в ересь (relaps).

Некоторые тамплиеры продолжали отрицать оговоры и настаивать, что никогда не изменяли истинной вере. Вечно колеблющийся понтифик вновь изменил свое отношение к делу и в феврале 1308 года повелел передать материалы в курию.

Ногаре сделал ответный ход, предложив докторам Сорбонны вопросники. Содержавшиеся в них вопросы должны были подтолкнуть авторитетных теологов к нужным легисту ответам. В весьма невыгодном свете обрисовав тамплиеров, Ногаре спрашивал, можно ли считаться с их отпирательствами и возможно ли предположить, что они невиновны? Однако доктора предпочли занять нейтральную позицию и не высказывать категоричного мнения.

Ногаре решил обратиться к Генеральным штатам. В Туре не замедлили собраться верные королю прокуроры, готовые защищать интересы Филиппа Красивого «перед всеми и против всех». Они все как один признали тамплиеров виновными во всех смертных грехах. Однако теологи продолжали настаивать, что дело ордена Храма не может решаться светскими властями и должно находиться в ведении церкви.

Назревала война между Святым престолом и французской короной. 29 мая в Королевском зале дворца в Пуатье произошел первый раунд этого поединка. Так как папа не допускал к своей особе Гийома де Ногаре, вместо него выступал Плезиан. Он прославлял короля, раскрывшего «ересь коварных тамплиеров» и обвинял храмовников в ужасных преступлениях. Одновременно он в ультимативном тоне призывал папу согласиться с обвинителями. Пламенная речь Плезиана завершалась грозным предупреждением: «В противном случае нам придется говорить с вами на другом языке!»

Выступавшего поддержали, хотя и выразив это более дипломатично, архиепископы Нарбонны и Буржа. В ответ Климент сказал, что всегда знал тамплиеров как достойнейших людей, но если выдвигаемые против них обвинения верны, то готов их возненавидеть. Тем не менее он настаивал на необходимости беспристрастного разбирательства, обещав вести это дело «не затягивая, но и без спешки и достойным церкви образом».

В конце июня суду курии были выданы семьдесят два рыцаря Храма, готовых, по словам Плезиана, поведать папе о разложении ордена. Что странно, Климент, поначалу собиравшийся лично допрашивать подследственных, передал дело четырем кардиналам. Еще более необычен состав этой комиссии — в нее вошли кардиналы Беранже Фредоль и Этьен де Сюизи, верные люди Филиппа IV, друг Ногаре Пьетро Колонна, печально знаменитый после дела в Ананьи, и некий Ландульфо Бранкаччо, никогда ничем себя не проявивший. При таком подборе следователей у храмовников не было никаких шансов доказать свою невиновность.

Некоторые исследователи считают, что Климент пошел на уступки и принес в жертву орден Храма, потому «что Филипп повелел выкопать и сжечь кости усопшего папы». В окружении понтифика было достаточно много людей, не желавших допустить посмертного судилища над Бонифацием VIII, поэтому Климент вынужден был спасти добрую память своего предшественника ценой доброго имени, жизней и имущества храмовников.

5 июля 1308 года папа восстановил все полномочия верховного инквизитора, поставив со своей стороны условие, что Великий магистр, генеральный смотритель и командоры ордена должны быть Предоставлены суду курии. Рядовые братья отдавались на суд епархиальных комиссий в составе двух доминиканцев, двух францисканцев и двух кафедральных каноников. Инквизиторы могли входить в любую из этих комиссий по собственному усмотрению. Так закончился длившийся с февраля счастливый для подследственных период, когда их не касалась рука инквизиторов.