Допрошенный при следствии в качестве обвиняемого Борис Мельницкий признал себя виновным в пособничестве Федору Мельницкому в присвоении 307 тысяч 500 рублей и объяснил следующее: еще дня за 4 или за 5 до 3 ноября 1881 года отец попросил набить чучела глухаря, глухарки и двух зайцев, мотивируя такую просьбу желанием кому-то их подарить, а вечером 1 ноября, когда все в доме легли спать, позвал его к себе в спальню и шепотом сообщил, что его денежные дела находятся в плачевном положении, а между тем он растратил казенные деньги и боится остаться нищим, если собственные его средства пойдут на пополнение растраты; поэтому он решился украсть те 300 тысяч рублей, которые предстоит получить для Воспитательного дома 3 ноября и, обдумав уже давно такое намерение, избрал его, Бориса, в помощники; если же тот откажется от участия, то ему остается одно — застрелиться. Обвиняемый пытался удержать отца от исполнения задуманного и сам отказывался сначала от всякого содействия, но, убежденный доводами отца и — главное — угрозой его лишить себя жизни, согласился оказать помощь к совершению преступления. Тогда Федор Мельницкий наметил в общих чертах план дальнейших действий, порешив, что Борис в назначенное время выйдет к Варварским воротам, примет там от него саквояж с деньгами, унесет его домой, переложит в заготовленные чучела глухарей и зайцев и будет затем держать их у себя. На другой день, 2 ноября, план этот был развит в подробностях, и Федор Мельницкий сообщил, между прочим, что, передав сыну саквояж, он отправился к прокурору заявить ему о похищении у него денег во время обморока и вообще протянет время, дабы дать Борису возможность спрятать деньги, а вместе с тем дал совет тратить последние не сразу, а понемногу и потихоньку. Согласно условию, 3 ноября в 11 часов утра из правления Воспитательного дома к Борису Мельницкому явился счетчик Николаев, принесший от отца его книгу, в которой была вложена записка, содержащая только три слова: «Ровно в час», и вследствие этого Борис Мельницкий, без 10 минут час выйдя из дома, направился к часовне у Варварских ворот. Когда он достиг их, туда подходил уже шедший от Солянки Федор Мельницкий, но, увидев проходившего мимо какого-то человека, мигнул; сыну, чтобы он отошел в сторону, а по удалении неизвестного подошел к Борису, молча вручил два саквояжа, один из которых был с деньгами, и скрылся сам в ворота. Борис же Мельницкий немедленно возвратился домой, вошел в квартиру через парадную дверь, которую ему отворила Прасковья, прошел прямо в свою комнату, запер дверь ее на крючок и тотчас приступил к укладке денег в чучела, а не поместившиеся около 100 тысяч рублей уложил в 2 папки и спрятал в ящик комода, заложив всяким старьем. Оба же саквояжа сжег на другой день в печке. Таким образом, деньги хранились в указанных местах до лета 1882 года, а летом чучела с деньгами, упакованные в ящики, были отправлены через возчика, договоренного кухаркою Анисьей, в имение при селе Покровском Корчевского уезда, куда потом отосланы и остальные деньги, переложенные из комода в шкатулку; последнюю отвозила вместе с другими вещами нянька Аграфена, которая, однако, о деньгах ничего не знала. В Покровском деньги остались до тех пор, пока после осуждения Федора Мельницкого не прошел слух, что имение его будет продано на пополнение растраты. Тогда Борис Мельницкий с сестрой Варварой взял из Покровского шкатулку, а ящик с чучелами по его приказанию был привезен в Москву управляющим Матвеем Антоновым. Все это было поставлено на время в квартире при магазине; но вскоре Борис Мельницкий вручил все деньги на сохранение невесте своей Елене Блезе, которой еще раньше открылся во всем и у которой уже хранились его процентные бумаги с частью денег, всего тысяч на 20.
