По обыску у Попова отобрали рукописи «Жизнь и смерть Евдокима Никитича Дрожжина», «Перевод евангелия» и «Заключение к последнему отчёту о помощи голодающим» Л. Толстого, а также литографированные брошюры «Учение о христианском непротивлении», «Трудолюбие или торжество земледельца», «Война» ДРаймонда, «Предисловие к краткому изложению Евангелия» Л. Толстого и несколько писем последнего. Попов при обыске также отказался дать подписку о неотлучке из Москвы и о том, что претензии относительно порчи вещей при обыске не имеет…

Однако цель полиции не была вполне достигнута, в чем она и убедилась вскоре, ознакомившись с письмами Попова, добытыми перлюстрационным путём, написанными им после обыска. В одном из них – к Л.Н.Толстому – он сообщил, что «все черновики целы». Другу своему, В.Г.Черткову, он написал: «Сохранились все документы, нужные для биографии, кроме полученных за самое последнее время». И ещё: «Бумаги я поместил так, что они не могут быть взяты… Просить возвращения желательно было бы всего, но этого не исполнят. Третьего дня проводил в Сибирь одного штундиста. Вчера был в охранном отделении и заявил, что на три дня уеду к матери и что впредь отказываюсь давать подобные сведения». И ещё, тому же Черткову: «Частным образом узнал, что у меня собираются сделать обыск… Опять приходится переживать тревожные ночи…» Приятелю своему Королькову Попов написал: «Из всего у меня забранного жаль писем по этому делу, жаль, что по ним могут привлечь многих. Есть письма Коли, которого могут за это бить и убить. Уберите в сохранное место, что вы имеете. Я под следствием. Может быть, сошлют, как посмотрят в Петербурге. Главное, я не знаю, откуда все началось. А жизнь Е.Н. так хороша, что тем, которые забрали все у меня, полезно будет почитать, может быть, им стыдно сделается, что они замучили такого чистого и святого человека. У меня сохранились почти все нужные документы».

На этом недоразумения не закончились: оказалось, по сведениям Департамента полиции, что жандармский офицер, производивший обыск у Попова, объяснил ему, что «всему виною – дело Дрожжина и переписка о нем». Таким образом к прежней задаче – секвестру документов о Дрожжине, оставшейся невыполненной, прибавилась новая: надо было выяснить проболтавшегося офицера.

В конце концов Департамент полиции сообщил меланхолически охранному отделению: «Бумаги о Дрожжине не находятся в руках Попова, а помещены им куда-то, где они не могут быть взяты, ни сгореть…»

Между тем Попов продолжал собирать материалы о Дрожжине, очевидно, на его запрос некий Скоробогать-ко сообщил ему: «Писем покойного у меня нет». Другой корреспондент, Д.Кореньков, писал Попову из Чернигова: «Я друг Е.НДрожжина, и трудно вспомнить минуту, в которую лишился товарища через „варваров“, вынувших душу невинного раньше, чем следовало… Я был посажен в тюрьму за вывоз иконы в церковь… Ваше предложение о похождениях моих с братом и в тюрьме могу выполнить…»

В конце концов биография Дрожжина, написанная Поповым, появилась в печати в том же 1895 году, в берлинском издании Ф.Готгейнера.

Потерпев неудачу, охрана шире раскинула перлюстрационную сеть. «Агентурные сведения» Департамента полиции посыпались как из рога изобилия. Вот некоторые из них.

Разыскиваемый Антон Васильев думает вернуться в Москву; А. Анненкова озабочена тем, как его укрыть, о чем переписывается с Изюмченко и Дунаевым. Несколько позднее Департамент полиции сообщил: Васильев в Москве, посещает Татьяну Толстую.

Далее: Кандидов, живущий в помещении редакции «Посредника» (штаб толстовцев), пишет Бабину: «От полиции ждём обыска».

О.Коссовская в письме к И.Горбунову-Посадову (заведующему редакцией «Посредника») просит достать брошюру «Тулон».

