Сама Екатерина иногда прибегала к наказанию плетью, только негласно. Жена генерала Марья Кожина однажды прошлась шуткой по адресу императрицы. Та написала Шешковскому: «Кожина каждое воскресенье бывает в публичном маскараде, поезжайте сами и, взяв её оттуда в Тайную экспедицию, слегка телесно накажите и обратно туда же доставьте со всею благопристойностью».

Для Шешковского же, что дворянин, что крестьянин – всё одно. При допросе студента Невзорова он заявил: «Государыня велела тебя бить четвертным поленом, коли не будешь отвечать». – «Нет, не верю, – кричал студент, – не могла так велеть государыня, которая написала наказ комиссии о сочинении Уложения!»

Екатерининский наказ достоин внимания.

В первой главе говорится, что Россия есть европейское государство.

Далее наказ отмечает вред гонений любой веры. Политические преступления, выраженные в словах и письменно, требуют к себе осторожного отношения во избежание предвзятости и недоразумений.

Особое внимание уделяется нравственности, говорится даже об управлении нравами: «Каждый градоначальник обязан наблюдать в подчинённых своих благопристойность нравов, так как каждый хозяин в своих домашних».

Впервые праздных и непорядочных девок начали отправлять на поселение. За содержание непотребного дома и за посещение его назначался штраф, а проституток заключали на полгода в смирительный дом.

В Москве поймали бывшего иеромонаха Симеона, выдававшего себя за архиерея. Сам он был греком. Вина Симеона «такой важности имелась, что он по поимке в Москве в Святейшем правительственном синоде из допросу и взятых у него писем явилось, будучи в Польше, назвался сам архиереем, ходил в мантии и белом клобуке и отправлял в Могилёве и Луцке, и Вильне божественные литургии, посвящая разных в диаконы, и благословил архимандрита и игумена, и сочинял лживограмоты и прочие письма, в которых назывался разно, архиепископом и митрополитом, князем и кавалером, и напоследок, будучи в Риме, учинил присягу о признании папы наместником Христовым свыше святейших патриархов».

В 1793 году Тайная экспедиция была занята розыском по делу отставного поручика Ф.Кречетова, арестованного по доносу Осипа Малевинского. Последний доносил, что Кречетов «сочиняет разные сочинения против царской власти, клонящиеся к соделанию бунта, а нередко говорил и на словах возмутительные речи, касающиеся до порицания особы Её Императорского Величества и нынешнего правления». При обыске у Кречетова нашли неизданные сочинения об учреждении в России школ, типографий, об издании книг, организации «компании путешественников» по России, о преобразовании человеческого общества на основах законности. Особое внимание Тайной экспедиции привлекла записка Кречетова об издании в России «Основного государственного закона», по которому «монархи» должны были быть лишь «блюстителями» и «стражами» этого закона, а в противном случае лишались престола. Среди бумаг был найден и текст печатного объявления об открытии подписки на его сочинения. Заглавие – «Открытие нового издания, души и сердца пользующие, о всех и о вся, и обо всём, или Российский патриот и патриотизм».

Кречетова заключили в Петропавловскую крепость «под крепчайшей стражей» без права писать и встречаться с родными.

Преследованию Тайной экспедиции в 1792 году был подвергнут купец Гавриил Попов за сочинения, в которых он под псевдонимом «Ливитов» писал о равенстве всех людей, осуждал порабощение человека человеком, продажу людей и предупреждал «вельмож» о возможности восстания «ожесточившихся земледельцев», то есть крепостных крестьян. Сочинения Попова признали вредными, и автора сослали в Спасо-Евфимьевский монастырь.

Екатерина II и Павел I были твёрдо убеждены, что «вольные мысли» и «дерзкие сочинения» появились в России под влиянием французской революции. Поэтому правительство приняло некоторые меры.

