В ноябре 1808 г. Наполеон решил лично разрешить испанскую проблему. В декабре армия под его командованием вступила в Мадрид. Маршал Ланн осадил один из оплотов повстанцев — Сарагоссу. Если французы громили регулярные испанские войска, то справиться с гверильей, партизанским движением, они оказались не в состоянии. Столицей антинаполеоновского сопротивления стал город-порт Кадис на юге страны.
Тем временем Австрия решила воспользоваться затруднениями Наполеона в Испании и стала при финансовой поддержке Великобритании активно готовиться к новой войне. В январе 1809 г. Наполеону пришлось покинуть Испанию, оставив здесь почти 300-тысячную армию. Уже к марту 1809 г. Наполеон сформировал новую армию, которая большей частью состояла из итальянцев и немцев. Инициативу взяли на себя австрийцы. 9 апреля 1809 г. переходом австрийской армии через р. Инн и вступлением австрийцев в Мюнхен началась новая война. Наполеон узнал об этом 12 апреля 1809 г, быстро нанес контрудар и 12 мая снова занял Вену. Однако кампания затянулась, австрийцы оказывали жесткое сопротивление. 21 мая 1809 г. состоялось сражение под Эсслингом (при Лобау), которое закончилось для Наполеона неудачно. Это было первое серьезное поражение полководца. Положение французов осложнилось началом в ряде германских земель и Тироле антинаполеоновских выступлений. Исход этого витка войны решился генеральным сражением при Эсслинге 6 июля 1809 г., где Наполеон одержал решающую победу. Формально на стороне Наполеона был и Александр I, но фактически война между Россией и Австрией велась в основном на бумаге.
Война между Наполеоном и Австрией была завершена 14 октября 1809 г. подписанием в Шенбруннском дворце в Вене мирного договора. Австрия уступала Франции графство Герц (Горица), Триест и Крайну, часть Каринтии и Хорватии, Истрию, Фиуме (Риека). Кроме того, отобранные у Австрии Зальцбург и часть Верхней Австрии Наполеон передал Баварии, Западную Галицию — Варшавскому герцогству, а небольшой Тарнопольский округ — России. Франция обязывалась не препятствовать транзитной торговле Австрии через порт Фиуме, однако Австрия должна была присоединиться к континентальной блокаде, не вмешиваться в дела Испании, Португалии и итальянских государств, заранее признав все изменения, которые Наполеон проведет в этих странах. Наполеон со своей стороны дал обязательство амнистировать восставших жителей Тироля. Кроме того, Наполеон гарантировал Австрии целостность оставшихся у нее владений. Согласно приложенным к трактату отдельным статьям предусматривалось сокращение австрийской армии и уплата Австрией Франции значительной контрибуции.
После войны отношения между Наполеоном и Александром стали осложняться, и основным поводом стал польский вопрос. В польских легионах Наполеона насчитывалось около 80 тыс. поляков. Созданное Наполеоном Варшавское герцогство поддерживало надежды поляков на восстановление независимости Польши. Однако часть поляков рассчитывала на то, что инициативу в этом возьмет на себя российский император. Ухудшение отношений с Россией проявилось и в «австрийском браке» Наполеона: он развелся с Жозефиной и в апреле 1810 г. женился на дочери австрийского императора Марии-Луизе. Этот брак был заключен после неудачных попыток сватовства к сестрам императора Александра I.
К началу 1811 г. становилось все яснее, что не за горами новая война с Россией. Главной причиной этого была продолжающаяся наполеоновская экспансия. Пытаясь укрепить и расширить континентальную систему и не полагаясь больше на своих родственников и союзников, Наполеон стал все больше включать новые территории в состав Французской империи. Летом 1810 г. он присоединил к Франции Голландское королевство, изгнав оттуда своего брата Людовика. В декабре 1810 г. в состав Франции были включены так называемые ганзейские города: Бремен, Любек, Гамбург. В январе 1811 г. французы заняли владения герцога Ольденбургского, близкого родственника императора Александра. Расширялись непосредственные владения Наполеона на Адриатике и в Италии. Последним актом территориальной экспансии Франции стало включение декретом 26 января 1812 г. в состав империи части Каталонии. Одновременно французские войска оккупировали Шведскую Померанию, остававшуюся фактически вне контроля наполеоновских таможенных служб. Накануне вторжения в Россию почти вся Европа, за исключением Северной, была под прямым или косвенным контролем императора французов.
