Тем временем команда инженеров ВМС, располагая информацией первого этапа операции, ломала голову над новым способом подъема «Элвина». Необходимо было максимально разгрузить манипуляторы главного спасателя «Элюминаута», наиболее ненадежного «узла» всей системы спасания и подъема. Для реализации этого способа были сконструированы и изготовлены в кратчайший срок новое подъемное устройство, а также механизм его крепления в носовой части «Элюминаута». Теперь при занятии исходной позиции над «Элвином» «Элюминаут», как бы «клюнув» носом, опускал подъемное устройство нового типа. Манипуляторы же, по этому плану, использовались только для удержания большого аппарата над малышом «Элвином».

Обновленный «Элюминаут» вышел из Бостона 25 августа. На следующий день вышли остальные силы соединения. Начался второй этап операции по спасанию «Элвина». 27 августа «Элюминаут» пошел на глубину в свой «последний и решительный бой». На борту находились четыре члена экипажа и два оператора спасательно-поискового комплекса. Пройдя полтора километра вглубь, «Элюминаут» доложил на поверхность, что обнаружил «Элвина» в прежнем положении: с небольшим креном на правый борт и дифферентом на корму. Работа началась. Главным было установить новое подъемное устройство… Это была утомительная работа даже для опытного экипажа. Несколько неудачных попыток… В конце концов измотанные операторы просто оторвали манипуляторами кусок ограждения рубки «Элвина», мешающий установке подъемного устройства. Только в три часа утра из глубины пришло радостное известие — задача решена! На это ушло двенадцать часов сорок минут. Еще некоторое время ушло на присоединение троса к подъемному устройству. После этого «Элюминаут» подвсплыл над «Элвином» и с помощью системы вертикального подъема дал полную нагрузку на трос. Все нормально! Трос натянулся, но подъемное устройство выдержало нагрузку и цепко держалось в люке «Элвина». Подводная часть операции закончилась. Теперь с «чистой совестью» и чувством выполненного долга экипаж «Элюминаута» мог всплывать на поверхность. Главным действующим лицом операции становилось судно «Мизар». В восемь часов утра был дан приказ на выборку троса. Барабан троса тихо закрутился на борту «Мизара». Подъем начался…

Через три часа со всеми предосторожностями свободная часть троса была выбрана, и динамометр на барабане зафиксировал нагрузку, свидетельствующую, что «Элвин» оторвался от дна и теперь начался его подъем с глубины около 1500 метров. Дело пошло быстро, уже через час «утопленник» был на глубине около 30 метров прямо под дном «Мизара». Тотчас в воду спустились боевые пловцы ВМС. Они закрепили дополнительные тросы на корпусе «Элвина», а также бережно завернули «малыша» в крепкую страховочную сеть для исключения малейших случайностей в дальнейшем. Работа на этой глубине с использованием аквалангистов заняла достаточно продолжительное время и была закончена только к половине третьего ночи 29 августа. Завернутого в сеть «Элвина» подняли еще выше к поверхности, на глубину приблизительно 12 метров. Теперь можно было сказать, что ВМС США спасли свой глубоководный аппарат, уже почти совсем потерянный по вине личного состава.

«Мизар» начал буксировку драгоценного для ВМС груза под своим днищем, двигаясь насколько возможно медленно. Этот этап операции занял почти двое суток, и только 31 августа отряд прибыл в небольшой порт Менемша Байт на побережье Новой Англии. Вскоре туда же прибыла и встала на якорь баржа, оборудованная достаточно мощным краном, чтобы осуществить подъем «Элвина» из воды. На следующий день начался завершающий этап операции. Сначала была откачана вода из обитаемой части аппарата, затем мощным усилием кран вытянул «Элвина» из-под воды и положил его на палубу баржи. Вскоре с «Элвина» было снято все оборудование, которое получило хотя бы малейшие повреждения. Заслуженный «боец спецназа» ВМС участник операции по ликвидации последствий самого опасного инцидента с ядерным оружием США вскоре должен был вернуться в строй. Однако в дальнейшем, по крайней мере в открытых зарубежных источниках, не встречалось информации, подтверждающей участие «Элвина» в какой-либо полезной для ВМС деятельности. Упоминалось, правда, об участии аппарата в исследовании останков «Титаника» в 1986 году. Этой экспедицией руководил Роберт Бэллард, который и обнаружил погибший лайнер годом ранее. ВМС США даже финансировали эти работы. По всей видимости, они представляли какой-то интерес для военно-морского ведомства США.