Впоследствии Елена Блезе, признавшись, в свою очередь, Дорвойдту, передала ему полученные от Мельницкого деньги, и тот уложил их в купленные нарочно для этой цели две тумбы, а не поместившиеся спрятал в ящик в комоде между грязным бельем, где они и найдены при обыске. Из показания Бориса Мельницкого видно, что в 1-й раз он начал тратить переданные отцом деньги месяца 3 спустя после совершения преступления, но тратил сначала изредка, разменивая отдельные сторублевые билеты, потом чаще и чаще, покупая иногда ненужные вещи; в марте же и апреле 1882 г. по совету отца стал приобретать уже в меняльных лавках в Петербурге разные процентные бумаги, называясь при покупках фиктивными фамилиями. Таких бумаг куплено было тысяч на 20, и они впоследствии переданы Дорвойдту, у которого найдены. Далее, из тех же денег обвиняемый производил траты на содержание отца и членов семьи, в том числе сестры Варвары, уплатил долги отца: 900 рублей помощнику его по должности казначея Колмовскому и 1 тысячу 500 руб. подрядчику Валькову, дал взаймы товарищу Милюкову около 3 тысяч рублей, внес за защиту отца присяжному поверенному Курилову 2 тысячи рублей и передал в разное время Дорвойдту 11 тысяч рублей, сестре Валентине Гетманчук 15 тысяч рублей и тетке Вере Мельницкой 7 тысяч рублей. По объяснению Бориса Мельницкого, передавая деньги Милюкову, он сказал, что дает ему из числа сохранившихся у отца, так что Милюков об истинном происхождении не знал, а Курилову, Колмовскому и Валькову платил от имени дяди Льва Илиодоровича Мельницкого, который, зная уже о присвоении Федором Мельницким казенных денег и о нахождении их у Бориса, сам давал советы уплатить частные долги брата и был согласен на уплату вознаграждения Курилову. Что касается Валентины Гетманчук, Варвары и Веры Мельницких и Дорвойдта, то все они, принимая деньги, знали, что таковые составляют часть похищенных. Валентина Гетманчук узнала о преступлении в апреле 1882 года из записки отца, переданной через Варвару Мельницкую, и сначала до того возмутилась, что прекратила сношения с Борисом, ответила резким письмом отцу и сама переехала на отдельную квартиру; но потом, в июне или в июле, по возвращении из Заречья, имения дяди, помирилась с братом и решилась брать от него деньги. С этого времени до судебного заседания по делу отца ей было передано около 5 тысяч рублей, а после заседания Борис в один раз вручил ей 20 тысяч сторублевыми билетами, из которых она в декабре возвратила ему 10 тысяч рублей в двух пачках по 6 тысяч и 4 тысячи рублей до более удобного времени. Вера Мельницкая узнала о присвоении казенных денег от Бориса Мельницкого, который под влиянием слухов о том, что номера похищенных сторублевых билетов записаны, признался ей в своем участии и просил даже спрятать на время деньги. Она от этого отказалась, но в сентябре, когда ей понадобились деньги для выдела пасынков, взяла у него 7 тысяч рублей сторублевыми билетами. С Альбертом Дорвойдтом Борис Мельницкий познакомился лет 5 тому назад по тому поводу, что он женился на Варваре Блезе, мать которой была гувернанткой покойной жены Федора Мельницкого, и сблизился с ним весною 1882 года, когда он решился завести свое собственное торговое дело. На это дело сам обвиняемый предложил ему 5 тысяч рублей, сказав, что деньги удалось припрятать после ареста, а впоследствии дал еще около 6 тысяч рублей, не скрывая уже, из каких источников их почерпнул. Варвара Мельницкая, по словам Бориса Мельницкого, узнала о преступлении случайно из незапечатанной записки, которую ей вручил отец для передачи Валентине, и пользовалась потом деньгами от брата, который, впрочем, не давал ей более 25 рублей в один раз. Наконец, Лев Мельницкий узнал о деньгах от Бориса весною 1882 г., и в первое время советовал ему куда-нибудь их подкинуть, но затем сказал, что делать нечего, надо так оставить. Впоследствии обвиняемый не раз советовался с ним относительно способов употребления денег. Лев Мельницкий некоторые намерения его одобрял, как, например, по поводу приобретения процентных бумаг, высказавшись в этом случае словами: «Это хорошо». Кроме того, Федор Мельницкий, рассчитывая на оправдание его по обвинению в присвоении 307 тысяч 500 рублей и думая в этих видах пополнить мелкие растраты, велел сыну купить на 20 тысяч рублей процентных бумаг и передать их дяде, с тем, чтобы тот уже от своего имени и своими деньгами расплатился в указанных выше целях. Лев Мельницкий и был согласен на это, но не выполнил обещания, рассудив, что уплата по мелким растратам не могла повлиять на освобождение его брата от обвинения в присвоении 307 тысяч 500 рублей.