М. Толстая сообщает ЛАнненковой: «Папа пишет катехизис, но работа подвигается медленно, все переделывает сначала… Мы ждём чего-нибудь из-за присяги, но не призывали никого…»

Ф. Страхов пишет Попову: "Вашу статью о Дрожжине я имею поместить… На днях собираюсь читать молоканам «Ц.Б.» – мой экземпляр читается по Урюпину нарасхват… У этих молокан три пункта помешательства: 1) боговдох-новенность всей библии, 2) необходимость чудес, 3) божественность Христа… Что предпринял Л.Н. по просьбе жены Кудрявцева? Жду с нетерпением «Тулона»…

6 сентября 1894 года директор Департамента полиции предложил Московскому охранному отделению «обратить серьёзное внимание на П.Н.Шарапову и воспользоваться первым случаем для привлечения её к дознанию».

По сведениям, полученным Департаментом полиции в марте 1895 года, М.Шопп должен был взять у Бирюкова письмо для П.Шараповой в Женеву, но оно было сдано почтой.

Согласно тем же указаниям, Попов, Сычёва и Колмогорова собираются открыть склад народной литературы; сообщая об этом, Департамент полиции предупредил, что разрешение на открытие такового склада выдавать не следует.

30 марта 1895 года директор Департамента полиции телеграфировал Московскому охранному отделению о том, что из Петербурга в Москву выехали курьерским поездом П.Бирюков и ВЛертков, за которыми следует учредить дальнейшее наблюдение…

Но этим дело и ограничилось. В то время как провинциальные власти пошли уже походом против толстовцев (в октябре того же года, например, Эриванское губернское жандармское управление возбудило дознание о кавказских духоборах и запрашивало Московское охранное отделение о Бирюкове, Попове, Дунаеве и Леонтьеве), в Москве, где была их штаб-квартира, на них почти не обращали внимания. И только в январе 1895 года, когда у Бирюкова в квартире проживал без прописки документа М.Шарапов, полиция составила об этом протокол. И в этом случае Бирюков остался верен себе и заявил письменно следующее: «Я отказываюсь дать объявление полиции, так как по моим религиозным убеждениям не считаю должным как участвовать в полицейских следствиях, так и вообще принимать участие в делах правительства, как такового, считая всех людей братьями и допуская только один род отношений между людьми: любовно-разумный или, что то же, христианский».

Чтобы доказать, что в действительности между людьми существует иной «род отношений», Бердяев представил доклад, по которому Бирюкова оштрафовали на 100 рублей за нарушение обязательных постановлений…

Если по отношению к Толстому и его последователям центральная власть не проявляла той активности, которая была ей свойственна в борьбе с общественностью, то это не значило, что они были оставлены без всякого внимания. «Департамент препон» был настороже и готовился к наступлению. В декабре 1895 года из Петербурга было предписано охранным учреждениям добыть изданное будто бы Поповым «Открытое письмо к обществу по поводу гонений на лиц, отказывающихся от участия в государственных насилиях». В октябре 1896 года Департамент полиции потребовал доставить ему сочинение Толстого «Христианское учение», которое он, по агентурным сведениям, только что кончил и «намеревается выпустить его нелегальным путём…»

В том же году в провинции возникло несколько жандармских расследований, нити от которых протянулись к наиболее видным представителям толстовщины.

Бирюкова чуть не привлекли к дознанию, возникшему в Карской области (адрес его нашли у духоборов-постников). Павлом Буланже заинтересовались одновременно и в Эриванской губернии, и в Новозыбковском уезде, куда им была послана казаку Шидловскому толстовская брошюра, и в Херсонской губернии, где он вёл пропаганду среди штундистов Елисаветградского и Уманского уездов. В той же губернии возник вопрос о Трегубове (Иван Михайлович), который уже подлежал, согласно постановлению Особого совещания, высылке в г. Гольдинген, Лифляндской губернии, под гласный надзор полиции сроком на 5 лет, но вовремя скрылся.

Делу Трегубова суждено было сыграть особую роль в истории толстовщины. Полиция усердно искала скрывавшегося. Агенты были командированы в имение его родственника – А.М.Трегубова при селе Лаптеве и в соседнее поместье князя Грузинского, куда наезжал в гости Л.Н. Толстой. Но Трегубов обнаружился сам собой: он написал письмо, которое было перлюстрировано, князю Илье Петровичу Накашидзе, жившему тогда в Москве, прося его поместить оставленные у него рукописи и нелегальщину у Дунаева. Этого полиции только и надо было. 30 марта 1897 года у Дунаева была произведена «выемка», давшая полиции крупную добычу: две корзины с документами. 8 апреля был арестован на Кавказе и сам Трегубов.