В операции по спасению «Элвина» ВМС США провели проверку возможностей глубоководных средств и систем, а также отработку действий личного состава по поиску и подъему объектов с океанского дна. Этот опыт был использован в дальнейшем американской военно-морской разведкой при проведении специальных операций по подъему советской техники, оружия и их фрагментов из морских глубин.

В мае 1968 года ВМС США понесли тяжелую утрату: в период трансатлантического перехода атомная подводная лодка «Скорпион», что называется, исчезла с экранов локаторов и пропала в океанских глубинах. Это была вторая потеря атомного подводного флота США за пять лет. В ВМФ СССР к тому времени затонувших атомных подводных лодок не было. Когда пришло известие об исчезновении «Скорпиона», группа доктора Крэйвена занималась устранением проблем, возникших при первых походах модернизированной «Хэлибат». Несмотря на это Джон Крэйвен как главный научный эксперт ВМС по глубоководным исследованиям со своими коллегами был привлечен к анализу гибели и поиску этой пропавшей лодки.

«Скорпион» исчезла, казалось, без всяких видимых причин: ни глубоководного погружения, как у «Трешер», ни других испытаний — ничего… Можно было предположить тяжелую навигационную аварию, ведь только недавно атомная подводная лодка «Скэмп» чудом избежала катастрофы, едва не столкнувшись с подводной горой в Тихом океане. «Скэмп» была «рядовым бойцом» — разведчиком, торопилась на слежение за советскими кораблями во время ракетных стрельб и в результате спешки чуть не погибла. Но предполагать наличие неизвестной подводной горы на Атлантике — это что-то из области пропавшей Атлантиды, да и не торопилась никуда «Скорпион», а спокойно и размеренно следовала в Норфолк. Вместе с тем необходимо заметить, что подобные случаи не были редкостью в американском подводном флоте. Сама «Скорпион» была привлечена к военно-морским учениям НАТО в марте 1968 года вместо атомной подводной лодки «Сивулф», той самой, что была кандидатом в спецназ. «Сивулф» в ходе боевой подготовки ударилась кормой о грунт в заливе Мэн и надолго выбыла из строя.

Кроме происшествий такого характера технические неполадки на подводных лодках были также повсеместным явлением. Стали вспоминать, что на «Скорпионе» были отмечены хорошо известные командованию неисправности системы аварийного продувания балласта, протечки рабочей жидкости в системе гидравлики, поступление морской воды через дейдвудный сальник гребного вала. Все это в совокупности привело к необходимости ограничить рабочую глубину погружения до 100 метров, в три раза меньше, чем должна иметь исправная лодка. К тому же было выяснено, что 589-я (такой бортовой номер имела «Скорпион») была одной из четырех атомных лодок Атлантического флота, не прошедших «посттрешеровский» ремонт и модернизацию. После гибели «Трешер» все подводные лодки под личным контролем адмирала Риковера проходили модернизацию для усиления безопасности всех систем. Для «Скорпиона» не хватало то денег, то времени… Лодка интенсивно использовалась в разведывательных операциях против советского ВМФ, деятельность которого усиливалась как на Атлантике, так и в Средиземном море. Командование ВМС США было обеспокоено увеличением числа атомных подводных лодок СССР в Средиземном море, а также безопасностью своих ракетоносцев системы «Поларис», передовая база которых находилась в испанской базе Рота на Атлантическом побережье страны. В декабре 1967 года ракетная лодка «Джордж Маршалл» столкнулась со следящей советской атомной лодкой на выходе из Роты. И теперь обычным делом «Скорпиона» и других лодок Атлантического флота было охранение своих ракетоносцев, поиск советских многоцелевых лодок, словом — участие в интенсивных противолодочных действиях.