Коммунистическая партия и Советское правительство приступили к подготовке страны к длительной и серьезной борьбе с объединенными силами внутренних и внешних врагов. 30 ноября Советское правительство подтвердило изданный 2 сентября декрет об объявлении страны военным лагерем и образовало Совет Рабоче-Крестьянской Обороны во главе с В. И. Лениным. Совет Обороны начал осуществлять перестройку всей экономической и политической жизни страны, а также всех звеньев государственного аппарата в соответствии с нуждами обороны социалистической республики. Были приняты меры к улучшению работы железных дорог; в управлении промышленностью была введена строгая централизация и личная ответственность за работу предприятий. Декретом 26 ноября была национализирована частная торговля, введена всеобщая трудовая повинность, все снабжение централизовано в руках государства. Это были первые шаги по пути военного коммунизма, пути вынужденному, но необходимому в условиях гражданской войны и интервенции.

Были приняты меры и по дальнейшему совершенствованию деятельности ВЧК и организационной перестройке чрезвычайных комиссий применительно к сложившейся обстановке.

26 ноября 1918 г. в Москве открылась 2-я конференция работников чрезвычайных комиссий. Открывая конференцию, Ф. Э. Дзержинский говорил: «Нам предстоит здесь разрешить ряд организационных вопросов, от разрешения которых зависит успешность нашей борьбы. Мы должны взять на себя и повести отчаянную борьбу с той злостной агитацией, возбуждающей темные массы и толкающей их на выступления, нам предстоит разрешить вопрос о борьбе со всякими мародерами, взяточниками и контрреволюционерами, нашедшими себе приют в пограничной полосе»[163].

Конференция заслушала и обсудила доклады о текущем моменте, о кулацких мятежах в деревне и мерах борьбы с ними, о чрезвычайных комиссиях в действующей армии, о взаимоотношениях чрезвычайных комиссий с другими советскими органами, об организации транспортных отделов ЧК.

Особое значение имел вопрос о борьбе с кулацкими мятежами, поскольку от успешности ее во многом зависело обеспечение тыла Красной Армии. Выступления на конференции показали, что контрреволюционные мятежи и бунты, организуемые кулачеством в деревне, нельзя рассматривать как отдельные, изолированные друг от друга вспышки. На самом деле это был единый поход кулачества против Советской власти, теснейшим образом связанный со всем контрреволюционным движением в стране и иностранной военной интервенцией. Делегаты конференции отмечали, что кулачество взяло линию на проникновение в Советы и советские органы с тем, чтобы использовать государственный аппарат для достижения своих антисоветских целей.

Серьезное внимание обратила конференция на необходимость решительной борьбы за соблюдение революционной законности и очищение чрезвычайных комиссий от всех «примазавшихся преступных элементов». «Конференция заявляет во всеуслышание, — говорилось в резолюции, — что она резко осуждает и требует беспощадной кары для всех сотрудников ЧК и советских работников вообще, ставших на преступный и губительный для Советской власти путь разнузданности, личной наживы, пьянства, взяточничества, и считает своей очередной задачей основательную очистку нашей среды от всех примазавшихся к нам преступных элементов, самую суровую расправу с ними и крепкое спаяние всех советских работников»[164].

Важным условием успешной работы ВЧК и ее органов на местах являлось установление правильных взаимоотношений со всеми советскими организациями, и в первую очередь с органами юстиции. Революционные трибуналы, народные суды, прокуратура значительно окрепли к осени 1918 г., хотя и имели в своей работе значительные недостатки. При соответствующей реорганизации, а также при относительно спокойном положении в стране они могли бы принять на себя все судебные функции. Поэтому конференция полагала, что чрезвычайные комиссии как административные органы не должны брать на себя функции судебные и все законченные следствием дела должны передаваться в судебные инстанции: в Революционный Трибунал, народные суды и т. д.

