Кроме того, некоторой модернизации подверглась система управления "Ятаган".

Тем не менее, внедрение ракет В-601 во флоте затянулось. Первые 7 кораблей получили В-601 в течение 1967 года.

В 1974-1976 годах была проведена очередная модернизация комплекса, который получил название "Волна-П". В ходе модернизации была повышена помехозащищенность как непосредственно радиоканалов управления ракетой, так и путем введения в состав корабельной системы управления оптических каналов сопровождения цели (телевизор 9ШЗЗ).

В последующем, когда опять встала проблема защиты кораблей от низколетящих ПКР, была проведена еще одна модернизация комплекса ("Волна-Н") с использованием ракеты В-601 М, обеспечивающая поражение цели на высоте 3-5 метров над гребнем волны.

Вслед за ПУ ЗИФ-101 на заводе №7 была создана спаренная установка ЗИФ-102. Принципиальным отличием новой ПУ была подача ракет конвейерного типа, вместо барабанного. В результате боекомплект одной ПУ возрос с 16 до 32 ракет.

Говоря о комплексе М-1, нельзя не упомянуть о трагедии 30 августа 1974 года, в результате которой затонул большой противолодочный корабль "Отважный". В 10 часов 01 минуту сработал маршевый двигатель ракеты В-601, находившейся в барабане в кормовой ПУ ЗИФ-101. Всего в погребе было 15 боевых ракет и одна учебная болванка. Через 15-20 секунд сработал стартовый двигатель, вызвавший детонацию других ракет. На корабле начался пожар. Хотя вокруг "Отважного" находилось 28 кораблей и катеров, а до крымского берега было всего 19 миль – буксировка корабля была организована бестолково, и в 15 часов 57 минут (т.е. через 5 часов после взрыва) корабль затонул.

Так же, как с "Императрицей Марией" и "Новороссийском" причины катастрофы не были установлены. Тем не менее версию самопроизвольного срабатывания маршевого двигателя комиссия отклонила, т.к. конструкция ракеты имеет ряд блокировок, исключавших такую ситуацию. Наиболее вероятная причина запуска двигателя – появление индукционного тока , наведенного РЛС соседних кораблей (взрыв произошел в ходе учений, но запуск ракет с кормовой ПУ даже не планировался). Вторая версия – "умышленное воздействие на ракету". Диверсия, разумеется, самая тривиальная версия, но она же единственная бесспорная версия. Тем более, что самопроизвольных запусков маршевых ступеней на других кораблях и сухопутных комплексах С-125 с В-601 не было.

Несмотря на отдельные недостатки, комплекс М-1 оказался в целом удачным и получил широкое распространение в отечественном ВМФ, и до сих пор находится на вооружении.

Формально и фактически М-1 был первым универсальным ракетным комплексом. Уже в середине 60-х годов наши моряки научились поражать ракетами В-600 и В-601 надводные цели. По воспоминаниям моряков, плававших в Средиземном море на крейсерах пр.58 бок о бок с американскими кораблями, при обострении ситуации на Ближнем Востоке они больше надеялись на М-1, чем на многотонные грозные П-35, так как время реакции ЗРК было на порядок меньше, чем у противокорабельных ракет.

Всего комплексом М-1 с ПУ ЗИФ- 101 было вооружено 20 кораблей пр.61, 61М и 61 МП; 4 корабля пр.58; один пр.56К; 8 пр.56А; и 5 кораблей пр.61МЭ (построенных для Индии).

Комплекс М-1 с ПУ ЗИФ-102 получили 4 корабля пр. 1134, три – проекта 56У и восемь – проекта 57А.