В конце января 1812 г. наполеоновские войска под предлогом пресечения британской контрабанды оккупировали Шведскую Померанию, небольшое владение на берегах Балтики. Это посягательство на суверенитет Швеции, которая формально была в союзе с Францией и в состоянии войны с Великобританией, нанесло сильный удар по профранцузским симпатиям шведского общества и развязало руки фактическому руководителю страны, наследному принцу Карлу Юхану. Он намекал, что Швеция хочет забыть Финляндию, отнятую Россией у Швеции в 1809 г., и получить возмещение в виде Норвегии, которая принадлежала датскому королю. Уже 5 апреля 1812 г. в Санкт-Петербурге был заключен тайный союзный договор между Швецией и Россией. Швеция подтверждала свой отказ от Финляндии взамен Норвегии. Обе стороны договорились организовать, когда начнется война, совместную экспедицию в тыл Наполеона, в Северную Германию. На предложения Наполеона присоединиться к походу на Россию Карл Юхан отвечал недвусмысленным отказом.
Однако в первые месяцы 1812 г. это не очень заботило императора французов. Франция навязала союзные договоры Пруссии и Австрии, подтвердила союз с Данией. При этом и пруссаки, и австрийцы дали знать в Санкт-Петербург, что постараются вести военные действия лишь для видимости. Датский король Фредерик VI вообще не собирался рвать дипломатические отношения с Александром.
В ночь с 11(23) на 12(24) июня 1812 г. Великая армия Наполеона перешла через Неман. Поначалу Наполеон не собирался углубляться в российскую территорию, предполагая разбить русские войска в одном-двух приграничных сражениях и навязать России мир. Однако отступление русских армий затягивало Великую армию в глубь России. Ему не удалось разгромить русских ни у Смоленска, ни в Бородинском сражении, а взятие Москвы сделало для него войну бесперспективной, поскольку император Александр I не хотел и слышать о мирных переговорах. Он рассчитывал на поддержку со стороны Швеции, но русские войска, которые готовились для совместной со шведами диверсии в тылы Наполеона, были переброшены в Прибалтику, где перешли в контрнаступление. С юга подходила армия под командованием адмирала Чичагова, что создавало для сидевшего в Москве Наполеона реальную перспективу быть отрезанным от Франции. Восстановившая силы русская армия готовилась к контрнаступлению. Наполеон безуспешно попытался прорваться из Москвы в южном направлении и был вынужден отступать по разоренной Смоленской дороге, преследуемый регулярными частями русской армии, казаками и партизанскими отрядами. Ударили морозы, французская армия нуждалась в продовольствии, ситуацию ухудшали слабая интендантская служба, частые нападения на отстающие французские части казаков и крестьян. С большим трудом и огромными потерями остатки Великой армии смогли переправиться через Березину. Отступление закончилось катастрофой. 5 декабря Наполеон, оставив армию, которая насчитывала уже не более 18 тыс. человек, поспешил отбыть в Париж.
Переговоры о заключении русско-прусского союза начались в середине февраля 1813 г. Важнейшим условием этого проекта было возвращение Пруссии принадлежавших ей до 1806 г. земель в Германии и Польше, включая Данциг, т. е. почти всей территории Варшавского герцогства. Инструкции разрешали прусскому представителю Кнезебеку предложить России компенсацию в Восточной Пруссии. По возможности Пруссия желала бы получить также новые территории в Северной Германии. Предусматривалось, что Александр I не будет заключать мира, пока Пруссии не будет обеспечена гегемония на севере Германии. Российский император приказал ограничиться вручением прусскому представителю контрпроекта, впоследствии ставшего текстом договора и не предусматривавшего передачи Пруссии ранее принадлежавших ей земель великого герцогства Варшавского. Однако инструкции, данные прусскому представителю Кнезебеку для участия в переговорах, были настолько жесткими, а в Берлине настолько рассчитывали получить контроль над всем Варшавским герцогством, что переговорный процесс на несколько дней оказался в тупике, а прусские корпуса отказались переходить Вислу без повеления прусского короля. Подействовало только письмо русского царя к прусскому королю, после которого 26 февраля 1813 г. Фридрих-Вильгельм III (1797–1840) дал согласие заключить договор на основе российского проекта. Вместо признания принципа возвращения к границам 1806 г. в договор был включен принцип восстановления прежней степени могущества и территориальной протяженности Пруссии. Такая формулировка давала России возможность требовать присоединения Великого герцогства Варшавского к России, а Пруссию вознаградить за счет Саксонии или рейнских областей.