В связи с мобилизацией всех сил страны для длительной войны с интервентами и белогвардейцами, в которой транспорт должен был сыграть огромную роль, от ВЧК потребовалось значительно улучшить чекистскую работу на транспорте. Теперь в сферу деятельности чрезвычайных комиссий должны были войти не только железные дороги, но и водные и шоссейные пути сообщения.

Во всех городах, где имелись окружные железнодорожные управления, при губернских чрезвычайных комиссиях конференция рекомендовала создать окружные транспортные отделы. Являясь составной частью губчека, они должны были по своей внутренней работе подчиняться непосредственно транспортному отделу ВЧК.

Помимо функций борьбы с контрреволюцией и спекуляцией, конференция считала необходимым возложить на транспортные отделы и отделения контроль за грузами и пассажирами, а также наблюдение за общим порядком на транспорте и в полосе отчуждения. Кроме того, во избежание параллелизма в работе решено было принять в ведение ЧК функции уголовного розыска, изъяв их от железнодорожной охраны, а также право выдачи пропусков на проезд.

Конференция обратила самое серьезное внимание на то, чтобы транспортные отделы чрезвычайных комиссий при исполнении своих функций ни в коем случае не вмешивались во внутреннюю административно-техническую работу органов, ведающих движением.

Именно в этот период ЦК РКП (б) и Совет Обороны приняли энергичные меры к улучшению работы транспорта.

В ночь на 30 ноября 1918 г. на всей сети железных дорог было введено военное положение, имевшее целью направить все силы и средства железнодорожного транспорта в первую очередь на выполнение военных заданий[165].

11 декабря Совет Обороны принял постановление «Об упорядочении железнодорожного транспорта». Ставились задачи — оградить транспорт от вмешательства со стороны других ведомств и организаций, прекратить задержку в продвижении военно-продовольственных грузов, а также предупредить злостные крушения[166].

В свете этих решительных мероприятий Советского правительства по упорядочению железнодорожного дела  становится совершенно очевидной своевременность и необходимость укрепления органов чрезвычайных комиссий на транспорте.

Конференция чекистов рассмотрела вопрос и о деятельности фронтовых и армейских чрезвычайных комиссий. Как отмечалось выше, первая фронтовая чрезвычайная комиссия была создана на Восточном фронте еще в июле 1918 г. Тогда же ВЧК разработала специальную инструкцию о создании аналогичных комиссий во всех фронтах и армиях. Однако в результате противодействия Троцкого организация фронтовых и армейских чрезвычайных комиссий проходила крайне медленно. Между тем уже в первых боях с белогвардейцами обнаружились факты измены и предательства со стороны части бывших офицеров, занимавших командные посты в Красной Армии. Так, например, полковник Махин без боя сдал белым Уфу, Носович и Ковалевский готовили сдачу белоказакам Царицына, главком Муравьев изменил Советской власти на Восточном фронте и т. д. Советское правительство не могло отказаться от использования старых военных специалистов. Однако привлечение их необходимо было организовать таким образом, чтобы пресекать в самом начале преступные замыслы контрреволюционных элементов. Необходимо было также оградить Красную Армию от проникновения в нее шпионов противника. Именно эту цель преследовала чрезвычайная комиссия Восточного фронта и чрезвычайные комиссии, созданные ВЧК на других фронтах. Фронтовые и армейские ЧК не являлись единственными органами, перед которыми была поставлена задача борьбы с подрывной работой в армии. В мае 1918 г. для борьбы со шпионажем в системе военного ведомства был создан так называемый Военный контроль с отделениями во всех крупнейших стратегических пунктах и на фронтах. Это был громоздкий и неповоротливый аппарат. Но главный порок заключался в том, что большинство его работников не внушало никакого политического доверия. По указанию Троцкого, аппарат Военконтроля комплектовался из так называемых «опытных людей». Это были по преимуществу бывшие офицеры, ненавидевшие Советскую власть. Получалась нелепая картина: оружие борьбы со шпионажем в армии оказалось в руках противников Советской власти. Дело дошло до того, что во главе Военконтроля одно время стоял анархист Бирзе, разоблаченный как соучастник контрреволюционного заговора Бориса Савинкова.