В конце апреля 1613 г. Земский Собор получил от боярина Шереметева и «людей всех чинов», а также от самого царя, который в это время находился в Троицком монастыре на пути из Костромы в Москву, жалобы на бесчинства казаков. Скорее всего, письмо царя было написано Шереметевым или, во всяком случае, по его совету. Царь потребовал принять против грабежей строгие меры. Он особо подчеркивал бессмысленную жестокость казаков.617

Правители прекрасно знали, что казаки не пожелают подчиниться никаким приказам и их необходимо убедить самих принять необходимые меры. Этот подход себя оправдал. В ответе царю Земский Собор доложил, что царское послание торжественно зачитали в Успенском соборе казакам и «всем людям», и казаки поклялись верно служить царю, изловить и наказать бандитов. Казаки установили собственную систему инспектирования своих лагерей (таборов). Общим решением всех казаков была назначена комиссия из двух атаманов для периодической проверки людей в каждом подразделении и ареста бандитов, нашедших там убежище. Кроме того, казацкая военная полиция должна была патрулировать улицы Москвы и ее пригороды.618

Отношения с казаками внутри Московии, таким образом, более или менее нормализовались. Но ситуация с внешними казаками, особенно с группой Заруцкого и Марины, вызывала серьезные опасения и с военной, и с политической точек зрения. Еще до прибытия царя Михаила из Костромы в Москву временное правительство выслало против Заруцкого войска под командованием князя И.Н. Одоевского. В мае 1613 г. Одоевский сразился с ним у Воронежа. Заруцкий и Марина отступили в Астрахань. Разместив в Астрахани свой штаб, Заруцкий отправил шаху Персии посла с просьбой принять его в качестве вассала. Одновременно Заруцкий готовился к походу на Московию вверх по Волге и призывал всех казаков поддержать его.

Для московского правительства ситуация становилась угрожающёй. Все зависело от отношения независимых казацких армий, особенно от самой сильной из них – Донской.

Собор направил в Донскую армию послание, официально объявляя казакам об избрании Михаила и побуждая их выступить против поляков на защиту православной церкви. Вместе с посланием Донская армия получила деньга, обмундирование, селитру, порох, водку и провиант. Донские казаки изъявили свое желание служить Михаилу так же верно, как они служили его предшественникам. Звонили церковные колокола, служились благодарственные молебны.619

Тогда донских казаков еще не попросили помочь Москве справиться с Заруцким. Такой шаг представлялся неуместным. Однако, когда стало ясно, что с Заруцким не удастся покончить одним ударом, московское правительство было вынуждено обратиться к войску Донскому. Пока же царь пожаловал войску Донскому привилегии и государственное знамя. Последнее являло собой знак его благоволения к армии и символизировало присоединение к государственным войскам.620

18 марта 1614 г. царь, епископы и Собор направили донским волжским казакам послания, убеждая их не поддерживать Заруцкого, а, напротив, помочь Москве остановить его.621 Одновременно Собор обратился и к самому Заруцкому, убеждая его оставить Марину, тогда царь даровал бы ему прощение.622

Донские казаки, в свою очередь, написали Волжской, Терецкой. Яицкой казацким армиям, рассказывая о царских милостях и подарках (к этому времени пожалованных всем казацким армиям) и призывая хранить верность царю и не поддерживать его врагов (имя Заруцкого не называлось).623

Тогда как многие из бедных казаков симпатизировали Заруцкому, большинство отвернулось от него. Посадские Астрахани поднялись на открытое восстание против Заруцкого. Он со своими последователями удерживал астраханский кремль (крепость), но контролировали его враги.

Терецкие казаки и стрельцы тоже решили поддержать и хранить верность «московским чудотворцам», как они называли прежних московских митрополитов, канонизированных в – шестнадцатом веке. Терецкий народ решил отправить в Астрахань, чтобы помочь астраханцам сражаться с Заруцким, Василия Хохлова с семьюстами воинами. Когда Хохлов прибыл в Астрахань, Заруцкий и Марина бежали к яицким казакам. В этот момент князь Одоевский подошел к Астрахани с севера и отправил в Яицкий Городок два подразделения стрельцов. Сначала яицкие казаки пытались оказать стрельцам сопротивление, но скоро перешли на сторону, поклялись в верности царю и выдали стрельцам Заруцкого и Марину (25 июня 1614 г.).624

Заруцкого и Марину доставили в кандалах и с сильной военной охраной в Москву. Охрана имела приказ убить пленников, если соратники Заруцкого попытаются освободить их, однако такой попытки не произошло.

В Москве по приказу царя и Боярской Думы Заруцкого посадили на кол, царевича (сына Марины) повесили, а Марину заключили в тюрьму в Коломне, где она вскоре умерла от горя и страданий.625

Личность и судьба Марины произвели сильное впечатление на русских. Поддерживавшие ее и Заруцкого казаки восхищались ею. Для большинства московитов она была ненавистной еретичкой и ведьмой. И те, кто восторгались ею, и те, кто порочил ее, считали, что она обладает сверхъестественной силой.

Свадьба Марины с первым самозванцем стала сюжетом нескольких народных песен. В большинстве из них описывается также смерть Дмитрия. Согласно одному из вариантов, когда Марина увидела напавших на дворец заговорщиков, она превратилась в сороку и вылетела в окно.626

Образ Марины проник в фольклорную поэзию былинного стиля, основанную на древних образцах. Новая версия былины о богатыре Добрыне Никитиче была сложена, по всей вероятности, вскоре после смерти Марины. В этой версии Марина появляется как чародейка, которая помогает дракону (Змею Горынычу) в сражении с Добрыней, заговаривая богатыря. Добрыня, однако, избегает ловушки и убивает Марину.627 В процессе изменения былины о Добрыне с двенадцатого века до пятнадцатого столетия дракон олицетворял сначала половецких, а потом татарских ханов. В новой версии дракон, судя по всему, символизирует Заруцкого.

Подавление независимого движения казаков под руководством Заруцкого позволило Собору уделить больше внимания борьбе с иностранными врагами, окопавшимися на русской земле, шведами и поляками.

Трудность ситуации заключалась в том, что приходилось иметь дело с двумя враждебными силами одновременно. Правительственные вооруженные силы были недостаточно мощны, чтобы вести войну на два фронта, и только активное сотрудничество с населением районов, занятых иностранными армиями, позволило правительству удержать столько русской земли, сколько оно удержало.

Летом 1612 г. король Густав Адольф решил сам добиваться престола. Он отправил новгородцам уведомление о своей готовности приехать в Новгород и принять царскую корону, как только согласится Москва. Уверенный, что новгородцы в любом случае изберут его царем, он начал даровать шведам поместья во владениях Новгорода.628

Король, таким образом, повторил путь Сигизмунда. Реакция русских тоже повторилась, поскольку большая часть новгородского населения решительно отвернулась от шведов.

Скоро король понял свою ошибку и в октябре 1612 г. пообещал новгородцам прислать Карла Филиппа в Выборг для за переговоров о его избрании на царство.629