В августе 1790 года было предписано всем русским немедленно выехать из Франции. Усилили контроль за приезжающими иностранцами, особенно из Франции и Италии. В указе от 1798 года говорилось: «Развратные правила и буйственное воспаление рассудка, поправшие закон Божий и повиновение установленным властям, рассеянные в некоторой части Европы, обратили внимание наше… Приняли мы все меры к ограждению зла от пределов империи нашей, предписав пограничным губернаторам о строгом наблюдении за всеми теми, кои в империю нашу приезжать пожелают».

В апреле того же года циркулярным указом Павла I было предписано выдавать иностранные паспорта на въезд в Россию только после получения личного разрешения императора. В результате въезд иностранцев резко сократился.

В январе 1792 года в Тайную экспедицию присланы «три француза – Аже, Дарбель и Миош, на которых донесено, что они в кофейном доме говорили дерзостные о государях вообще слова». По следствию же в Тайной экспедиции оказалось, что Аже и Дарбель подлинно люди дурного поведения и бродяги. Французов выслали за границу.

В 1800 году в Москве арестовали домашнего учителя семьи полковника Нарышкина француза Мерме по подозрению в якобинстве. На вопрос: «Кто якобинцы в Москве?», заданный Мерме в Тайной экспедиции, он ответил: «Якобинцы там следующие: мадам Рашель, живущая у Ивана Ивановича Демидова, Лебон – учитель её посещающий, Франсуа – гувернёр детей вдовы Салтыковой, Фай-лет девица Марк». Кроме них, Мерме указал также на Ле-кеня, «содержателя музыкального собрания в Москве».

На вопрос, связан ли он с якобинским клубом в Париже, Мерме ответил отрицательно. Все лица, им названные, были арестованы и допрошены в Тайной экспедиции.

Лекень показал, что в Россию приехал в 1785 году и работал столяром пять лет. После он стал в Москве учредителем музыкального общества под именем Академии музыки. В доме Академии Лекень содержал «стол и бильярд» и давал «концерты, нанимая музыкантов у московских дворян Столыпина, князей Трубецкого, Волконского и Волынского».

Намерение чиновников Тайной экспедиции придать делу «московских якобинцев» крупное значение, не увенчалось успехом. Павел I, несмотря на свою ненависть к якобинцам, вынужден был признать, что в поведении арестованных ничего революционного не было. Поэтому все они были освобождены, а музыкальное общество вновь открыто.

Ввели строжайшую цензуру. Любое произведение, содержание которого в какой-то степени касалось событий французской революции, не допускалось к изданию. Все печатные произведения такого характера, уже вышедшие в свет, изымались из продажи и в большинстве случаев уничтожались. Таким образом, поступили с игральными картами с изображением санкюлотов вместо обычных фигур, которые появились в продаже в Ревеле.

Литографская картина с изображением казни Людовика XVI была изъята из продажи и сожжена по указанию Екатерины, велевшей «поступать таким же образом и впредь, если где таковые найдутся». Тут императрица полностью одобрила мнение ревельского губернатора Репина, что «сие богомерзкое дело обращается в публике допускать не должно».

Генерал-прокурор Самойлов с возмущением выговаривал московскому главнокомандующему Прозоровскому по поводу плохой работы московских цензоров, допустивших выпуск книг «Любопытный разговор в царстве живых о французской революций» и «Разговор в царстве мёртвых несчастного Людовика с императором Леопольдом II и Густавом III шведским». Эти книги у продавцов отобрали, новые типографии открывать запретили.

По традиции Тайная экспедиция занималась и преследованием раскольников.

Управитель Коростинской дворцовой волости Новго родской губернии асессор Будаков избиениями, денежными вымогательствами, различными поборами, изнурительной работой довёл в 1762 году крестьян-раскольников этой волости до крайнего возбуждения.

Попытка Будакова силой заставить раскольников деревни Псижи посещать церковь переполнила чашу их терпения. Раскольники решили предать себя огню. Руководителем этого своеобразного протеста был крестьянин деревни Псижи – «наставник» местных раскольников Ефим Петров. По предложению Петрова крестьяне отказались от выполнения всех работ и через некоторое время собрались в молельный дом для самосожжения.