Возмущение по поводу подобных противозаконных действий разгоралось среди жителей Москвы, и наконец, 25 июня 1662 г. в Москве вспыхнул бунт. Толпы возбужденных горожан ринулись к летней резиденции царя Алексея Михайловича – Коломенскому. Царь пообещал предать суду и наказать виновных чиновников. Он объявил, что вскоре сам лично прибудет в Москву. После этого горожане начали грабить дом богатого купца Василия Шорина, которого подозревали в спекуляции медными деньгами. Хованский убеждая бунтовщиков прекратить разбой и дождаться приезда царя. Бунтовщики, в свою очередь, потребовали, чтобы им немедленно выдали основных виновных. Они захватили сына Шорина в качестве заложника. Сам Шорин вынужден был укрыться в Кремле.

После первого появления московских горожан в Коломенском, царь направил посланника к Артамону Матвееву, приказывая ему привести два полка стрельцов из Москвы в Коломенское. Одновременно, князю Юрию Ромодановскому был отдан приказ явиться в Коломенское с отрядом солдат «нового строя» (т.е. обученных иностранными офицерами).

Тем временем тысячи бунтовщиков нагрянули в Коломенское второй раз. Они обратились к царю с просьбой снизить налоги и потребовали выдачи тех бояр, которых они считали «предателями», виновными в притеснениях. На какое-то время царь почувствовал себя во власти толпы. Однако, в этот самый момент появились стрельцы и вместе с дворцовой гвардией набросились на бунтовщиков, которые в беспорядке бежали. Между прочим, совсем немногие из них имели действительно мятежные намерения по отношению к самому царю. Они пришли искать у него правосудия. Лишь небольшая группа рассчитывала на применение силы. Около сотни бегущих бунтовщиков утонуло в Москве-реке, более тысячи было убито преследователями и намного больше арестовано. Из них немногие зачинщики были казнены, а остальные высланы в дальние города.1141

На следующий год чеканка медных рублей была прекращена и возобновлен выпуск серебряных денег.1142

В это самое время на Украине казаки Юрия Хмельницкого при поддержке поляков и татар напали на Переяслав, но были отброшены казаками Сомко и московскими войсками. Юрий отступил к Чигирину, который он мог у держать только с помощью татар. В качестве платы за поддержку, татары разорили всю местность в округе. Население справедливо возлагало всю вину за это на Юрия. Запорожцы резко потребовали его отставки. Он сложил булаву и в январе 1663 г. принял постриг под монашеским именем Гедеон. В Чигирине собралась рада правобережных казаков и выбрала на гетманство последовательного сторонника Польши Павла Тетерю.

На левом берегу шурин Богдана Хмельницкого – Василий Золотаренко – выдвинул свои требования на гетманскую булаву против действующего гетмана – Сомко (который тоже был родней Хмельницкого). Ситуация еще более запуталась с появлением третьего кандидата – запорожского кошевого атамана Ивана Мартыновича Брюховецкого. С помощью запорожцев Брюховецкий взял верх над своими соперниками и был избран гетманом на шумном собрании общей рады 18 июня 1663 г. После рады Золотаренко и Сомко предстали перед казацким войсковым судом, где были обвинены в измене (Сомко продолжал вести переписку с Тетерей) и, в соответствии с этим, казнены.

В конце 1663 т. Польша предприняла яростные усилия, чтобы отвоевать левобережную Украину. Король Ян Казимир сам повел через Днепр польские войска, усиленные казаками Тетери и пятью тысячами татар. Полякам удалось штурмом взять Лохвицу. Это была пиррова победа, достигнутая ценой огромных потерь. Тетере не удалось захватить Гадяч, а королевская армия потерпела поражение возле Глухова, после чего у Яна Казимира не осталось иного выбора, кроме как отступить, и вся кампания закончилась неудачей.

Поражение короля стало сигналом для вспышки целого ряда восстаний против поляков на правом берегу Днепра. Некоторые города, включая Браслав и Умань, заявили о своем желании перейти на сторону Москвы. Неудовлетворенность украинцев польским правлением в то время, видимо, лучше всего можно проиллюстрировать резкой переменой отношения Выговского к Польше. Будучи оскорблен тем, что поляки исказили самый дух Гадячского соглашения, Выговский в тайне согласился возглавить заговор против польского правления на Украине. Если это предприятие будет успешным, то заговорщики намеревались просить царя Алексея о прощении и милости.

Когда Тетеря и командир польских войск, полковник Маховский, узнали о роли Вьговского в заговоре, они пригласили его в свой лагерь под предлогом обсуждения какого-то важного дела. Как только Выговский приехал, его тут же арестовали и предали казни. Так кончилась его изменчивая и бурная карьера.1143 Получив известия о судьбе Выговского, левобережный гетман Брюховецкий выпустил особую прокламацию (универсал), где объявил, что Выговский умер как мученик за православную веру.

После этого Польша направила своего лучшего военачальника того времени – Стефана Чарнецкого – на войну против казаков Брюховецкого, которых поддерживал небольшой отряд москвичей и калмыков – вассалов царя Алексея. Он повел свои войска в район Канева, Черкасс и Чигирина. С помощью казаков Тетери Чарнецкий смог сохранить Чигирин за Польшей. Затем он повернул на запад против мятежных казаков браславского и уманского полков.

Брюховецкий направлял отчаянные просьбы к царю, чтобы тот прислал как можно больше войск на западный берег для оказания помощи в сопротивлении полякам и татарам. Однако московское правительство на тот момент было не в состоянии помочь ему, так как война с поляками в Белоруссии требовала от Москвы максимального напряжения. Помимо этого, московские финансы находились в отчаянном положении.

Для Москвы было трудно удерживать в полевых условиях на правом берегу Днепра даже то небольшое подразделение, которое было послано туда ранее. Войска устали от трудных переходов и постоянных боев и жаловались на то, что не получают обмундирования и провизии. Солдаты дезертировали группами и расходились но домам. В конце сентября 1664 г. один из наиболее активных московских командиров на правобережной Украине – Касогов – сообщал царю, что к 18 сентября под его командованием находилось всего пятьдесят девять солдат-пехотинцев, и что на следующий день дезертировало двадцать четыре кавалериста и восемнадцать пехотинцев, а у него самого больше нет денежных средств и продовольствия.1144 Более того, офицеры московской армии жаловались на то, что гетман Брюховецкий отказывается обеспечивать их пищей, несмотря на то, что сам он сделал большие запасы продовольствия. Брюховецкий резко возражал, говоря, что распределил большую часть средств среди московских солдат, но те просто напросто продали их и дезертировали.1145

Чарнецкий умер весной 1665 г. Его преемник на посту командующего потерпел поражение при Белой Церкви, нанесенное объединенными силами москвичей, казаков и калмыков. Это привело к временному затишью в ходе военных действий. Брюховецкий решил использовать эту ситуацию, чтобы совершить поездку в Москву и, как говорилось, «увидеть ясные царские очи».

Как Брюховецкий, так и московское правительство стремились реорганизовать систему управления Украиной для того, чтобы покончить с хаотическим состоянием украинских дел. Обе стороны считали, что необходимо укреплять власть гетмана над казаками. В то же самое время Москва хотела усилить власть царя над гетманом, для достижения чего сочли необходимым сделать царскую службу более привлекательной для гетмана, давая ему разнообразные личные и общественные привилегии и высокое положение при царском дворе. Брюховецкий проявил себя вполне отзывчивым на этот аспект московского плана, особенно ввиду разногласий между ним и украинскими городами и его столкновений с украинским духовенством.